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8x5o

Crystal structure of the post-fusion core of MjHKUr-CoV spike protein.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

spike protein S2

Coronavirus HKU15

UniProt A3EX94

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 983–1058 链 B； UniProt 983–1058 链 C； UniProt 983–1058 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8M Sodium Acetate, HCl pH 7.0 分辨率 2.67 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8X5O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4QZV Bat-derived coronavirus HKU4 uses MERS-CoV receptor human CD26 for cell entry 提交 2014-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 372–611（240 aa） 片段：receptor binding domain (UNP RESIDUES 372-611)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M sodium citrate, pH 5.5, 15% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.59 Å R-free 0.224
4QZV Bat-derived coronavirus HKU4 uses MERS-CoV receptor human CD26 for cell entry 提交 2014-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 372–611（240 aa） 片段：receptor binding domain (UNP RESIDUES 372-611)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M sodium citrate, pH 5.5, 15% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.59 Å R-free 0.224
7M52 B6 Fab fragment bound to the HKU4 spike stem helix peptide 提交 2021-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1231–1245（15 aa） 片段：Residues 1231-1245 of the spike glycoprotein
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.6 M Sodium Chloride, 0.1 M MES-NaOH, and 20% (w/v) PEG 4000
分辨率 1.50 Å R-free 0.197
9LZH Prefusion structure of HKU4 spike glycoprotein 提交 2025-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1291（1291 aa）
链 B 1–1291（1291 aa）
链 C 1–1291（1291 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPIKE_BCHK4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 983–1058 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 983–1058 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 983–1058

spike protein S2

Coronavirus HKU15

UniProt S4WYD6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1247–1290 链 B； UniProt 1247–1290 链 C； UniProt 1247–1290 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2.8M Sodium Acetate, HCl pH 7.0 分辨率 2.67 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S4WYD6_BCHK4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 83–126； UniProt 1247–1290 作者链 B； PDB构建体 83–126； UniProt 1247–1290 作者链 C； PDB构建体 83–126； UniProt 1247–1290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8x5o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8x5o
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8x5o
沉积日期 deposition_date2023-11-17
最后修订 last_revision2025-05-21
结构标题 titleCrystal structure of the post-fusion core of MjHKUr-CoV spike protein.
关键词 keywordsMjHKUr-CoV, spike protein, postfusion, VIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.34 Å
零角强度 I(0) i021266100.00
分子量 molecular_weight35439.0 kDa
排除体积 excluded_volume44397 ų
包络体积 envelope_volume60393 ų
水化壳体积 shell_volume19480 ų
包络直径 envelope_diameter113.5 Å
壳层 Rg shell_rg31.60 Å
包络 Rg envelope_rg32.50 Å
形状 Rg shape_rg30.32 Å
总 Rg total_rg30.53 Å
总原子数 total_atoms2487
残基数 n_residues329
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.4 Å
Rg (实空间) rg_real30.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21260000.0000
解质量估计 total_estimate0.6552
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.6 Å
偏度 Skewness skewness0.780
峰度 Kurtosis kurtosis-0.055
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7034000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.177; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.048; Smooth: 0.938
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)