8xu4

The Crystal Structure of MAPK2 from Biortus.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 175.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAP kinase-activated protein kinase 2

Homo sapiens

UniProt P49137

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
10 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
11 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
12 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 47–364 突变:S216G MLA MALONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 47–364 突变:S216G MLA MALONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
8 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 47–364 突变:S216G MLA MALONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263
9 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 47–364 突变:S216G 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;1.1M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M HEPES pH7, 0.5% v/v Jeffamine ED2003 分辨率 3.40 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、93 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAPK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 B; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 C; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 D; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 E; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 F; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 G; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 H; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 I; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 J; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 K; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364 作者链 L; PDB构建体 1–318; UniProt 47–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xu4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xu4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xu4
沉积日期 deposition_date2024-01-12
最后修订 last_revision2024-01-24
结构标题 titleThe Crystal Structure of MAPK2 from Biortus.
关键词 keywordsKinase, Serine/threonine-protein kinase, DNA damage, ATP-binding, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.81
零角强度 I(0) i02089170000.00
分子量 molecular_weight389940.0 kDa
排除体积 excluded_volume491450 ų
包络体积 envelope_volume771190 ų
水化壳体积 shell_volume115300 ų
包络直径 envelope_diameter183.3
壳层 Rg shell_rg60.06
包络 Rg envelope_rg52.84
形状 Rg shape_rg54.82
总 Rg total_rg54.92
总原子数 total_atoms27363
残基数 n_residues3343
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax175.5
Rg (实空间) rg_real56.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real2.0570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2090000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6996
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.0
偏度 Skewness skewness0.259
峰度 Kurtosis kurtosis-0.333
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.5430
最高正则化参数 α highest_alpha133800000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 0.920; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.535

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)