8vw4

Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vw4
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
最后修订 last_revision	2024-07-03
结构标题 title	Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26
关键词 keywords	Ubiquitin ligase, E3, inhibitor, small molecule, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.61 Å
零角强度 I(0) i0	80880100.00
分子量 molecular_weight	72540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91798 Å³
包络体积 envelope_volume	111210 Å³
水化壳体积 shell_volume	35173 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.9 Å
壳层 Rg shell_rg	33.84 Å
包络 Rg envelope_rg	25.47 Å
形状 Rg shape_rg	25.60 Å
总 Rg total_rg	26.57 Å
总原子数 total_atoms	5163
残基数 n_residues	606
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.6 Å
Rg (实空间) rg_real	26.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.426
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
分子量 formula_weight	36191.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5339

GSPKQAAADRRTVEKTWKLMDKVVRLCQNPKLQLKNSPPYILDILPDTYQHLRLILSKYDDNQKLAQLSENEYFKIYIDSLMKKSKRAIRLFKEGKERMYEEQSQDRRNLTKLSLIFSHMLAEIKAIFPNGQFQGDNFRITKADAAEFWRKFFGDKTIVPWKVFRQCLHEVHQISSGLEAMALKSTIDLTCNDYISVFEFDIFTRLFQPWGSILRNWNFLAVTHPGYMAFLTYDEVKARLQKYSTKPGSYIFRLSCTRLGQWAIGYVTGDGNILQTIPHNKPLFQALIDGSREGFYLYPDGRSYNPDLTG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid ;
分子量 formula_weight	588.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.376 Å
晶胞边长 b length_b	88.466 Å
晶胞边长 c length_c	118.492 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	41.440 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2531

fit	/app/data/saxs_computation/vw/8vw4/8vw4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vw/8vw4/8vw4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vw/8vw4/8vw4.dat