8wf5

Horse heart myoglobin reconstituted with an iron complex of porphyrin bearing two CF3 groups (rMb(FePor(CF3)2))

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 51.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wf5
沉积日期 deposition_date	2023-09-19
结构标题 title	Horse heart myoglobin reconstituted with an iron complex of porphyrin bearing two CF3 groups (rMb(FePor(CF3)2))
关键词 keywords	Myoglobin, OXYGEN TRANSPORT; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.18 Å
零角强度 I(0) i0	6052700.00
分子量 molecular_weight	17958.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22486 Å³
包络体积 envelope_volume	25071 Å³
水化壳体积 shell_volume	13989 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.8 Å
壳层 Rg shell_rg	20.95 Å
包络 Rg envelope_rg	15.44 Å
形状 Rg shape_rg	15.14 Å
总 Rg total_rg	16.34 Å
总原子数 total_atoms	1262
残基数 n_residues	152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0530e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4660e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6053000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8185
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.129
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1077000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Myoglobin
分子量 formula_weight	16983.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1406

GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAEMKASEDLKKHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQG

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN(CF3)2 CONTAINING FE
分子量 formula_weight	700.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	144

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.260 Å
晶胞边长 b length_b	28.740 Å
晶胞边长 c length_c	63.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	33.792 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1572
R_free r_free	0.2155

fit	/app/data/saxs_computation/wf/8wf5/8wf5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wf/8wf5/8wf5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wf/8wf5/8wf5.dat

Horse heart myoglobin reconstituted with an iron complex of porphyrin bearing two CF3 groups (rMb(FePor(CF3)2))

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction