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8xpn

The Crystal Structure of USP8 from Biortus.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

Homo sapiens

UniProt P40818

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 734–1110 未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9 分辨率 2.10 Å R-free 0.216
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 734–1110 未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9 分辨率 2.10 Å R-free 0.216
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 734–1110 未记录 ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9 分辨率 2.10 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XPN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WHB Solution structure of the Rhodanese-like domain in human ubiquitin specific protease 8 (UBP8) 提交 2004-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 176–319（144 aa） 片段：Rhodanese-like domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1mM protein, 20mM d-Tris-HCl, pH 7.0, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2A9U Structure of the N-terminal domain of Human Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 (USP8) 提交 2005-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–142（142 aa） 片段：N-terminal domain, residues 1-142
链 B 1–142（142 aa） 片段：N-terminal domain, residues 1-142
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；27% PEG3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M bisTris, pH 5.6, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K
分辨率 2.10 Å R-free 0.259
2GFO Structure of the Catalytic Domain of Human Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase 8 提交 2006-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 734–1110（377 aa） 片段：Catalytic Domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；18% PEG3350; 0.1 M bis-Tris, pH 6.3, 0.2 M KSCN, 1 mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298, temperature 298.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.210
2GWF Structure of a USP8-NRDP1 complex 提交 2006-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 181–318（138 aa） 片段：Rhodanase domain, residues 181-318
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；12% PEG5000 MME, 0.1 M bis-Tris, 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.237
2GWF Structure of a USP8-NRDP1 complex 提交 2006-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 181–318（138 aa） 片段：Rhodanase domain, residues 181-318
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；12% PEG5000 MME, 0.1 M bis-Tris, 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.237
2GWF Structure of a USP8-NRDP1 complex 提交 2006-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 181–318（138 aa） 片段：Rhodanase domain, residues 181-318
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；12% PEG5000 MME, 0.1 M bis-Tris, 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.237
3N3K The catalytic domain of USP8 in complex with a USP8 specific inhibitor 提交 2010-05-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 734–1110（377 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；291 K；24% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1 MM DTT, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.242
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 712–724（13 aa）
链 D 712–724（13 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300
分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 712–724（13 aa）
链 C 712–724（13 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300
分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 712–724（13 aa）
链 D 712–724（13 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300
分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 712–724（13 aa）
链 C 712–724（13 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300
分辨率 1.59 Å R-free 0.225
8ADM Ternary complex of 14-3-3 sigma, Usp8pS718 phosphopeptide and small molecule stabilizer 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 715–722（8 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） O6C 1-[2-(4-chloranylphenoxy)-2-methyl-propanoyl]-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-4-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M carboxylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate), 0.1M buffer system 1 (Imidazole; MES monohydrate) pH 6.5 and 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 1.70 Å R-free 0.222
8Y9A The Crystal Structure of USP8 from Biortus. 提交 2024-02-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–142（142 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.0M Na formate
分辨率 3.10 Å R-free 0.268

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBP8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–377； UniProt 734–1110 作者链 B； PDB构建体 1–377； UniProt 734–1110 作者链 C； PDB构建体 1–377； UniProt 734–1110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xpn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xpn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xpn
沉积日期 deposition_date2024-01-04
最后修订 last_revision2024-03-06
结构标题 titleThe Crystal Structure of USP8 from Biortus.
关键词 keywordsHydrolase, Protease, Thiol protease; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.18 Å
零角强度 I(0) i0212633000.00
分子量 molecular_weight116760.0 kDa
排除体积 excluded_volume145930 ų
包络体积 envelope_volume198930 ų
水化壳体积 shell_volume47711 ų
包络直径 envelope_diameter117.5 Å
壳层 Rg shell_rg41.56 Å
包络 Rg envelope_rg34.14 Å
形状 Rg shape_rg35.16 Å
总 Rg total_rg35.73 Å
总原子数 total_atoms8215
残基数 n_residues1015
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.5 Å
Rg (实空间) rg_real35.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal212600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9007
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.0 Å
偏度 Skewness skewness0.229
峰度 Kurtosis kurtosis-0.562
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19730000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.887
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)