SAXSdb — 8ube

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reverse transcriptase

Bordetella phage BPP-1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 RNA 3	Avd × 5 （Q775D7,Q9FA38） Diversity-generating retroelement (DGR) RNA avd × 1 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA TR × 1 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA Sp × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q775D8_BPBPP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–328； UniProt 1–328

Avd

Methylorubrum extorquens

UniProt Q775D7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 RNA 3	Reverse transcriptase × 1 （Q775D8） Diversity-generating retroelement (DGR) RNA avd × 1 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA TR × 1 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA Sp × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q775D7_BPBPP
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 C； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 D； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 E； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 F； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Avd

Methylorubrum extorquens

UniProt Q9FA38

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 RNA 3	Reverse transcriptase × 1 （Q775D8） Diversity-generating retroelement (DGR) RNA avd × 1 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA TR × 1 Diversity-generating retroelement (DGR) RNA Sp × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FAE_METEA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 125–290； UniProt 5–170 作者链 C； PDB构建体 125–290； UniProt 5–170 作者链 D； PDB构建体 125–290； UniProt 5–170 作者链 E； PDB构建体 125–290； UniProt 5–170 作者链 F； PDB构建体 125–290； UniProt 5–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ube
沉积日期 deposition_date	2023-09-22
结构标题 title	Diversity-generating retroelement (DGR) ribonucleoprotein reverse transcriptase - Resting State 1a
关键词 keywords	Reverse transcriptase, Ribonucleoprotein, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ube__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ube__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ube__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.40 Å
Rg（电子密度）	37.35 Å
总 Rg	37.74 Å
原子数	10613
残基数	1043
排除体积	177500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ube__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Reverse transcriptase
分子量 formula_weight	38099.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10613

MGKRHRNLIDQITTWENLLDAYRKTSHGKRRTWGYLEFKEYDLANLLALQAELKAGNYERGPYREFLVYEPKPRLISALEFKDRLVQHALCNIVAPIFEAGLLPYTYACRPDKGTHAGVCHVQAELRRTRATHFLKSDFSKFFPSIDRAALYAMIDKKIHCAATRRLLRVVLPDEGVGIPIGSLTSQLFANVYGGAVDRLLHDELKQRHWARYMDDIVVLGDDPEELRAVFYRLRDFASERLGLKISHWQVAPVSRGINFLGYRIWPTHKLLRKSSVKRAKRKVANFIKHGEDESLQRFLASWSGHAQWADTHNLFTWMEEQYGIACH

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella phage BPP-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2885909
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Avd
分子量 formula_weight	31753.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F

MEPIEEATKCYDQMLIVERYERVISYLYPIAQSIPRKHGVAREMFLKCLLGQVELFIVAGKSNQVSKLYAADAGLAMLRFWLRFLAGIQKPHAMTPHQVETAQVLIAEVGRILGSWIARVNRKGTKVQVGEALVGDGNEVAHIDLIIGPRGSPAETAFCNGLVNNKHGFTSLLAVIAPNLPCKPNTLMFNKVTINDARQAVQMFGPAQHGVAMAVQDAVAEGIIPADEADDLYVLVGVFIHWEAADDAKIQKYNYEATKLSIQRAVNGEPKASVVTEQRKSATHPFAANA

来源 Source

来源生物 organism	Methylorubrum extorquens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Diversity-generating retroelement (DGR) RNA avd
分子量 formula_weight	6259.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GGGGCAGGCUGGGAAAUAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Diversity-generating retroelement (DGR) RNA TR
分子量 formula_weight	11399.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CGCUGCUGCGCGGCGUCUGUGCCCAUCACCUUCUUG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Diversity-generating retroelement (DGR) RNA Sp
分子量 formula_weight	45041.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CAUGGCUCUGCCAACGCUACGGCUUGGCGGGCUGGCCUUUCCUCAAUAGGUGGUCAGCCGGUUCUGUCCUGCUUCGGCGAACACGUUACACGGUUCGGCAAAACGUCGAUUACUGAAAAUGGAAAGGCGGGGCCGACUUC

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	3.050 Å
R 因子 r_factor	0.3554
R_work r_work	0.3554
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.05 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	189678

Diversity-generating retroelement (DGR) ribonucleoprotein reverse transcriptase - Resting State 1a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reverse transcriptase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Avd

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Avd

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ube__assembly_1__model_1

8ube__assembly_1__model_1 | I(q)

8ube__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Diversity-generating retroelement (DGR) ribonucleoprotein reverse transcriptase - Resting State 1a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reverse transcriptase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Avd

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Avd

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ube__assembly_1__model_1

8ube__assembly_1__model_1 | I(q)

8ube__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)