SAXSdb — 8yf5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-3' exoribonuclease ;

Komagataella phaffii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–994 链 C； UniProt 1–994	突变：D233A, D235A	Decapping nuclease × 2 （F2QLF5） Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein × 1 （F2QNA8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8YF5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8YFE Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex 提交 2024-02-24	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–994（994 aa）链 C 1–994（994 aa）	突变：D233A, D235A 突变：D233A, D235A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.47 Å
8YFQ Cryo EM structure of Komagataella phaffii RNAPII-Rat1-Rai1 pre-termination complex 提交 2024-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 R 1–994（994 aa）	突变：E203Q, E205Q, D233N, D235N, D330N	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.30 Å
8YFR Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft 提交 2024-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 R 1–994（994 aa）	突变：E203Q, E205Q, D233N, D235N, D330N	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F2QV79_KOMPC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–994； UniProt 1–994 作者链 C； PDB构建体 1–994； UniProt 1–994

Decapping nuclease

Komagataella phaffii

UniProt F2QLF5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–381 链 D； UniProt 1–381	突变：E213A, D215A	;5'-3' exoribonuclease ; × 2 （F2QV79） Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein × 1 （F2QNA8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8YF5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8YFE Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex 提交 2024-02-24	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–381（381 aa）链 D 1–381（381 aa）	突变：E213A, D215A,D233N 突变：E213A, D215A,D233N	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.47 Å
8YFQ Cryo EM structure of Komagataella phaffii RNAPII-Rat1-Rai1 pre-termination complex 提交 2024-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric	链 S 1–381（381 aa）	突变：E213A, D215A	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.30 Å
8YFR Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft 提交 2024-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 S 1–381（381 aa）	突变：E213A, D215A	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F2QLF5_KOMPC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–384； UniProt 1–381 作者链 D； PDB构建体 4–384； UniProt 1–381

Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein

Komagataella phaffii

UniProt F2QNA8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–375	未记录	;5'-3' exoribonuclease ; × 2 （F2QV79） Decapping nuclease × 2 （F2QLF5）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；EMGP2	分辨率 3.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F2QNA8_KOMPC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yf5
沉积日期 deposition_date	2024-02-24
结构标题 title	Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
关键词 keywords	transcription termination, RNA polymerase II, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.54 Å
零角强度 I(0) i0	951084000.00
分子量 molecular_weight	261670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	329750 Å³
包络体积 envelope_volume	466780 Å³
水化壳体积 shell_volume	80254 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.27 Å
包络 Rg envelope_rg	47.34 Å
形状 Rg shape_rg	48.52 Å
总 Rg total_rg	48.75 Å
总原子数 total_atoms	18476
残基数 n_residues	2250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	162.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	951300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8981
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.601
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	147700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.934

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-3' exoribonuclease ;
分子量 formula_weight	115314.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
突变 mutation	D233A, D235A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	18476

MGVPALFRWLSRKYPKIISPVIQDEDVDIDGESRPTRYEDPNPNGELDNLYLDMNGIVHPCSHPEHKPVPETEDEMMLDVFAYTENVIMMARPRKVIYIAVDGVAPRAKMNQQRSRRFRSAQDAKDANEKKAAELKEMEKKGEIIDDAIKNKKTWDSNAITPGTPFMHRLADSLRYWAAYKLTTDPGWSGIEVIISDASVPGEGEHKIMSYVRSLRSSPKHDPNTTHCIYGLAAALIFLGLATHEPHFKILREDVFAQDKKSYSLQDQLRMTDIERQELKDKKTPFLWLHLNILREYLQIELNVPGLSFPFDLEKSIDDWVFICFFCGNDFLPHLPSLDVRDNSITTLVTIWKQILPTMKGYLTTDGYLNLPAVERLLAELAKKEDYIFRKRYEDEKRSLENQKRRKLAQEQSSARSQNAPNISTGKDKAPLTPNQNIPLYTTSGESVGIKMTDSEMVNNSALITKANEANKSIAELLKQNLQNEINKKRKISNEEQEVVKESVEEVVEEEDDVLVTSDPEDSSTEILIPKNEEIRLWEPGYRKRYYETKFHTKDPQKVKKIARNMVQKYIEGVSWVLLYYYQGCPSWNWYYPYHYAPFAADFVNLSELKIEFVEGTPFRPYEQLMSVLPAASSHNLPDVFRSLMSDANSEIIDFYPEEFPLDMNGKKVIWQAIPLLPFIDENRLLKAVQSKYDQLTEDEKFRNTNRSEILVLGRSHSHYPTLVKELYEEGKDSYEFQVDSSGVSGVAIKLQSFDRSGVLRLPVKQLEGYRHYPDISNRDFLMVEFKQLPKSHAKSMILSGLIPHLRRLTQEDKDSILYGGTNFYGRNRFSPEENADFKQYIGPHGKSQYLPRQGGYKAFIQIHSDEAKGHRHGIYHGGSHTETEFRRGGGYHQHGNRGGRGGYQGNQGYQANSGGYQNSYQGSYQGGYRGGYQGGSQGRYQAGYQSGYQGGYQGEYKNGYQGGYQGNQGNQGYNRQTYNASKSGTLPMKRRHNSGPSSGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Komagataella phaffii
通用名 common_name	Yeast, Pichia pastoris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	460519
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Decapping nuclease
分子量 formula_weight	44596.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
突变 mutation	E213A, D215A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPGMSKEKILPLAARSKKAMLRQPKQVAYFSRDLNYKTHPDRSNLSYYYLPDGDIDNSIDLSVGSKHFLLGDSVELSKLDPILLALKEIEKESGAKTKDRIITWRGIMRKLLTLPYDSEEDFVLDVVSFDGQLFIQFNVPYLKSKDVQKQGDTEFHKKLQFSGYKFEKMATLPKPWPECTRKEIDSRAKSKCNNIEQYGAIVRTGISRIKILIGGAVACTADYYDENDPLSRYIELKTTRTINQYKDMIAFEKKLFRTWAQCFLLGIPKIIYGFRDDNCILRTVEEFSTNDIPLMVKNNPLNEQPKKENCYMSSINFYGAVVEWLNESVKDDQVWKLSYAKRNRQYLVLKEVTDENEKQQIVDSAIPAWFKEWRSELRNSEGNI

来源 Source

来源生物 organism	Komagataella phaffii
通用名 common_name	Yeast, Pichia pastoris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	460519
宿主生物 host_organism	Escherichia coli KRX

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein
分子量 formula_weight	42272.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSYSKDIVLEKLASLEETQISIQSIGQWCLFHHRHAPETVAIWSEFVGSTQTKKLAGLYLANEIIQQSRAKRKTTFLDEFAKVLPSTLEQIYPSMISTHQAKLKRIIDVWSQRKIFDSNLIHRLYQSIQDQKAYNGLSSSSSNSPPINSGDLAPEISSLSTLFNKISTLKSSTSLVVNQINEQYSSLFDSETLPGTDIYLKQLGDLSTLITSARSKSQETQELRESIINELKKLIQVQESWITKDAESSGSLDEKLATVQQKESELKEFINDVEEEDGVPQYAASSDEEGDENVSKKRKMESPPTETVDSGEQPTNPVHPQLSSILESLSRTTGLTPEPASTSDESATATQKQDETPVSSSINPALASLLSKLNGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Komagataella phaffii
通用名 common_name	Yeast, Pichia pastoris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	460519
宿主生物 host_organism	Escherichia coli KRX

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.78 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	77924

fit	/app/data/saxs_computation/yf/8yf5/8yf5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yf/8yf5/8yf5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yf/8yf5/8yf5.dat

Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-3' exoribonuclease ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Decapping nuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)