8vwi

The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 1, localised reconstruction)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Capsid-associated protein VP80 × 6 （Q00733） Occlusion-derived virus envelope protein E27 × 6 （P41702） Protein C42 × 6 （P25695） Protein AC109 × 2 （P41662） Protein AC142 × 2 （P41700） 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region × 2 （P24745） ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCP_NPVAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 C； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 D； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 E； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 F； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 V； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 W； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 X； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 Y； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 Z； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 a； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347

Capsid-associated protein VP80

Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

UniProt Q00733

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Major capsid protein × 12 （P17499） Occlusion-derived virus envelope protein E27 × 6 （P41702） Protein C42 × 6 （P25695） Protein AC109 × 2 （P41662） Protein AC142 × 2 （P41700） 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region × 2 （P24745） ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP80_NPVAC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691 作者链 H； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691 作者链 I； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691 作者链 b； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691 作者链 c； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691 作者链 d； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691

Occlusion-derived virus envelope protein E27

Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

UniProt P41702

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Major capsid protein × 12 （P17499） Capsid-associated protein VP80 × 6 （Q00733） Protein C42 × 6 （P25695） Protein AC109 × 2 （P41662） Protein AC142 × 2 （P41700） 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region × 2 （P24745） ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E27_NPVAC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 M； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 Q； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 S； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 e； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 h； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290

Protein C42

Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

UniProt P25695

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Major capsid protein × 12 （P17499） Capsid-associated protein VP80 × 6 （Q00733） Occlusion-derived virus envelope protein E27 × 6 （P41702） Protein AC109 × 2 （P41662） Protein AC142 × 2 （P41700） 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region × 2 （P24745） ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C42_NPVAC
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 L； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 R； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 T； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 f； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 g； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

Protein AC109

Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

UniProt P41662

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Major capsid protein × 12 （P17499） Capsid-associated protein VP80 × 6 （Q00733） Occlusion-derived virus envelope protein E27 × 6 （P41702） Protein C42 × 6 （P25695） Protein AC142 × 2 （P41700） 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region × 2 （P24745） ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AC109_NPVAC
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–390； UniProt 1–390 作者链 i； PDB构建体 1–390； UniProt 1–390

Protein AC142

Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

UniProt P41700

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Major capsid protein × 12 （P17499） Capsid-associated protein VP80 × 6 （Q00733） Occlusion-derived virus envelope protein E27 × 6 （P41702） Protein C42 × 6 （P25695） Protein AC109 × 2 （P41662） 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region × 2 （P24745） ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AC142_NPVAC
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477 作者链 j； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477

38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region

Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

UniProt P24745

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Major capsid protein × 12 （P17499） Capsid-associated protein VP80 × 6 （Q00733） Occlusion-derived virus envelope protein E27 × 6 （P41702） Protein C42 × 6 （P25695） Protein AC109 × 2 （P41662） Protein AC142 × 2 （P41700） ZINC ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	38K_NPVAC
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 k； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vwi
沉积日期 deposition_date	2024-02-01
结构标题 title	The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 1, localised reconstruction)
关键词 keywords	Nucleocapsid, Base, baculovirus, virus, AcMNPV, VP39, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8vwi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8vwi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8vwi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	84.99 Å
Rg（电子密度）	84.57 Å
总 Rg	84.60 Å
原子数	156266
残基数	9602
排除体积	1405200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8vwi__assembly_1__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	38991.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,V,W,X,Y,Z,a
原子数 atom_count	156266

MALVPVGMAPRQMRVNRCIFASIVSFDACITYKSPCSPDAYHDDGWFICNNHLIKRFKMSKMVLPIFDEDDNQFKMTIARHLVGNKERGIKRILIPSATNYQDVFNLNSMMQAEQLIFHLIYNNENAVNTICDNLKYTEGFTSNTQRVIHSVYATTKSILDTTNPNTFCSRVSRDELRFFDVTNARALRGGAGDQLFNNYSGFLQNLIRRAVAPEYLQIDTEELRFRNCATCIIDETGLVASVPDGPELYNPIRSSDIMRSQPNRLQIRNVLKFEGDTRELDRTLSGYEEYPTYVPLFLGYQIINSENNFLRNDFIPRANPNATLGGGAVAGPAPGVAGEAGGGIAV

来源 Source

来源生物 organism	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307456
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid-associated protein VP80
分子量 formula_weight	79974.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,b,c,d

MNDSNSLLITRLAAQILSRNMQTVDVIVDDKTLSLEEKIDTLTSMVLAVNSPPQSPPRVTSSDLAASIIKNNSKMVGNDFEMRYNVLRMAVVFVKHYPKYYNETTAGLVAEIESNLLQYQNYVNQGNYQNIEGYDSLLNKAEECYVKIDRLFKESIKKIMDDTEAFEREQEAERLRAEQTAANALLERRAQTSADDVVNRADANIPTAFSDPLPGPSAPRYMYESSESDTYMETARRTAEHYTDQDKDYNAAYTADEYNSLVKTVLLRLIEKALATLKNRLHITTIDQLKKFRDYLNSDADAGEFQIFLNQEDCVILKNLSNLASKFFNVRCVADTLEVMLEALRNNIELVQPESDAVRRIVIKMTQEIKDSSTPLYNIAMYKSDYDAIKNKNIKTLFDLYNDRLPINFLDTSATSPVRKTSGKRSAEDDLLPTRSSKRANRPEINVISSEDEQEDDDVEDVDYEKESKRRKLEDEDFLKLKALEFSKDIVNEKLQKIIVVTDGMKRLYEYCNCKNSLETLPSAANYGSLLKRLNLYNLDHIEMNVNFYELLFPLTLYNDNDNSDKTLSHQLVNYIFLASNYFQNCAKNFNYMRETFNVFGPFKQIDFMVMFVIKFNFLCDMRNFAKLIDELVPNKQPNMRIHSVLVMRDKIVKLAFSNLQFQTFSKKDKSRNTKHLQRLIMLMNANYNVI

来源 Source

来源生物 organism	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307456
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Occlusion-derived virus envelope protein E27
分子量 formula_weight	33568.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,M,Q,S,e,h

MKRIKCNKVRTVTEIVNSDEKIQKTYELAEFDLKNLSSLESYETLKIKLALSKYMAMLSTLEMTQPLLEIFRNKADTRQIAAVVFSTLAFIHNRFHPLVTNFTNKMEFVVTETNDTSIPGEPILFTENEGVLLCSVDRPSIVKMLSREFDTEALVNFENDNCNVRIAKTFGASKRKNTTRSDDYESNKQPNYDMDLSDFSITEVEATQYLTLLLTVEHAYLHYYIFKNYGVFEYCKSLTDHSLFTNKLRSTMSTKTSNLLLSKFKFTIEDFDKINSNSVTSGFNIYNFNK

来源 Source

来源生物 organism	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307456
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein C42
分子量 formula_weight	41583.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,R,T,f,g

MSAIALYLEINKLRLKIDEPMQLAIWPQLFPLLCDEHQSVQLNTDVLINFMMHVARKSQNTILNNNAAIASQYAAGNADVVAAPASAQPTPRPVINLFARANAAAPAQPSEELINMRRYRNAARKLIHHYSLNSTSSTEYKISDVVMTMIFLLRSEKYHSLFKLLETTFDDYTCRPQMTQVQTDTLLDAVRSLLEMPSTTIDLTTVDIMRSSFARCFNSPIMRYAKIVLLQNVALQRDKRTTLEELLIERGEKIQMLQPQQYINSGTEIPFCDDAEFLNRLLKHIDPYPLSRMYYNAANTMFYTTMENYAVSNCKFNIEDYNNIFKVMENIRKHSNKNSNDQDELNIYLGVQSSNAKRKKY

来源 Source

来源生物 organism	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307456
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein AC109
分子量 formula_weight	44851.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,i

MECPFQIQVCISDRFFAFPHNLVEPQSDVGNKLIENLIVYVPTDDDRLYIDKKQFPKFNSVLVYRHEHDVNIDSRSPKKTASATIVYWNPLVPITEIGAGETRVFSVLLTNNLFYCNTMIVHHENPKCPIEFTYPETDMQSACSALLKNRNGQSVPPPIKSNLRPIACEIPLSHFKELVESNDFLLCFNLETSTMVKILSLKRIFCIFQYRKQPARYVINLPHEEIDNLYNKLNWERTRRLMKGDVPSNCATVNRSSLKYIKQAQSLLGIPDYSQTVVDFVKMFQKIIFPYQLVPNVIIKLNNFDQMVSSAPNKAEPYKKIRLFCKNDSIAISSSGIVPINMPDFSPPNTFDYSDYANRTNINFVTQRVLTDGGFSSGITVTPVKYNYYL

来源 Source

来源生物 organism	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307456
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Protein AC142
分子量 formula_weight	55480.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,j

MSGGGNLLTLERDHFKYLFLTSYFDLKDNEHVPSEPMAFIRNYLNCTFDLLDDAVLMNYFNYLQSMQLKHLVGSTSTNIFKFVKPQFRFVCDRTTVDILEFDTRMYIKPGTPVYATNLFTSNPRKMMAFLYAEFGKVFKNKIFVNINNYGCVLAGSAGFLFDDAYVDWNGVRMCAAPRLDNNMHPFRLYLLGEDMAKHFVDNNILPPHPSNAKTRKINNSMFMLKNFYKGLPLFKSKYTVVNSTKIVTRKPNDIFNEIDKELNGNCPFIKFIQRDYIFDAQFPPDLLDLLNEYMTKSSIMKIITKFVIEENPAMSGEMSREIILDRYSVDNYRKLYIKMEITNQFPVMYDHESSYIFVSKDFLQLKGTMNAFYAPKQRILSILAVNRLFGATETIDFHPNLLVYRQSSPPVRLTGDVYVVDKNEKVFLVKHVFSNTVPAYLLIRGDYESSSDLKSLRDLNPWVQNTLLKLLIPDSVQ

来源 Source

来源生物 organism	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307456
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region
分子量 formula_weight	38070.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,k

MASSLQSKWICLRLNDAIIKRHVLVLSEYADLKYLGFEKYKFFEYVIFQFCNDPQLCKIIENNYNYCMQIFKAPADDMRDIRHNIKRAFKTPVLGHMCVLSNKPPMYSFLKEWFLLPHYKVVSLKSESLTWGFPHVVVFDLDSTLITEEEQVEIRDPFVYDSLQELHEMGCVLVLWSYGSRDHVAHSMRDVDLEGYFDIIISEGSTVQEERSDLVQNSHNAIVDYNLKKRFIENKFVFDIHNHRSDNNIPKSPKIVIKYLSDKNVNFFKSITLVDDLPTNNYAYDFYVKVKRCPTPVQDWEHYHNEIIQNIMDYEQYFIK

来源 Source

来源生物 organism	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307456
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.71 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53750

The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 1, localised reconstruction)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid-associated protein VP80

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Occlusion-derived virus envelope protein E27

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein C42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein AC109

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein AC142

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8vwi__assembly_1__model_1

8vwi__assembly_1__model_1 | I(q)

8vwi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source