8vjg

Human R14A Pin1 covalently bound to inhibitor 164A10

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 54.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

Homo sapiens

UniProt Q13526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–163 突变:R14A A1ACH Nalpha-{(2S)-1-[(3S)-2-acetyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]indole-3-carbonyl]piperidine-2-carbonyl}-5-fluoro-L-tryptophanamide × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.4;277 K;HEPES-NaOH, Ammonium sulfate, PEG400, DTT 分辨率 1.58 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 189 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–166; UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8vjg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8vjg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8vjg
沉积日期 deposition_date2024-01-06
结构标题 titleHuman R14A Pin1 covalently bound to inhibitor 164A10
关键词 keywordsDestabilizing Inhibitor, PPIase, Structure-Activity Relationship, Drug Design, ISOMERASE, ISOMERASE-INHIBITOR complex; ISOMERASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.59
零角强度 I(0) i06986870.00
分子量 molecular_weight17943.0 kDa
排除体积 excluded_volume21882 ų
包络体积 envelope_volume25332 ų
水化壳体积 shell_volume13878 ų
包络直径 envelope_diameter55.1
壳层 Rg shell_rg21.21
包络 Rg envelope_rg15.92
形状 Rg shape_rg15.53
总 Rg total_rg16.70
总原子数 total_atoms1252
残基数 n_residues145
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.2
Rg (实空间) rg_real16.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real6.9870e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3100e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6987000.0000
解质量估计 total_estimate0.8204
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.1
偏度 Skewness skewness0.200
峰度 Kurtosis kurtosis-0.435
角度范围 angular_range— – 0.4750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1603000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)