SAXSdb — 8v65

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Saxiphilin

Nanorana parkeri

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–854	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 YGU (3aS,4R,7R,9R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)-3a,4,9,10-tetrahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-9-yl hydrogen sulfate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277.15 K；20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, dcGTX2&3:NpSxph molar ratio 1.2:1	分辨率 1.80 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8V65	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8V66 Nanorana parkeri saxiphilin:GTX5 (co-crystal) 提交 2023-12-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–854（854 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 YGZ ({[(3aS,4R,7S,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methoxy}carbonyl)sulfamic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277.15 K；20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, GTX5:NpSxph molar ratio 1.2:1	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
8V67 Nanorana parkeri saxiphilin:C1 (co-crystal) 提交 2023-12-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–854（854 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 YH9 ({[(3aS,4R,7R,9R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-9-(sulfooxy)-3a,4,9,10-tetrahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methoxy}carbonyl)sulfamic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277.15 K；20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, C1&C2:NpSxph molar ratio 1.2:1	分辨率 1.90 Å R-free 0.229
8V68 Nanorana parkeri saxiphilin:dcSTX (co-crystal) 提交 2023-12-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–854（854 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 YGF (3aS,4R,7R,10aS)-2,6-diamino-4-(hydroxymethyl)-3a,4,8,9-tetrahydro-1H,10H-pyrrolo[1,2-c]purine-10,10-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277.15 K；20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, dcSTX:NpSxph molar ratio 1.2:1	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
8V69 Nanorana parkeri saxiphilin:GTX2 (co-crystal) 提交 2023-12-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–854（854 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 YGQ Gonyautoxin II × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277.15 K；20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, GTX2&3:NpSxph molar ratio 1.2:1	分辨率 1.95 Å R-free 0.212
9Y91 Nanorana parkeri saxiphilin:STX-C13-NBz (co-crystal) 提交 2025-09-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–854（854 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 A1CTW N-{[(2Z,3aS,4S,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl}benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277.15 K；20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, STX-C13-NBz:NpSxph molar ratio 1.2:1	分辨率 1.95 Å R-free 0.223
9Y92 Nanorana parkeri saxiphilin:STX-C13-OBz (co-crystal) 提交 2025-09-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–854（854 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 A1CTG [(2Z,3aS,4R,6Z,7R,10aS)-10,10-dihydroxy-2,6-diiminooctahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl benzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277.15 K；20-25% v/v PEG400, 4-5% w/v PGA-LM, 100-200 mM sodium acetate, pH 5.0, STX-C13-OBz:NpSxph molar ratio 1.2:1	分辨率 1.90 Å R-free 0.226

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A9X9ZA84_9NEOB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8v65
沉积日期 deposition_date	2023-12-01
最后修订 last_revision	2025-05-07
结构标题 title	Nanorana parkeri saxiphilin:dcGTX2 (co-crystal)
关键词 keywords	Saxiphilin, Toxin resistance, Saxitoxin, ANTITOXIN; ANTITOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.96 Å
零角强度 I(0) i0	264644000.00
分子量 molecular_weight	85228.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81421 Å³
包络体积 envelope_volume	147040 Å³
水化壳体积 shell_volume	38645 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.69 Å
包络 Rg envelope_rg	31.41 Å
形状 Rg shape_rg	31.95 Å
总 Rg total_rg	32.40 Å
总原子数 total_atoms	6402
残基数 n_residues	821
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	264600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9004
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	104.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	18060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.948

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Saxiphilin
分子量 formula_weight	94703.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6840

MALTFHTALYFTIVGLSFAASDARHVQWCTISHLEQKKCNDLVGSCNVPDITLACVYRSSTENCMAAIKDGQADAMFLDSGDVYKASLDHYNLKPIIAEPYSLHRELTKCLKHRQESLGGDKMVKGRYIPQCDEKGNYHPVQCHASTGYCWCVNANGEKIEGTNTTPVQTPPTCPSQVLTKCLKERQEALGGKRIAIGRYIPQCDEQGNYRPMQCHGSTGYCWCVNAIGEKIEGTNTPPGNTQPTCQSHDWDTCHYAVAVVKNSSTFQFGQLKGKRSCHSGLSKTDGWNAPVNVFVEKKLLPWDGLAKGSIERAVSKFFSASCIPGATETNLCKQCIGEEEKKCKSSHDEPYYGDHGAFRCLQEDKGDVAFLKNTALPDEHSGVYELLCPDNTRKPLNKYKECNLGKVPADAVVTRKAGDKTKDINDFLLEAQKKKCKLFGSPHGKDLMFDDSTTHLAPLPSEIDAFFFLGVKWYNAMKALTEDVKLPSKNKVRWCTINKPEMMKCKDWAAVSGGAIACTEASCPEHCVKQILKGEADAVTLDVQYMYMALMCGLLPAVEEYPNKDDFHPCQIPGSTIKDFGTKRAVALVKKSNKDIKWNNLKGKKSCHTHVGDIPGWVIPAGLISNQNDNIDIESFFGESCAPGSDTNSKLCKLCIGDPENPKASTRCSLSDKEAYYGNEGAFRCLVEKGDVAFVPHTVVFANTDGKNPAEWAKDLKSEDFEILCLDGSRAPVTNYRGCNLSGLPPRAIVTREESVSDVVRILINQQSLYGRNGFEKDMFQMFSSAKGQNLLFNDETQCLIEFDRQPKDIMEDYFGVRYYTAVYSASRSAVPSELIPACTFKHCSNSLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Nanorana parkeri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	125878
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(3aS,4R,7R,9R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)-3a,4,9,10-tetrahydro-1H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-9-yl hydrogen sulfate ;
分子量 formula_weight	352.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	428

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	229.666 Å
晶胞边长 b length_b	229.666 Å
晶胞边长 c length_c	67.712 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.310 Å
R 因子 r_factor	0.1995
R_work r_work	0.1992
R_free r_free	0.2182

fit	/app/data/saxs_computation/v6/8v65/8v65.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v6/8v65/8v65.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v6/8v65/8v65.dat

Nanorana parkeri saxiphilin:dcGTX2 (co-crystal)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Saxiphilin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction