8u9i

Pasteurella multocida alpha2,3/2,6 sialyltransferase D141N bound to CMP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u9i
沉积日期 deposition_date	2023-09-19
最后修订 last_revision	2024-09-25
结构标题 title	Pasteurella multocida alpha2,3/2,6 sialyltransferase D141N bound to CMP
关键词 keywords	sialyltransferase, CMP, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.10 Å
零角强度 I(0) i0	120628000.00
分子量 molecular_weight	90180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114000 Å³
包络体积 envelope_volume	142730 Å³
水化壳体积 shell_volume	38023 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.41 Å
包络 Rg envelope_rg	30.63 Å
形状 Rg shape_rg	31.11 Å
总 Rg total_rg	31.75 Å
总原子数 total_atoms	12609
残基数 n_residues	784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9045
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.205
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.949

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-2,3/2,6-sialyltransferase/sialidase
分子量 formula_weight	46466.5 kDa
突变 mutation	D141N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13576

MKTITLYLDPASLPALNQLMDFTQNNEDKTHPRIFGLSRFKIPDNIITQYQNIHFVELKDNRPTEALFTILDQYPGNIELNIHLNIAHSVQLIRPILAYRFKHLDRVSIQQLNLYDNGSMEYVDLEKEENKDISAEIKQAEKQLSHYLLTGKIKFDNPTIARYVWQSAFPVKYHFLSTDYFEKAEFLQPLKEYLAENYQKMDWTAYQQLTPEQQAFYLTLVGFNDEVKQSLEVQQAKFIFTGTTTWEGNTDVREYYAQQQLNLLNHFTQAEGDLFIGDHYKIYFKGHPRGGEINDYILNNAKNITNIPANISFEVLMMTGLLPDKVGGVASSLYFSLPKEKISHIIFTSNKQVKSKEDALNNPYVKVMRRLGIIDESQVIFWDSLKQLGGGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pasteurella multocida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	747
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	940

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.916 Å
晶胞边长 b length_b	60.947 Å
晶胞边长 c length_c	96.168 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	28.990 Å
R 因子 r_factor	0.1808
R_work r_work	0.1791
R_free r_free	0.2121

fit	/app/data/saxs_computation/u9/8u9i/8u9i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u9/8u9i/8u9i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u9/8u9i/8u9i.dat

Pasteurella multocida alpha2,3/2,6 sialyltransferase D141N bound to CMP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction