8v1l

Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with small molecule

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.3 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras GTPase-activating protein-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–139 链 C； UniProt 1–139	未记录	Y9M N-[(2S)-2-fluoro-4,4-dimethylpentanoyl]-3-hydroxy-L-valyl-(betaS)-beta-methyl-L-phenylalanyl-D-alanyl-N-benzyl-N,O-dimethyl-L-homoserinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG 550 MME	分辨率 2.68 Å R-free 0.395
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–139 链 D； UniProt 1–139	未记录	Y9M N-[(2S)-2-fluoro-4,4-dimethylpentanoyl]-3-hydroxy-L-valyl-(betaS)-beta-methyl-L-phenylalanyl-D-alanyl-N-benzyl-N,O-dimethyl-L-homoserinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG 550 MME	分辨率 2.68 Å R-free 0.395
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–139 链 F； UniProt 1–139	未记录	Y9M N-[(2S)-2-fluoro-4,4-dimethylpentanoyl]-3-hydroxy-L-valyl-(betaS)-beta-methyl-L-phenylalanyl-D-alanyl-N-benzyl-N,O-dimethyl-L-homoserinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG 550 MME	分辨率 2.68 Å R-free 0.395

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8V1L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3Q90 Crystal structure of the NTF2 domain of Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 提交 2011-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–139（139 aa）片段：unp residues 1-139 链 B 1–139（139 aa）片段：unp residues 1-139	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25% w/v PEG3350, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M BIS-TRIS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 5.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
4FCJ Crystal structure of the NTF2-like domain of human G3BP1 提交 2012-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–139（139 aa）片段：NTF2-like domain 链 B 1–139（139 aa）片段：NTF2-like domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；279 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 1.62 Å R-free 0.231
4FCM Crystal structure of the NTF2-like domain of human G3BP1 in complex with a peptide 提交 2012-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–139（139 aa）片段：NTF2-like domain 链 B 1–139（139 aa）片段：NTF2-like domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；279 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K	分辨率 2.69 Å R-free 0.282
4IIA Low resolution crystal structure of the NTF2-like domain of human G3BP1 提交 2012-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–139（129 aa）片段：NTF2-LIKE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6 M diammonium phosphate, 0.1 M MOPS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359
5FW5 Crystal structure of human G3BP1 in complex with Semliki Forest Virus nsP3-25 comprising two FGDF motives 提交 2016-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–139（139 aa）片段：NTF2-LIKE, RESIDUES 1-139 链 B 1–139（139 aa）片段：NTF2-LIKE, RESIDUES 1-139	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 2 M AMMONIUMSULFATE	分辨率 1.92 Å R-free 0.202
6TA7 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN G3BP1-NTF2 IN COMPLEX WITH HUMAN CAPRIN1-DERIVED SOLOMON MOTIF 提交 2019-10-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–139（139 aa）链 E 1–139（139 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris 8.0, 20% w/v PEG 4000 of the Proplex crystallization screen (Molecular Dimensions)	分辨率 1.93 Å R-free 0.252
6TA7 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN G3BP1-NTF2 IN COMPLEX WITH HUMAN CAPRIN1-DERIVED SOLOMON MOTIF 提交 2019-10-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–139（139 aa）链 F 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris 8.0, 20% w/v PEG 4000 of the Proplex crystallization screen (Molecular Dimensions)	分辨率 1.93 Å R-free 0.252
6TA7 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN G3BP1-NTF2 IN COMPLEX WITH HUMAN CAPRIN1-DERIVED SOLOMON MOTIF 提交 2019-10-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–139（139 aa）链 D 1–139（139 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris 8.0, 20% w/v PEG 4000 of the Proplex crystallization screen (Molecular Dimensions)	分辨率 1.93 Å R-free 0.252
7S17 Crystal structure of human G3BP1-NTF2 with three mutations- F15W, F33W, and F124W 提交 2021-09-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）链 B 1–138（138 aa）	突变：F15W, F33W, F124W 突变：F15W, F33W, F124W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 8000, 100 mM HEPES	分辨率 2.36 Å R-free 0.271
7SUO Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein 提交 2021-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–139（138 aa）链 B 2–139（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；20% propan-2-ol, 0.1 M MES monohydrate (pH 6.0), 20% PEG MME 20,000	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
7XHF Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with the USP10 derived peptide 提交 2022-04-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–139（139 aa）链 B 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0; 19 % w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.68 Å R-free 0.254
7XHG Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with the Caprin-1 derived peptide 提交 2022-04-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–139（139 aa）链 D 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30 % w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.46 Å R-free 0.275
7XHG Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with the Caprin-1 derived peptide 提交 2022-04-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–139（139 aa）链 C 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30 % w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.46 Å R-free 0.275
8TH1 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein D3L mutant 提交 2023-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–139（139 aa）链 B 1–139（139 aa）链 C 1–139（139 aa）链 D 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2 M sodium thiocyanate, 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.238
8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–139（139 aa）链 F 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.336
8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–139（139 aa）链 E 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.336
8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–139（139 aa）链 H 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.336
8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–139（139 aa）链 G 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.336
8TH5 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant 提交 2023-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–139（139 aa）链 J 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.336
8TH6 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to USP10 peptide 提交 2023-07-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–139（139 aa）链 D 1–139（139 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.295
8TH6 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to USP10 peptide 提交 2023-07-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–139（139 aa）链 C 1–139（139 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.295
8TH7 Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the Caprin1 peptide 提交 2023-07-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–139（139 aa）链 B 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1.8M tri-ammonium citrate pH 7.0	分辨率 2.88 Å R-free 0.277
9CC6 De novo design of high-affinity protein binders to RNA binding domain of G3bp1 提交 2024-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 453–465（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, and 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
9IVQ Cryo-EM structure of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of G3BP1 (Conformation I) 提交 2024-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–138（138 aa）链 B 1–138（138 aa）链 C 1–138（138 aa）链 D 1–138（138 aa）链 E 1–138（138 aa）链 F 1–138（138 aa）链 G 1–138（138 aa）链 H 1–138（138 aa）链 M 1–138（138 aa）链 N 1–138（138 aa）链 O 1–138（138 aa）链 P 1–138（138 aa）链 Q 1–138（138 aa）链 R 1–138（138 aa）链 S 1–138（138 aa）链 T 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å
9IVR Cryo-EM structure of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of G3BP1 (Conformation II) 提交 2024-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–138（138 aa）链 B 1–138（138 aa）链 C 1–138（138 aa）链 D 1–138（138 aa）链 E 1–138（138 aa）链 F 1–138（138 aa）链 G 1–138（138 aa）链 H 1–138（138 aa）链 M 1–138（138 aa）链 N 1–138（138 aa）链 O 1–138（138 aa）链 P 1–138（138 aa）链 Q 1–138（138 aa）链 R 1–138（138 aa）链 S 1–138（138 aa）链 T 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9IVS Cryo-EM structure of the CHIKV nsP3 peptide in complex with the NTF2L domain of G3BP1 (Conformation III) 提交 2024-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–138（138 aa）链 B 1–138（138 aa）链 C 1–138（138 aa）链 D 1–138（138 aa）链 E 1–138（138 aa）链 F 1–138（138 aa）链 G 1–138（138 aa）链 H 1–138（138 aa）链 M 1–138（138 aa）链 N 1–138（138 aa）链 O 1–138（138 aa）链 P 1–138（138 aa）链 Q 1–138（138 aa）链 R 1–138（138 aa）链 S 1–138（138 aa）链 T 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
9J5S Crystal structure of human G3BP1 in complex with CHIKV nsP3 peptide 提交 2024-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–138（138 aa）链 B 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；20%(w/v) PEG 3350, 200mM Sodium citrate tribasic, 100mM Sodium citrate/Citric acid pH 4.0	分辨率 2.84 Å R-free 0.280

共 19 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G3BP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 B； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 C； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 D； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 E； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 F； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v1l
沉积日期 deposition_date	2023-11-20
最后修订 last_revision	2024-02-14
结构标题 title	Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with small molecule
关键词 keywords	Small Molecule, complex, NTF2L, G3BP1 FAZ compound, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.62 Å
零角强度 I(0) i0	128130000.00
分子量 molecular_weight	89988.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112290 Å³
包络体积 envelope_volume	150270 Å³
水化壳体积 shell_volume	38778 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.16 Å
包络 Rg envelope_rg	32.29 Å
形状 Rg shape_rg	32.60 Å
总 Rg total_rg	33.20 Å
总原子数 total_atoms	6360
残基数 n_residues	776
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	128100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9065
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.143
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.614
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.940

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
分子量 formula_weight	15899.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6490

MVMEKPSPLLVGREFVRQYYTLLNQAPDMLHRFYGKNSSYVHGGLDSNGKPADAVYGQKEIHRKVMSQNFTNCHTKIRHVDAHATLNDGVVVQVMGLLSNNNQALRRFMQTFVLAPEGSVANKFYVHNDIFRYQDEVFG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-[(2S)-2-fluoro-4,4-dimethylpentanoyl]-3-hydroxy-L-valyl-(betaS)-beta-methyl-L-phenylalanyl-D-alanyl-N-benzyl-N,O-dimethyl-L-homoserinamide ;
分子量 formula_weight	713.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.170 Å
晶胞边长 b length_b	84.690 Å
晶胞边长 c length_c	102.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	46.870 Å
R 因子 r_factor	0.2810
R_work r_work	0.2756
R_free r_free	0.3947

fit	/app/data/saxs_computation/v1/8v1l/8v1l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v1/8v1l/8v1l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v1/8v1l/8v1l.dat