8xk9

ternary complex of DNA polymerase SFM4-3 recognizing C2 methyoxy nucleotide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xk9
沉积日期 deposition_date	2023-12-22
最后修订 last_revision	2024-11-27
结构标题 title	ternary complex of DNA polymerase SFM4-3 recognizing C2 methyoxy nucleotide
关键词 keywords	DNA polymerase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.69 Å
零角强度 I(0) i0	640372000.00
分子量 molecular_weight	129900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121620 Å³
包络体积 envelope_volume	222670 Å³
水化壳体积 shell_volume	51945 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.83 Å
包络 Rg envelope_rg	35.87 Å
形状 Rg shape_rg	35.63 Å
总 Rg total_rg	36.07 Å
总原子数 total_atoms	9746
残基数 n_residues	1127
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	640300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8536
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.141
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.827

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPCPCPAPCPGPGPCPGPCP(DOC))-3') ;
分子量 formula_weight	3617.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E
原子数 atom_count	10336

GACCACGGCGCC

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPCPGPGPCPGPCPCPGPTPGPGPTPC)-R(P(OMG))-3') ;
分子量 formula_weight	4970.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

AACGGCGCCGTGGTCG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase I, thermostable
分子量 formula_weight	60796.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MEEAPWPPPEGAFVGFVLSRKEPMWADLLALAAARGGRVHRAPEPYKALRDLKEARGLLAKDLSVLALREGLGLPPGDDPMLLAYLLDPSNTTPEGVARRYGGEWTEEAGERAALSERLFANLWGRLEGEERLLWLYREVERPLSAVLAHMEATGVRLDVAYLRALSLEVAEEIARLEAEVFRLAGHPFNLNSRDQLERVLFDELGLPAIGKTEKTGKRSTSAAALEALREAHPIVEKILQYRELTKLKSTYIDPLPDLIHPRTGRLHTRFNQTATATGRLSSSDPNLQSIPVRTPLGQRIRRAFIAEEGWLLVALDYSQEGLRVLAHLSGDENLIRVFQEGRDIHTETASWMFGVPREAVNPLMRRAAKTINFGVLYGMSAHRLSQKLAIPYEEAQAFIERYFQSFPKVRAWIEKTLEEGRRRGYVETLFGRRRYVPDLEARVKSVRQAAERRAFNMPVQGTAADLMKLAMVKLFPRLEEMGARMLLQVHDELVLEAPKERAEAVARLAKEVMEGVYPLAVPLEVEVGIGEDWLSAKE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	;[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-methoxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	537.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	537

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.986 Å
晶胞边长 b length_b	105.986 Å
晶胞边长 c length_c	191.722 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	38.100 Å
R 因子 r_factor	0.1793
R_work r_work	0.1774
R_free r_free	0.2179

fit	/app/data/saxs_computation/xk/8xk9/8xk9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xk/8xk9/8xk9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xk/8xk9/8xk9.dat

ternary complex of DNA polymerase SFM4-3 recognizing C2 methyoxy nucleotide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)