8vz7

Crystal Structure of Human Cytochrome P450 2C9*27 (R150L) Genetic Variant in Complex with the Drug Losartan

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vz7
沉积日期 deposition_date	2024-02-11
结构标题 title	Crystal Structure of Human Cytochrome P450 2C9*27 (R150L) Genetic Variant in Complex with the Drug Losartan
关键词 keywords	Cytochrome P450 2C9*27 genetic variant, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.48 Å
零角强度 I(0) i0	44613100.00
分子量 molecular_weight	53923.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68346 Å³
包络体积 envelope_volume	78672 Å³
水化壳体积 shell_volume	28364 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.13 Å
包络 Rg envelope_rg	22.64 Å
形状 Rg shape_rg	22.47 Å
总 Rg total_rg	23.43 Å
总原子数 total_atoms	3792
残基数 n_residues	463
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9101
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.101
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.545
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7289000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450 2C9
分子量 formula_weight	54191.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.1,1.14.14.53,1.14.14.51,1.14.14.52
突变 mutation	R150L, V490I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3963

MAKKTSGRGKLPPGPTPLPVIGNILQIGIKDISKSLTNLSKVYGPVFTLYFGLKPIVVLHGYEAVKEALIDLGEEFSGRGIFPLAERANRGFGIVFSNGKKWKEIRRFSLMTLRNFGMGKRSIEDRVQEEALCLVEELRKTKASPCDPTFILGCAPCNVICSIIFHKRFDYKDQQFLNLMEKLNENIKILSSPWIQICNNFSPIIDYFPGTHNKLLKNVAFMKSYILEKVKEHQESMDMNNPQDFIDCFLMKMEKEKHNQPSEFTIESLENTAVDLFGAGTETTSTTLRYALLLLLKHPEVTAKVQEEIERVIGRNRSPCMQDRSHMPYTDAVVHEVQRYIDLLPTSLPHAVTCDIKFRNYLIPKGTTILISLTSVLHDNKEFPNPEMFDPHHFLDEGGNFKKSKYFMPFSAGKRICVGEALAGMELFLFLTSILQNFNLKSLVDPKNLDTTPVVNGFASVPPFYQLCFIPIHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	[2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol
分子量 formula_weight	422.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.890 Å
晶胞边长 b length_b	142.170 Å
晶胞边长 c length_c	163.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.530 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.1542
R_work r_work	0.1509
R_free r_free	0.2153

fit	/app/data/saxs_computation/vz/8vz7/8vz7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vz/8vz7/8vz7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vz/8vz7/8vz7.dat