SAXSdb — 8wo4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wo4
沉积日期 deposition_date	2023-10-06
结构标题 title	ZIKV rsNS1 in complex with Fab EB9 and anti-fab nanobody
关键词 keywords	antibody, flavivirus, zika, cryoEM, non structural protein 1, ns1, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.28 Å
零角强度 I(0) i0	637594000.00
分子量 molecular_weight	201690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	249880 Å³
包络体积 envelope_volume	365640 Å³
水化壳体积 shell_volume	70439 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.4 Å
壳层 Rg shell_rg	48.76 Å
包络 Rg envelope_rg	42.06 Å
形状 Rg shape_rg	43.26 Å
总 Rg total_rg	43.60 Å
总原子数 total_atoms	14188
残基数 n_residues	1814
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	43.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	637700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8994
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.908

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	VL
分子量 formula_weight	23506.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14188

SDIQMTQSPFSLSASVGDRVTITCRASQSISSHLNWYQQKPGKAPKFLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPYTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	VH
分子量 formula_weight	24059.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SEVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARWGGKRGGAFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Non-structural protein 1
分子量 formula_weight	41251.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

DVGCSVDFSKKETRCGTGVFIYNDVEAWRDRYKYHPDSPRRLAAAVKQAWEEGICGISSVSRMENIMWKSVEGELNAILEENGVQLTVVVGSVKNPMWRGPQRLPVPVNELPHGWKAWGKSYFVRAAKTNNSFVVDGDTLKECPLEHRAWNSFLVEDHGFGVFHTSVWLKVREDYSLECDPAVIGTAVKGREAAHSDLGYWIESEKNDTWRLKRAHLIEMKTCEWPKSHTLWTDGVEESDLIIPKSLAGPLSHHNTREGYRTQVKGPWHSEELEIRFEECPGTKVYVEETCGTRGPSLRSTTASGRVIEEWCCRECTMPPLSFRAKDGCWYGMEIRPRKEPESNLVRSMVTAGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Anti-fab nanobody
分子量 formula_weight	15071.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

HHHHHHGENLYFQGSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	349070

fit	/app/data/saxs_computation/wo/8wo4/8wo4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wo/8wo4/8wo4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wo/8wo4/8wo4.dat

ZIKV rsNS1 in complex with Fab EB9 and anti-fab nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)