SAXSdb — 8vjx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurolysin, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 38–704	未记录	Bradykinin × 1 （P01042） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.89 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VJX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LUZ Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with neurotensin peptide products 提交 2016-09-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
5LUZ Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with neurotensin peptide products 提交 2016-09-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
5LV0 Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with amyloid-beta 35-40 peptide product 提交 2016-09-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5LV0 Structure of Human Neurolysin (E475Q) in complex with amyloid-beta 35-40 peptide product 提交 2016-09-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–704（667 aa）	突变：E475Q	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M Bis-Tris-propane, 11% PEG 3350, 10% glycerol, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
8VJU Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A13 peptide 提交 2024-01-08	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.218
8VJV Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A8(1-8) peptide 提交 2024-01-08	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.12 Å R-free 0.249
8VJW Structure of Human Neurolysin in complex with angiotensin I peptide 提交 2024-01-08	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 38–704（667 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.286
8VJW Structure of Human Neurolysin in complex with angiotensin I peptide 提交 2024-01-08	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 38–704（667 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.286
8VJY Structure of Human Neurolysin in complex with Neurotensin peptide 提交 2024-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–704（667 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
8VJY Structure of Human Neurolysin in complex with Neurotensin peptide 提交 2024-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 38–704（667 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.234

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEUL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–667； UniProt 38–704

Bradykinin

物种未注明

UniProt P01042

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 381–389	未记录	Neurolysin, mitochondrial × 1 （Q9BYT8） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5	分辨率 2.89 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VJX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WOK Clavulanic acid biosynthesis oligopeptide binding protein 2 complexed with bradykinin 提交 2009-07-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 381–389（9 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
4ASQ Crystal structure of ANCE in complex with Bradykinin 提交 2012-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 381–389（9 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM HEPES 1.3 M SODIUM CITRATE, pH 7.5	分辨率 1.99 Å R-free 0.200
4ASR Crystal structure of ANCE in complex with Thr6-Bradykinin 提交 2012-05-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 381–389（9 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM HEPES 1.3 M SODIUM CITRATE, pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
4ECB Chimeric GST Containing Inserts of Kininogen Peptides 提交 2012-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 498–507（10 aa）片段：unp residues 1-49, kinonogen 498-507, 50-228 链 B 498–507（10 aa）片段：unp residues 1-49, kinonogen 498-507, 50-228	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM KCl, 35% Pentaerythritol propoxylate, 0.1 M ATP solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.248
4ECC Chimeric GST Containing Inserts of Kininogen Peptides 提交 2012-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 498–510（13 aa）片段：unp residues 1-49, kinonogen 498-510, 50-228	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；(1)0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes, 25% PEG 3350 (2)0.2 M Lithium Sulfate, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.269
6F27 NMR solution structure of non-bound [des-Arg10]-kallidin (DAKD) 提交 2017-11-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 380–388（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.6；295 K；离子强度（mmCIF原始值）111；压力 ambient NMR样品组成 3 mM DAKD, 50 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6F3W Backbone structure of free bradykinin (BK) in DDM/CHS detergent micelle determined by MAS SSNMR 提交 2017-11-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 381–389（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 7.4；200 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 1 NMR样品组成 0.36 ug/uL [U-13C, 15N]-F8R9 Bradykinin (BK), 50 mM not labeled HEPES, 100 mM not labeled NaCl, 2 mM not labeled EDTA, 4 % w/v not labeled DDM, 100% H2O \| 100% H2O NMR样品组成 0.36 ug/uL [U-13C, 15N]-P2P3G4F5S6P7F8 Bradykinin (BK), 50 mM not labeled HEPES, 100 mM not labeled NaCl, 2 mM not labeled EDTA, 4 % w/v not labeled DDM, 100% H2O \| 100% H2O	分辨率未提供
6F3X Backbone structure of Des-Arg10-Kallidin (DAKD) peptide in frozen DDM/CHS detergent micelle solution determined by DNP-enhanced MAS SSNMR 提交 2017-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 380–388（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 7.6；110 K；离子强度（mmCIF原始值）175；压力 1 NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] K1 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] R2S7 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] P3 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] P4 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] G5F6 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] S7P9 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol	分辨率未提供
6F3Y Backbone structure of Des-Arg10-Kallidin (DAKD) peptide bound to human Bradykinin 1 Receptor (B1R) determined by DNP-enhanced MAS SSNMR 提交 2017-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 380–388（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 7.6；110 K；离子强度（mmCIF原始值）175；压力 1 NMR样品组成 312.5 uM [U-13C; U-15N] K1 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 312.5 uM [U-13C; U-15N] R2S7 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 312.5 uM [U-13C; U-15N] P3 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 312.5 uM [U-13C; U-15N] P4 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 312.5 uM [U-13C; U-15N] G5F6 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol NMR样品组成 312.5 uM [U-13C; U-15N] S7P9 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol \| 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol	分辨率未提供
7QOT Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 583–613（31 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；288 K；0.1M Tris pH8, 1.5M AMMONIUM SULFATE	分辨率 3.24 Å R-free 0.284
7QOT Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 583–613（31 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；288 K；0.1M Tris pH8, 1.5M AMMONIUM SULFATE	分辨率 3.24 Å R-free 0.284
7QOX Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 582–609（28 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；288 K；Morpheus screen H9 condition: 0.1M amino acids, 0.1M buffer system 3 pH8.5, 30% precipitant mix 1.	分辨率 2.32 Å R-free 0.253
7QOX Factor XI and Plasma Kallikrein apple domain structures reveals different kininogen bound complexes 提交 2021-12-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 582–609（28 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；288 K；Morpheus screen H9 condition: 0.1M amino acids, 0.1M buffer system 3 pH8.5, 30% precipitant mix 1.	分辨率 2.32 Å R-free 0.253

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KNG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–9； UniProt 381–389

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vjx
沉积日期 deposition_date	2024-01-08
最后修订 last_revision	2024-08-21
结构标题 title	Structure of Human Neurolysin in complex with bradykinin peptide
关键词 keywords	metallopeptidase, bioactive peptides, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.35 Å
零角强度 I(0) i0	94932000.00
分子量 molecular_weight	77015.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96510 Å³
包络体积 envelope_volume	115530 Å³
水化壳体积 shell_volume	36755 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.83 Å
包络 Rg envelope_rg	25.35 Å
形状 Rg shape_rg	25.32 Å
总 Rg total_rg	26.29 Å
总原子数 total_atoms	5406
残基数 n_residues	671
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	94930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8746
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.216
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.968

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurolysin, mitochondrial
分子量 formula_weight	76612.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5443

SSYTVAGRNVLRWDLSPEQIKTRTEELIVQTKQVYDAVGMLGIEEVTYENCLQALADVEVKYIVERTMLDFPQHVSSDKEVRAASTEADKRLSRFDIEMSMRGDIFERIVHLQETCDLGKIKPEARRYLEKSIKMGKRNGLHLPEQVQNEIKSMKKRMSELCIDFNKNLNEDDTFLVFSKAELGALPDDFIDSLEKTDDDKYKITLKYPHYFPVMKKCCIPETRRRMEMAFNTRCKEENTIILQQLLPLRTKVAKLLGYSTHADFVLEMNTAKSTSRVTAFLDDLSQKLKPLGEAEREFILNLKKKECKDRGFEYDGKINAWDLYYYMTQTEELKYSIDQEFLKEYFPIEVVTEGLLNTYQELLGLSFEQMTDAHVWNKSVTLYTVKDKATGEVLGQFYLDLYPREGKYNHAACFGLQPGCLLPDGSRMMAVAALVVNFSQPVAGRPSLLRHDEVRTYFHEFGHVMHQICAQTDFARFSGTNVETDFVEVPSQMLENWVWDVDSLRRLSKHYKDGSPIADDLLEKLVASRLVNTGLLTLRQIVLSKVDQSLHTNTSLDAASEYAKYCSEILGVAATPGTNMPATFGHLAGGYDGQYYGYLWSEVFSMDMFYSCFKKEGIMNPEVGMKYRNLILKPGGSLDGMDMLHNFLKREPNQKAFLMSRGLHAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bradykinin
分子量 formula_weight	1062.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

RPPGFSPFR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	143.826 Å
晶胞边长 b length_b	60.510 Å
晶胞边长 c length_c	96.558 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	96.560 Å
R 因子 r_factor	0.2249
R_work r_work	0.2233
R_free r_free	0.2554

fit	/app/data/saxs_computation/vj/8vjx/8vjx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vj/8vjx/8vjx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vj/8vjx/8vjx.dat

Structure of Human Neurolysin in complex with bradykinin peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurolysin, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bradykinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)