SAXSdb — 8vjw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurolysin, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 38–704	未记录	Angiotensin-1 peptide N-terminal end × 1 Angiotensin-1 peptide C-terminal end × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.286
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 38–704	未记录	Angiotensin-1 peptide N-terminal end × 1 Angiotensin-1 peptide C-terminal end × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VJW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LUZ Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with neurotensin peptide products 提交 2016-09-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
5LUZ Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with neurotensin peptide products 提交 2016-09-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
5LV0 Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with amyloid-beta 35-40 peptide product 提交 2016-09-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5LV0 Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with amyloid-beta 35-40 peptide product 提交 2016-09-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
8VJU Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A13 peptide 提交 2024-01-08	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.218
8VJV Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A8(1-8) peptide 提交 2024-01-08	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.12 Å R-free 0.249
8VJX Structure of Human Neurolysin in complex with bradykinin peptide 提交 2024-01-08	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.89 Å R-free 0.255
8VJY Structure of Human Neurolysin in complex with Neurotensin peptide 提交 2024-01-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
8VJY Structure of Human Neurolysin in complex with Neurotensin peptide 提交 2024-01-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 38–704（667 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.234

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEUL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–667； UniProt 38–704 作者链 B； PDB构建体 1–667； UniProt 38–704

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vjw
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
结构标题 title	Structure of Human Neurolysin in complex with angiotensin I peptide
关键词 keywords	metallopeptidase, bioactive peptides, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.04 Å
零角强度 I(0) i0	349695000.00
分子量 molecular_weight	154280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	193400 Å³
包络体积 envelope_volume	247070 Å³
水化壳体积 shell_volume	50353 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.27 Å
包络 Rg envelope_rg	41.99 Å
形状 Rg shape_rg	41.98 Å
总 Rg total_rg	42.39 Å
总原子数 total_atoms	10830
残基数 n_residues	1342
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.8 Å
Rg (实空间) rg_real	42.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	349600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7812
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.519
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.505
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	245100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.613; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.840; Smooth: 0.479

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurolysin, mitochondrial
分子量 formula_weight	76612.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10838

SSYTVAGRNVLRWDLSPEQIKTRTEELIVQTKQVYDAVGMLGIEEVTYENCLQALADVEVKYIVERTMLDFPQHVSSDKEVRAASTEADKRLSRFDIEMSMRGDIFERIVHLQETCDLGKIKPEARRYLEKSIKMGKRNGLHLPEQVQNEIKSMKKRMSELCIDFNKNLNEDDTFLVFSKAELGALPDDFIDSLEKTDDDKYKITLKYPHYFPVMKKCCIPETRRRMEMAFNTRCKEENTIILQQLLPLRTKVAKLLGYSTHADFVLEMNTAKSTSRVTAFLDDLSQKLKPLGEAEREFILNLKKKECKDRGFEYDGKINAWDLYYYMTQTEELKYSIDQEFLKEYFPIEVVTEGLLNTYQELLGLSFEQMTDAHVWNKSVTLYTVKDKATGEVLGQFYLDLYPREGKYNHAACFGLQPGCLLPDGSRMMAVAALVVNFSQPVAGRPSLLRHDEVRTYFHEFGHVMHQICAQTDFARFSGTNVETDFVEVPSQMLENWVWDVDSLRRLSKHYKDGSPIADDLLEKLVASRLVNTGLLTLRQIVLSKVDQSLHTNTSLDAASEYAKYCSEILGVAATPGTNMPATFGHLAGGYDGQYYGYLWSEVFSMDMFYSCFKKEGIMNPEVGMKYRNLILKPGGSLDGMDMLHNFLKREPNQKAFLMSRGLHAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Angiotensin-1 peptide N-terminal end
分子量 formula_weight	552.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

DRVY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Angiotensin-1 peptide C-terminal end
分子量 formula_weight	764.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

IHPFHL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.078 Å
晶胞边长 b length_b	60.584 Å
晶胞边长 c length_c	147.759 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.491 Å
最低分辨率 resolution_low	66.990 Å
R 因子 r_factor	0.2397
R_work r_work	0.2374
R_free r_free	0.2865

fit	/app/data/saxs_computation/vj/8vjw/8vjw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vj/8vjw/8vjw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vj/8vjw/8vjw.dat

Structure of Human Neurolysin in complex with angiotensin I peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurolysin, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)