SAXSdb — 8y6b

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y6b
沉积日期 deposition_date	2024-02-02
结构标题 title	Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121
关键词 keywords	synaptic modulator, complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	80.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.30 Å
零角强度 I(0) i0	1707160000.00
分子量 molecular_weight	343140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	427280 Å³
包络体积 envelope_volume	793910 Å³
水化壳体积 shell_volume	90634 Å³
包络直径 envelope_diameter	317.7 Å
壳层 Rg shell_rg	60.74 Å
包络 Rg envelope_rg	82.22 Å
形状 Rg shape_rg	82.47 Å
总 Rg total_rg	81.30 Å
总原子数 total_atoms	24030
残基数 n_residues	3009
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	226.0 Å
Rg (实空间) rg_real	78.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	77.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1696000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8394
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	107.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.240
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.738
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0326
最高正则化参数 α highest_alpha	38810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
分子量 formula_weight	53743.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	24226

NVEEETKYIELMIVNDHLMFKKHRLSVVHTNTYAKSVVNMADLIYKDQLKTRIVLVAMETWATDNKFAISENPLITLREFMKYRRDFIKEKSDAVHLFSGSQFESSRSGAAYIGGICSLLKGGGVNEFGKTDLMAVTLAQSLAHNIGIISDKRKLASGECKCEDTWSGCIMGDTGYYLPKKFTQCNIEEYHDFLNSGGGACLFNKPSKLLDPPECGNGFIETGEECDCGTPAECVLEGAECCKKCTLTQDSQCSDGLCCKKCKFQPMGTVCREAVNDCDIRETCSGNSSQCAPNIHKMDGYSCDGVQGICFGGRCKTRDRQCKYIWGQKVTASDKYCYEKLNIEGTEKGNCGKDKDTWIQCNKRDVLCGYLLCTNIGNIPRLGELDGEITSTLVVQQGRTLNCSGGHVKLEEDVDLGYVEDGTPCGPQMMCLEHRCLPVASFNFSTCLSSKEGTICSGNGVCSNELKCVCNRHWIGSDCNTYFPHN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
分子量 formula_weight	60616.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,E

HHHHHHHKPKCPAVCTCTKDNALCENARSIPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYLFIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCKLKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSIDTFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVAQLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIYKWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLFTNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQPLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASSFKGNTQIYKHVIVDLSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.448 Å
晶胞边长 b length_b	196.078 Å
晶胞边长 c length_c	420.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	42.460 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2770

fit	/app/data/saxs_computation/y6/8y6b/8y6b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y6/8y6b/8y6b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y6/8y6b/8y6b.dat

Structure of human LGI1-ADAM22 complex in space group P212121

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)