8xee

Human DNMT3B mutant-R823G

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xee
沉积日期 deposition_date	2023-12-11
最后修订 last_revision	2024-10-23
结构标题 title	Human DNMT3B mutant-R823G
关键词 keywords	Methyltransferase, DNA methylation, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.63 Å
零角强度 I(0) i0	161828000.00
分子量 molecular_weight	106970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135360 Å³
包络体积 envelope_volume	187920 Å³
水化壳体积 shell_volume	40151 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.49 Å
包络 Rg envelope_rg	43.18 Å
形状 Rg shape_rg	42.68 Å
总 Rg total_rg	42.43 Å
总原子数 total_atoms	7549
残基数 n_residues	923
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	161700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7306
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.649
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.486; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.493; Smooth: 0.544

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
分子量 formula_weight	32420.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
突变 mutation	R823G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7549

MRRRPIRVLSLFDGIATGYLVLKELGIKVGKYVASEVCEESIAVGTVKHEGNIKYVNDVRNITKKNIEEWGPFDLVIGGSPCNDLSNVNPARKGLYEGTGRLFFEFYHLLNYSRPKEGDDRPFFWMFENVVAMKVGDKRDISRFLECNPVMIDAIKVSAAHRARYFWGNLPGMNRPVIASKNDKLELQDCLEYNRIAKLKKVQTITTKSNSIKQGKNQLFPVVMNGKEDVLWCTELERIFGFPVHYTDVSNMGGGARQKLLGRSWSVPVIRHLFAPLKDYFACE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
分子量 formula_weight	23627.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

GHMFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFDLVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQNAVRVWSNIPAIRSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	194.107 Å
晶胞边长 b length_b	194.107 Å
晶胞边长 c length_c	49.763 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.030 Å
最低分辨率 resolution_low	26.920 Å
R 因子 r_factor	0.2161
R_work r_work	0.2151
R_free r_free	0.2358

fit	/app/data/saxs_computation/xe/8xee/8xee.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xe/8xee/8xee.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xe/8xee/8xee.dat

Human DNMT3B mutant-R823G

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)