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8y19

Closed conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 167.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Human coronavirus HKU1 (isolate N2)

UniProt Q14EB0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 3 其他聚合物 15 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1290 链 B； UniProt 1–1290 链 C； UniProt 1–1290 未记录 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8Y19 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8Y1A 1up-1 conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8Y1B 1up-2 conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8Y1C 2up-1 conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8Y1D 2up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8Y1E 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8Y1F The closed conformation of the HKU1-B S protein in the apo state 提交 2024-01-24 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8Y1G The 1up conformation of the HKU1-B S protein in the apo state 提交 2024-01-24 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8Y1H The 2up formation of the HKU1-B S protein in the apo state 提交 2024-01-24 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1290（1290 aa）
链 B 1–1290（1290 aa）
链 C 1–1290（1290 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPIKE_CVHN2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1290； UniProt 1–1290 作者链 B； PDB构建体 1–1290； UniProt 1–1290 作者链 C； PDB构建体 1–1290； UniProt 1–1290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y19

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y19
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8y19
沉积日期 deposition_date2024-01-24
结构标题 titleClosed conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor
关键词 keywordsHCoV-HKU1, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.17 Å
零角强度 I(0) i02511140000.00
分子量 molecular_weight420190.0 kDa
排除体积 excluded_volume525360 ų
包络体积 envelope_volume769280 ų
水化壳体积 shell_volume119260 ų
包络直径 envelope_diameter167.5 Å
壳层 Rg shell_rg58.26 Å
包络 Rg envelope_rg51.29 Å
形状 Rg shape_rg52.13 Å
总 Rg total_rg52.47 Å
总原子数 total_atoms29541
残基数 n_residues3624
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.9 Å
Rg (实空间) rg_real52.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5110e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2512000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8239
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.6 Å
偏度 Skewness skewness0.190
峰度 Kurtosis kurtosis-0.546
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha358100000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)