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8u87

Structural Basis of Human NOX5 Activation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH oxidase 5

Homo sapiens

UniProt Q96PH1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–719 链 C； UniProt 1–719 未记录 HEB HEME B/C × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 1 D12 DODECANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8U87 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6SZ5 Human calmodulin bound to a peptide of human NADPH oxidase 5 提交 2019-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 19–737（719 aa）
链 C 19–737（719 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30 mM Tris-HCl at pH 7.4, 2.5 mM CaCl2 and 2.5% (v/v) glycerol
分辨率 2.23 Å R-free 0.294
8U7Y Structural Basis of Human NOX5 Activation 提交 2023-09-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–719（719 aa）
链 B 1–719（719 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 D12 DODECANE × 2 D10 DECANE × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 HEB HEME B/C × 4 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
8U85 Structural Basis of Human NOX5 Activation 提交 2023-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–719（719 aa）
链 C 1–719（719 aa）
未记录 HEB HEME B/C × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 PX2 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8U86 Structural Basis of Human NOX5 Activation 提交 2023-09-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–719（719 aa）
链 C 1–719（719 aa）
未记录 HEB HEME B/C × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 D12 DODECANE × 2 D10 DECANE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOX5_HUMAN
Isoform Q96PH1-4
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–719； UniProt 1–719 作者链 C； PDB构建体 1–719； UniProt 1–719

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8u87

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8u87
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8u87
沉积日期 deposition_date2023-09-16
结构标题 titleStructural Basis of Human NOX5 Activation
关键词 keywordsenzyme, oxidase, activation mechanism, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.90 Å
零角强度 I(0) i0220176000.00
分子量 molecular_weight121650.0 kDa
排除体积 excluded_volume152860 ų
包络体积 envelope_volume207220 ų
水化壳体积 shell_volume48702 ų
包络直径 envelope_diameter135.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.44 Å
包络 Rg envelope_rg36.20 Å
形状 Rg shape_rg35.92 Å
总 Rg total_rg36.25 Å
总原子数 total_atoms8575
残基数 n_residues1067
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.6 Å
Rg (实空间) rg_real36.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal220200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8762
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.1 Å
偏度 Skewness skewness0.359
峰度 Kurtosis kurtosis-0.249
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28860000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.963
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)