SAXSdb — 8wkz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Melanocortin receptor 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–222 链 A； UniProt 236–320	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;[N-(3-{bis[2-(pyridin-2-yl-kappaN)ethyl]amino-kappaN}propyl)-5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide](azido)(hydroxy)copper ; × 1 CA CALCIUM ION × 1 OLA OLEIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；PEG 400, Bis-tris propane buffer, CaCl2-2H2O	分辨率 3.30 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8WKZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W25 Crystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in complex with SHU9119 提交 2020-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–222（207 aa）链 A 236–320（85 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 OLA OLEIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.9；293 K；19% PEG 400, 100 mM Bis-tris propane buffer, and 50 mM CaCl2 2H2O	分辨率 2.75 Å R-free 0.259
7AUE Melanocortin receptor 4 (MC4R) Gs protein complex 提交 2020-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
7F53 Cryo-EM structure of a-MSH-MC4R-Gs_Nb35 complex 提交 2021-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7F54 Cryo-EM structure of afamelanotide-MC4R-Gs_Nb35 complex 提交 2021-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7F55 Cryo-EM structure of bremelanotide-MC4R-Gs_Nb35 complex 提交 2021-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7F58 Cryo-EM structure of THIQ-MC4R-Gs_Nb35 complex 提交 2021-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	1I8 (3R)-N-[(2R)-3-(4-chlorophenyl)-1-[4-cyclohexyl-4-(1,2,4-triazol-1-ylmethyl)piperidin-1-yl]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7PIU Cryo-EM structure of the agonist setmelanotide bound to the active melanocortin-4 receptor (MC4R) in complex with the heterotrimeric Gs protein at 2.6 A resolution. 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
7PIV Active Melanocortin-4 receptor (MC4R)- Gs protein complex bound to agonist NDP-alpha-MSH at 2.86 A resolution. 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8QJ2 Structure of active state MC4R in complex with a potent ligand mimicking nanobody 提交 2023-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–332（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8WKY Crystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in complex with S25 提交 2023-09-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–222（207 aa）链 A 236–320（85 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 OLA OLEIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；PEG 400, Bis-tris propane buffer, CaCl2-2H2O	分辨率 2.90 Å R-free 0.267
9K3K Cryo-EM structure of the unliganded human melanocortin receptor 4 (MC4R)-Gs complex 提交 2024-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–332（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MC4R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 28–234； UniProt 16–222 作者链 A； PDB构建体 431–515； UniProt 236–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wkz
沉积日期 deposition_date	2023-09-28
最后修订 last_revision	2024-08-07
结构标题 title	Crystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in complex with S31
关键词 keywords	Ca++ cofactor, GPCR, PGS fusion, membrane protein, LCP; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.81 Å
零角强度 I(0) i0	39939300.00
分子量 molecular_weight	53686.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69041 Å³
包络体积 envelope_volume	84533 Å³
水化壳体积 shell_volume	25539 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.35 Å
包络 Rg envelope_rg	29.90 Å
形状 Rg shape_rg	29.84 Å
总 Rg total_rg	30.17 Å
总原子数 total_atoms	3767
残基数 n_residues	472
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8233
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.471
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	8007000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.626; Smooth: 0.923

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Melanocortin receptor 4
分子量 formula_weight	60197.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3769

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAGRAWNRSSYRLHSNASESLGKGYSDGGCYEQLFVSPVVFVTLGVISLLENILVIVAIAKNKNLHSPMYFFICSLAVADMLVSVSLGFETIVITLLNSTDTDAQSFTVNIDNVIDSVICASLLASICSLLSIAVDRYFTIFYALQYHNIMTVKRVGIIISCIWAACTVSGILFIIYSDSSAVIICLITMFFTMLALMASLYVHMFLMARLHGIDCSFWNESYLTGSRDERKKSLLSKFGMDEGVTFMFIGRFDRGQKGVDVLLKAIEILSSKKEFQEMRFIIIGKGDPELEGWARSLEEKHGNVKVITEMLSREFVRELYGSVDFVIIPSYFEPFGLVALEAMCLGAIPIASAVGGLRDIITNETGILVKAGDPGELANAILKALELSRSDLSKFRENCKKRAMSFSRQGANMKGAITLTILIGVFVVCWAPFFLHLIFYISCPQNPYCVCFMSHFNLYLILIMCNSIINPLIYALRSQELRKTFKEIICCYEFLEVLFQGPHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;[N-(3-{bis[2-(pyridin-2-yl-kappaN)ethyl]amino-kappaN}propyl)-5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide](azido)(hydroxy)copper ;
分子量 formula_weight	1194.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XLDPXRWRKX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.460 Å
晶胞边长 b length_b	44.940 Å
晶胞边长 c length_c	89.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	44.390 Å
R 因子 r_factor	0.2159
R_work r_work	0.2132
R_free r_free	0.2718

fit	/app/data/saxs_computation/wk/8wkz/8wkz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wk/8wkz/8wkz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wk/8wkz/8wkz.dat

Crystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in complex with S31

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Melanocortin receptor 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)