SAXSdb — 8xqc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 351–1616	未记录	;DNA (5'-D(APCPTPTPAP(5CM)PGPGPAPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPCPTPTPCP(C55)PGPTPAPAPGPT)-3') ; × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XQC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3EPZ Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA cytosine methyltransferase DNMT1 提交 2008-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 351–600（250 aa）片段：REPLICATION FOCI-TARGETING SEQUENCE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；298 K；23 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0,0.2 M SODIUM ACETATE, 0.005 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.00	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3EPZ Structure of the replication foci-targeting sequence of human DNA cytosine methyltransferase DNMT1 提交 2008-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 351–600（250 aa）片段：REPLICATION FOCI-TARGETING SEQUENCE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；298 K；23 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0,0.2 M SODIUM ACETATE, 0.005 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.00	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3PTA Crystal structure of human DNMT1(646-1600) in complex with DNA 提交 2010-12-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 646–1600（955 aa）片段：UNP residues 646-1600	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；6% PEG 20,000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.60 Å R-free 0.291
3SWR Structure of human DNMT1 (601-1600) in complex with Sinefungin 提交 2011-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 601–1600（1000 aa）片段：sequence database residues 601-1600	未记录	SFG SINEFUNGIN × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 25 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；289 K；5% PEG 4000, 5 mM MgSO4, 50 mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.49 Å R-free 0.272
4WXX The crystal structure of human DNMT1(351-1600) 提交 2014-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–1264（1250 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；45% PEG200, 50 mM CaCl2, 0.1 mM MES	分辨率 2.62 Å R-free 0.245
4WXX The crystal structure of human DNMT1(351-1600) 提交 2014-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 15–1264（1250 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；45% PEG200, 50 mM CaCl2, 0.1 mM MES	分辨率 2.62 Å R-free 0.245
4YOC Crystal Structure of human DNMT1 and USP7/HAUSP complex 提交 2015-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 600–1600（1001 aa）片段：UNP RESIDUES 600-1600	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6-8% PEG 3350, 200 mM potassium acetate	分辨率 2.92 Å R-free 0.258
4Z96 Crystal structure of DNMT1 in complex with USP7 提交 2015-04-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1097–1129（33 aa）片段：UNP residues 1097-1129	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH5.5, 10% PEG6000, 15% glycerol	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
5WVO Crystal structure of DNMT1 RFTS domain in complex with K18/K23 mono-ubiquitylated histone H3 提交 2016-12-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 351–600（250 aa）片段：RFTS domain, UNP residues 351-600	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；100mM Bis-Tris (pH 6.0), 200mM lithium sulfate monohydrate, 20% PEG 10000	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
5YDR Structure of DNMT1 RFTS domain in complex with ubiquitin 提交 2017-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 351–599（249 aa）片段：RFTS domain, UNP residues 351-599	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；291 K；20mM Tris-HCl, 200mM sodium acetate, 25% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
6L1F Crystal structure of PHF20L1 Tudor1 in complex with K142me1 DNMT1 提交 2019-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 140–145（6 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
6X9I Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA 提交 2020-06-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
6X9J Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3830052 提交 2020-06-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 X52 N-(4-{[(3,5-dicyano-4-ethyl-6-{methyl[2-(methylamino)ethyl]amino}pyridin-2-yl)sulfanyl]methyl}phenyl)-N-methylmethanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 1.79 Å R-free 0.229
6X9K Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3685032A 提交 2020-06-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 UXM (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-phenylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 2.65 Å R-free 0.228
7SFC Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3735967A 提交 2021-10-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 I67 N-{[4-({[3,5-dicyano-4-ethyl-6-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)pyridin-2-yl]sulfanyl}methyl)phenyl]methyl}glycinamide × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 1.97 Å R-free 0.208
7SFD Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3543105A 提交 2021-10-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 IO5 (2S)-2-({3,5-dicyano-4-ethyl-6-[4-(2-hydroxyethyl)-1,4-diazepan-1-yl]pyridin-2-yl}sulfanyl)-2-phenylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 2.09 Å R-free 0.216
7SFE Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3830334A 提交 2021-10-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 96I (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]amino}-2-phenylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 2.55 Å R-free 0.236
7SFF Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3852279B 提交 2021-10-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 C79 (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 2.05 Å R-free 0.217
7SFG Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Cofactor SAM 提交 2021-10-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 393–1264（872 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；292 K；14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)	分辨率 2.43 Å R-free 0.223
7XI9 Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated H3 and hemimethylated DNA analog (CXXC-ordered form) 提交 2022-04-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 351–1616（1266 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging	分辨率 2.52 Å
7XIB Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated H3 and hemimethylated DNA analog (CXXC-disordered form) 提交 2022-04-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 351–1616（1266 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging	分辨率 2.23 Å
8V9U Solution NMR structure of human DNMT1 N-terminal alpha-helical domain 提交 2023-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–93（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-15N] DNMT1, 20 mM MES/Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 5 % pentaethylene glycol monododecyl ether (C12E5), 95 % n-hexanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9K2W Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; closed conformation 提交 2024-10-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 351–1616（1266 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9K2X Cryo-EM structure of USP7:DNMT1 complex; open conformation 提交 2024-10-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 351–1616（1266 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
9V36 Human DNMT1 (aa 698-1616) bound to hemimethylated dsDNA and Inhibitor DMI26 提交 2025-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 698–1616（919 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 A1EQT (2~{R})-2-[3,5-dicyano-1-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-4-ethyl-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]sulfanyl-2-phenyl-ethanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.77 Å
9V5P Human DNMT1 (aa 698-1616) in complex with hemimethylated dsDNA and inhibitor DMT207 提交 2025-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 698–1616（919 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 A1EQ2 (2~{R})-2-[3,5-dicyano-1-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-4-ethyl-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]sulfanyl-2-(4-methoxyphenyl)ethanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.85 Å

共 24 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNMT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–1271； UniProt 351–1616

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xqc
沉积日期 deposition_date	2024-01-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated PAF15 and hemimethylated DNA analog
关键词 keywords	DNA methyltransferase, protein-DNA complex, replication factor, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.07 Å
零角强度 I(0) i0	186736000.00
分子量 molecular_weight	103300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126800 Å³
包络体积 envelope_volume	164650 Å³
水化壳体积 shell_volume	43723 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.36 Å
包络 Rg envelope_rg	31.29 Å
形状 Rg shape_rg	31.07 Å
总 Rg total_rg	31.67 Å
总原子数 total_atoms	7233
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	186700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8998
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.462
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	43440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.976

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
分子量 formula_weight	143559.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7233

GPPTTPKCIQCGQYLDDPDLKYGQHPPDAVDEPQMLTNEKLSIFDANESGFESYEALPQHKLTCFSVYCKHGHLCPIDTGLIEKNIELFFSGSAKPIYDDDPSLEGGVNGKNLGPINEWWITGFDGGEKALIGFSTSFAEYILMDPSPEYAPIFGLMQEKIYISKIVVEFLQSNSDSTYEDLINKIETTVPPSGLNLNRFTEDSLLRHAQFVVEQVESYDEAGDSDEQPIFLTPCMRDLIKLAGVTLGQRRAQARRQTIRHSTREKDRGPTKATTTKLVYQIFDTFFAEQIEKDDREDKENAFKRRRCGVCEVCQQPECGKCKACKDMVKFGGSGRSKQACQERRCPNMAMKEADDDEEVDDNIPEMPSPKKMHQGKKKKQNKNRISWVGEAVKTDGKKSYYKKVCIDAETLEVGDCVSVIPDDSSKPLYLARVTALWEDSSNGQMFHAHWFCAGTDTVLGATSDPLELFLVDECEDMQLSYIHSKVKVIYKAPSENWAMEGGMDPESLLEGDDGKTYFYQLWYDQDYARFESPPKTQPTEDNKFKFCVSCARLAEMRQKEIPRVLEQLEDLDSRVLYYSATKNGILYRVGDGVYLPPEAFTFNIKLSSPVKRPRKEPVDEDLYPEHYRKYSDYIKGSNLDAPEPYRIGRIKEIFCPKKSNGRPNETDIKIRVNKFYRPENTHKSTPASYHADINLLYWSDEEAVVDFKAVQGRCTVEYGEDLPECVQVYSMGGPNRFYFLEAYNAKSKSFEDPPNHARSPGNKGKGKGKGKGKPKSQACEPSEPEIEIKLPKLRTLDVFSGCGGLSEGFHQAGISDTLWAIEMWDPAAQAFRLNNPGSTVFTEDCNILLKLVMAGETTNSRGQRLPQKGDVEMLCGGPPCQGFSGMNRFNSRTYSKFKNSLVVSFLSYCDYYRPRFFLLENVRNFVSFKRSMVLKLTLRCLVRMGYQCTFGVLQAGQYGVAQTRRRAIILAAAPGEKLPLFPEPLHVFAPRACQLSVVVDDKKFVSNITRLSSGPFRTITVRDTMSDLPEVRNGASALEISYNGEPQSWFQRQLRGAQYQPILRDHICKDMSALVAARMRHIPLAPGSDWRDLPNIEVRLSDGTMARKLRYTHHDRKNGRSSSGALRGVCSCVEAGKACDPAARQFNTLIPWCLPHTGNRHNHWAGLYGRLEWDGFFSTTVTNPEPMGKQGRVLHPEQHRVVSVRECARSQGFPDTYRLFGNILDKHRQVGNAVPPPLAKAIGLEIKLCMLAKARESASAKIKEEEAAKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPTPTPAP(5CM)PGPGPAPAPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3725.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

ACTTACGGAAGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPTPTPCP(C55)PGPTPAPAPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3679.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CCTTCCGTAAGT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	356895

fit	/app/data/saxs_computation/xq/8xqc/8xqc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xq/8xqc/8xqc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xq/8xqc/8xqc.dat

Cryo-EM structure of human DNMT1 (aa:351-1616) in complex with ubiquitinated PAF15 and hemimethylated DNA analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)