8vqm

Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule 6R prime

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 139.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vqm
沉积日期 deposition_date	2024-01-18
结构标题 title	Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule 6R prime
关键词 keywords	H1N1, Antibody, Hemagglutinin, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.97 Å
零角强度 I(0) i0	54180800.00
分子量 molecular_weight	57413.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71259 Å³
包络体积 envelope_volume	94523 Å³
水化壳体积 shell_volume	24850 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.24 Å
包络 Rg envelope_rg	37.91 Å
形状 Rg shape_rg	38.01 Å
总 Rg total_rg	37.72 Å
总原子数 total_atoms	4037
残基数 n_residues	493
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.3 Å
Rg (实空间) rg_real	38.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6629
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.639
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3975000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.219; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.098; Smooth: 0.860

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain
分子量 formula_weight	36164.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4180

DTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLKGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDPLLPVRSWSYIVETPNSENGICYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKESSWPNHNTNGVTAACSHEGKSSFYRNLLWLTEKEGSYPKLKNSYVNKKGKEVLVLWGIHHPPNSKEQQNLYQNENAYVSVVTSNYNRRFTPEIAERPKVRDQAGRMNYYWTLLKPGDTIIFEANGNLIAPMYAFALSRGFGSGIITSNASMHECNTKCQTPLGAINSSLPYQNIHPVTIGECPKYVRSAKLRMVTGLRNIPS

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	25106.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAINGITNKVNTVIEKMNIQFTAVGKEFNKLEKRMENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREKVDGVKLESMGIYQILAIYSTVASSLVLLVSLGAISFWMCSNGSLQCRICI

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	(S~1~S,3R)-N-{3,5-dichloro-4-[(2S)-2-phenylmorpholine-4-carbonyl]phenyl}-3-(dimethylamino)pyrrolidine-1-sulfonimidoyl fluoride
分子量 formula_weight	529.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	159.471 Å
晶胞边长 b length_b	159.471 Å
晶胞边长 c length_c	159.471 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	37.590 Å
R 因子 r_factor	0.1921
R_work r_work	0.1901
R_free r_free	0.2305

fit	/app/data/saxs_computation/vq/8vqm/8vqm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vq/8vqm/8vqm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vq/8vqm/8vqm.dat

Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule 6R prime

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)