8ybn

Crystal structure of nanobody SEB-Nb8 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterotoxin type B

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–266	未记录	nanobody SEB-Nb8 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.18 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8YBN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D5M X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR4 COMPLEXED WITH PEPTIDE AND SEB 提交 1999-10-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–266（239 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；5% PEG 4000, 0.01 M NA ACETATE, PH 5, 2.4% ETHYLENE GLYCOL, pH 7.4	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1D5X X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR4 COMPLEXED WITH DIPEPTIDE MIMETIC AND SEB 提交 1999-10-12	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.45 Å R-free 0.268
1D5Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR4 COMPLEXED WITH PEPTIDOMIMETIC AND SEB 提交 1999-10-12	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
1D6E CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR4 COMPLEX WITH PEPTIDOMIMETIC AND SEB 提交 1999-10-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5	分辨率 2.45 Å R-free 0.226
1GOZ Structural basis for the altered T-cell receptor binding specificty in a superantigenic staphylococcus aureus Enterotoxin-B mutant 提交 2001-10-29	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PH 4.6 SODIUM CITRATE BUFFER, 0.1M AMMONIUM ACETATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1GOZ Structural basis for the altered T-cell receptor binding specificty in a superantigenic staphylococcus aureus Enterotoxin-B mutant 提交 2001-10-29	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–266（239 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PH 4.6 SODIUM CITRATE BUFFER, 0.1M AMMONIUM ACETATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1SBB T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN COMPLEXED WITH SUPERANTIGEN SEB 提交 1999-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 28–266（239 aa）链 D 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 10% PEG 8000 0.1M TRIS-HCL, PH8.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.309
1SE3 STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN B COMPLEXED WITH GM3 TRISACCHARIDE 提交 1996-10-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.8；24% PEG 4000, 20 MM BORATE BUFFER AT PH 8.8.	分辨率 2.30 Å R-free 0.330
1SE4 STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN B COMPLEXED WITH LACTOSE 提交 1997-04-16	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.8；CRYSTALLIZED FROM 24% PEG 4000, 20 MM BORATE BUFFER AT PH 8.8 IN THE PRESENCE OF 100MM LACTOSE	分辨率 1.90 Å
1SEB COMPLEX OF THE HUMAN MHC CLASS II GLYCOPROTEIN HLA-DR1 AND THE BACTERIAL SUPERANTIGEN SEB 提交 1995-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 29–262（234 aa）链 H 29–262（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.327
2SEB X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-DR4 COMPLEXED WITH A PEPTIDE FROM HUMAN COLLAGEN II 提交 1997-10-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 28–266（239 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M NA ACETATE PH 4.6 9 - 14% PEG 4000 0.2 M AMMONIUM ACETATE	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
3GP7 Staphylococcal Enterotoxin B mutant N23YK97SK98S 提交 2009-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	突变：N23Y, K97S, K98S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18% (w/v) PEG 3350, 0.02% Na azide, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
3GP7 Staphylococcal Enterotoxin B mutant N23YK97SK98S 提交 2009-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–266（239 aa）	突变：N23Y, K97S, K98S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；18% (w/v) PEG 3350, 0.02% Na azide, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–266（239 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–266（239 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 28–266（239 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 28–266（239 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 28–266（239 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3R8B Crystal structure of Staphylococcal Enterotoxin B in complex with an affinity matured mouse TCR VBeta8.2 protein, G5-8 提交 2011-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 28–266（239 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；Gel-filtered SEB/G5-8 complex at 2.5 mg/ml in 100 mM sodium chloride, 50 mM Tris, pH 7.5. 1:1 protein to reservoir solution containing 6.5% PEG8000, 10 mM zinc sulfate, 100 mM ammonium sulfate, 1% glycerol, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Microseeded using crystals grown in same condition without ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.95 Å R-free 0.265
3SEB STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN B 提交 1997-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–265（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.48 Å
3W2D Crystal Structure of Staphylococcal Eenterotoxin B in complex with a novel neutralization monoclonal antibody Fab fragment 提交 2012-11-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å R-free 0.261
4RGM Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to the neutralizing antibody 20B1 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 28–266（239 aa）片段：UNP residues 28-266	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.69 Å R-free 0.277
4RGM Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to the neutralizing antibody 20B1 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–266（239 aa）片段：UNP residues 28-266	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.69 Å R-free 0.277
4RGN Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to two neutralizing antibodies, 14G8 and 6D3 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 28–266（239 aa）片段：UNP residues 28-266	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, 6.7% w/v PEG3000, 0.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
4RGN Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to two neutralizing antibodies, 14G8 and 6D3 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 S 28–266（239 aa）片段：UNP residues 28-266	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, 6.7% w/v PEG3000, 0.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
4RGO Structure of Staphylococcal Enterotoxin B bound to the neutralizing antibody 14G8 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 28–266（239 aa）片段：UNP residues 28-266	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；80 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 16% w/v PEG8000, 160 mM magnesium acetate, 20% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
8YBL Crystal structure of nanobody SEB-Nb3 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB) 提交 2024-02-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.33 Å R-free 0.262
8YBM Crystal structure of nanobody SEB-Nb6 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB) 提交 2024-02-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 0.1 M Tris pH 8.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.04 Å R-free 0.259
8YBM Crystal structure of nanobody SEB-Nb6 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB) 提交 2024-02-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 0.1 M Tris pH 8.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.04 Å R-free 0.259
8YBO Crystal structure of nanobody SEB-Nb11 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB) 提交 2024-02-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；2% v/v TacsimateTM pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.59 Å R-free 0.284
8YBO Crystal structure of nanobody SEB-Nb11 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB) 提交 2024-02-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；2% v/v TacsimateTM pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.59 Å R-free 0.284
8YBP Crystal structure of nanobody SEB-Nb20 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB) 提交 2024-02-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.08 Å R-free 0.253
8YKT Fab and SEB complex 提交 2024-03-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Lithum sulfate, 0.1M Sodium acetate pH5.5, 10%PEG1000, 10% PEG8000	分辨率 2.04 Å R-free 0.230

共 22 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ETXB_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–240； UniProt 28–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ybn
沉积日期 deposition_date	2024-02-15
最后修订 last_revision	2024-12-25
结构标题 title	Crystal structure of nanobody SEB-Nb8 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB)
关键词 keywords	antibody, nanobody, toxin, staphylococcal enterotoxin B (SEB), antitoxin; ANTITOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.95 Å
零角强度 I(0) i0	29277700.00
分子量 molecular_weight	41372.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51604 Å³
包络体积 envelope_volume	62546 Å³
水化壳体积 shell_volume	22801 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.59 Å
包络 Rg envelope_rg	24.19 Å
形状 Rg shape_rg	23.91 Å
总 Rg total_rg	24.72 Å
总原子数 total_atoms	2915
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6260
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.475
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.272
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8471000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 0.991; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.817; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enterotoxin type B
分子量 formula_weight	28542.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2975

MESQPDPKPDELHKSSKFTGLMENMKVLYDDNHVSAINVKSIDQFLYFDLIYSIKDTKLGNYDNVRVEFKNKDLADKYKDKYVDVFGANYYYQCYFSKKTNDINSHQTDKRKTCMYGGVTEHNGNQLDKYRSITVRVFEDGKNLLSFDVQTNKKKVTAQELDYLTRHYLVKNKKLYEFNNSPYETGYIKFIENENSFWYDMMPAPGDKFDQSKYLMMYNDNKMVDSKDVKIEVYLTTKKK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	nanobody SEB-Nb8
分子量 formula_weight	14428.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLVESGGGSVQDGGSLRLSCAASGFTIDNRWMTWFRQAPGKEREGVASILTYSGRTVYADSGKGRFTISQANAKNSVYLQMNSLKPEDTATYYCAAGDAYHKWFMPSSRALDRKEYNYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.967 Å
晶胞边长 b length_b	87.860 Å
晶胞边长 c length_c	95.581 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.180 Å
最低分辨率 resolution_low	64.680 Å
R 因子 r_factor	0.2346
R_work r_work	0.2322
R_free r_free	0.2808

fit	/app/data/saxs_computation/yb/8ybn/8ybn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yb/8ybn/8ybn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yb/8ybn/8ybn.dat

Crystal structure of nanobody SEB-Nb8 bound to staphylococcal enterotoxin B (SEB)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterotoxin type B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)