SAXSdb — 8y9a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–142	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.0M Na formate	分辨率 3.10 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Y9A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WHB Solution structure of the Rhodanese-like domain in human ubiquitin specific protease 8 (UBP8) 提交 2004-05-28	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 176–319（144 aa）片段：Rhodanese-like domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM protein, 20mM d-Tris-HCl, pH 7.0, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2A9U Structure of the N-terminal domain of Human Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 (USP8) 提交 2005-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–142（142 aa）片段：N-terminal domain, residues 1-142 链 B 1–142（142 aa）片段：N-terminal domain, residues 1-142	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；27% PEG3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M bisTris, pH 5.6, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
2GFO Structure of the Catalytic Domain of Human Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase 8 提交 2006-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 734–1110（377 aa）片段：Catalytic Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；18% PEG3350; 0.1 M bis-Tris, pH 6.3, 0.2 M KSCN, 1 mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
2GWF Structure of a USP8-NRDP1 complex 提交 2006-05-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 181–318（138 aa）片段：Rhodanase domain, residues 181-318	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；12% PEG5000 MME, 0.1 M bis-Tris, 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
2GWF Structure of a USP8-NRDP1 complex 提交 2006-05-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 181–318（138 aa）片段：Rhodanase domain, residues 181-318	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；12% PEG5000 MME, 0.1 M bis-Tris, 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
2GWF Structure of a USP8-NRDP1 complex 提交 2006-05-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 181–318（138 aa）片段：Rhodanase domain, residues 181-318	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；12% PEG5000 MME, 0.1 M bis-Tris, 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
3N3K The catalytic domain of USP8 in complex with a USP8 specific inhibitor 提交 2010-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 734–1110（377 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；291 K；24% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1 MM DTT, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.242
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 712–724（13 aa）链 D 712–724（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300	分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 712–724（13 aa）链 C 712–724（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300	分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 712–724（13 aa）链 D 712–724（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300	分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6F09 Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 712–724（13 aa）链 C 712–724（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300	分辨率 1.59 Å R-free 0.225
8ADM Ternary complex of 14-3-3 sigma, Usp8pS718 phosphopeptide and small molecule stabilizer 提交 2022-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 715–722（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	O6C 1-[2-(4-chloranylphenoxy)-2-methyl-propanoyl]-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-4-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M carboxylic acids (0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate), 0.1M buffer system 1 (Imidazole; MES monohydrate) pH 6.5 and 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 1.70 Å R-free 0.222
8XPN The Crystal Structure of USP8 from Biortus. 提交 2024-01-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 734–1110（377 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9	分辨率 2.10 Å R-free 0.216
8XPN The Crystal Structure of USP8 from Biortus. 提交 2024-01-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 734–1110（377 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9	分辨率 2.10 Å R-free 0.216
8XPN The Crystal Structure of USP8 from Biortus. 提交 2024-01-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 734–1110（377 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9	分辨率 2.10 Å R-free 0.216

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y9a
沉积日期 deposition_date	2024-02-06
最后修订 last_revision	2024-03-06
结构标题 title	The Crystal Structure of USP8 from Biortus.
关键词 keywords	Hydrolase, Protease, Thiol protease, Cell cycle, Ubl conjugation pathway; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.59 Å
零角强度 I(0) i0	4258360.00
分子量 molecular_weight	15047.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18989 Å³
包络体积 envelope_volume	26379 Å³
水化壳体积 shell_volume	12101 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.49 Å
包络 Rg envelope_rg	22.64 Å
形状 Rg shape_rg	21.59 Å
总 Rg total_rg	22.13 Å
总原子数 total_atoms	1060
残基数 n_residues	127
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5720e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4258000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7571
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.674
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.037
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	436700.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.561; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.174; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.008 Å
晶胞边长 b length_b	103.008 Å
晶胞边长 c length_c	93.254 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.240 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2681

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
分子量 formula_weight	16788.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1089

The Crystal Structure of USP8 from Biortus.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

fit	/app/data/saxs_computation/y9/8y9a/8y9a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y9/8y9a/8y9a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y9/8y9a/8y9a.dat