8v5d

Human mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit, PolG, in an APO conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 89.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit gamma-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–1239	突变：D198A, E200A	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8V5D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–1239（1170 aa）片段：UNP residues 70-1239	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.24 Å R-free 0.303
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–1239（1170 aa）片段：UNP residues 70-1239	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.24 Å R-free 0.303
4ZTU Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 30–1239（1210 aa）片段：UNP residues 30-1239	突变：D198A, E200A	MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2	分辨率 3.30 Å R-free 0.316
4ZTZ Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 30–1239（1210 aa）片段：UNP residues 30-1239	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2	分辨率 3.44 Å R-free 0.320
5C51 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 25–1239（1215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.43 Å R-free 0.345
5C52 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 25–1239（1215 aa）	未记录	1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.64 Å R-free 0.314
5C53 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 25–1239（1215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 4Y3 [[(2~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3$l^{4}-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.57 Å R-free 0.338
8D33 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GC basepair 提交 2022-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.46 Å
8D37 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in replication conformer 提交 2022-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
8D3R Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in intermediate conformer 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8D42 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in editing conformer (composite) 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8G5I Cryo-EM structure of the Mismatch Sensing Complex (I) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
8G5J Cryo-EM structure of the Mismatch Uncoupling Complex (II) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
8G5K Cryo-EM structure of the Wedge Alignment Complex (VIII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8G5L Cryo-EM structure of the Primer Separation Complex (IX) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8G5M Cryo-EM structure of the Mismatch Locking Complex (III) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
8G5N Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (VI) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
8G5O Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (IV) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
8G5P Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (V) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
8T7E Cryo-EM structure of the Backtracking Initiation Complex (VII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8UDK Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex 提交 2023-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A, R853A	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM BME, 3% PEG 8000, 1-8% sucrose, 2% Jeffamine, 0.8 M NDSB	分辨率 3.43 Å R-free 0.234
8UDL Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma Binary Complex 提交 2023-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å
8V54 Engaged conformation of the human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8V55 Human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to a replication fork in an open conformation 提交 2023-11-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8V5R Active conformation of DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：D198A, E200A	MG MAGNESIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9GGB Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：G848S	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9GGC Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：G848S	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.39 Å
9GGD Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：A467T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9GGE Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：A467T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9GGF Structure of WT human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9IC1 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in replication conformer 提交 2025-02-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9IC3 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9Y4C Strand displacement state I of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
9Y4D Strand displacement state II of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9Y4E Strand displacement state III of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9Y4F Strand displacement state IV of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å

共 35 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–1229； UniProt 26–1239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v5d
沉积日期 deposition_date	2023-11-30
结构标题 title	Human mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit, PolG, in an APO conformation
关键词 keywords	;DNA BINDING PROTEIN, DNA polymerase, mitochondrial DNA replication, DNA polymerase catalytic subunit, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.05 Å
零角强度 I(0) i0	145047000.00
分子量 molecular_weight	95073.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118870 Å³
包络体积 envelope_volume	153580 Å³
水化壳体积 shell_volume	42523 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.49 Å
包络 Rg envelope_rg	29.08 Å
形状 Rg shape_rg	29.09 Å
总 Rg total_rg	29.74 Å
总原子数 total_atoms	6694
残基数 n_residues	851
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	145100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9046
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	87.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.858

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase subunit gamma-1
分子量 formula_weight	138723.4 kDa
突变 mutation	D198A, E200A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6694

MGGSHHHHHHGSRFMVSSSVPASDPSDGQRRRQQQQQQQQQQQQQPQQPQVLSSEGGQLRHNPLDIQMLSRGLHEQIFGQGGEMPGEAAVRRSVEHLQKHGLWGQPAVPLPDVELRLPPLYGDNLDQHFRLLAQKQSLPYLEAANLLLQAQLPPKPPAWAWAEGWTRYGPEGEAVPVAIPEERALVFAVAVCLAEGTCPTLAVAISPSAWYSWCSQRLVEERYSWTSQLSPADLIPLEVPTGASSPTQRDWQEQLVVGHNVSFDRAHIREQYLIQGSRMRFLDTMSMHMAISGLSSFQRSLWIAAKQGKHKVQPPTKQGQKSQRKARRGPAISSWDWLDISSVNSLAEVHRLYVGGPPLEKEPRELFVKGTMKDIRENFQDLMQYCAQDVWATHEVFQQQLPLFLERCPHPVTLAGMLEMGVSYLPVNQNWERYLAEAQGTYEELQREMKKSLMDLANDACQLLSGERYKEDPWLWDLEWDLQEFKQKKAKKVKKEPATASKLPIEGAGAPGDPMDQEDLGPCSEEEEFQQDVMARACLQKLKGTTELLPKRPQHLPGHPGWYRKLCPRLDDPAWTPGPSLLSLQMRVTPKLMALTWDGFPLHYSERHGWGYLVPGRRDNLAKLPTGTTLESAGVVCPYRAIESLYRKHCLEQGKQQLMPQEAGLAEEFLLTDNSAIWQTVEELDYLEVEAEAKMENLRAAVPGQPLALTARGGPKDTQPSYHHGNGPYNDVDIPGCWFFKLPHKDGNSCNVGSPFAKDFLPKMEDGTLQAGPGGASGPRALEINKMISFWRNAHKRISSQMVVWLPRSALPRAVIRHPDYDEEGLYGAILPQVVTAGTITRRAVEPTWLTASNARPDRVGSELKAMVQAPPGYTLVGADVDSQELWIAAVLGDAHFAGMHGCTAFGWMTLQGRKSRGTDLHSKTATTVGISREHAKIFNYGRIYGAGQPFAERLLMQFNHRLTQQEAAEKAQQMYAATKGLRWYRLSDEGEWLVRELNLPVDRTEGGWISLQDLRKVQRETARKSQWKKWEVVAERAWKGGTESEMFNKLESIATSDIPRTPVLGCCISRALEPSAVQEEFMTSRVNWVVQSSAVDYLHLMLVAMKWLFEEFAIDGRFCISIHDEVRYLVREEDRYRAALALQITNLLTRCMFAYKLGLNDLPQSVAFFSAVDIDRCLRKEVTMDCKTPSNPTGMERRYGIPQGEALDIYQIIELTKGSLEKRSQPGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	122659

fit	/app/data/saxs_computation/v5/8v5d/8v5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/8v5d/8v5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/8v5d/8v5d.dat