SAXSdb — 8z22

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulating synaptic membrane exocytosis 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 675–843 链 B； UniProt 675–843	未记录	Liprin-alpha-2 × 2 （O75334）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；28% V/V 2-Propanol; 0.1M BIS-TRIS pH 6.5; 3% V/V Polyethylene glycol 200	分辨率 2.75 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8I6GEN0_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–175； UniProt 675–843 作者链 B； PDB构建体 7–175； UniProt 675–843

Liprin-alpha-2

Homo sapiens

UniProt O75334

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 300–404 链 D； UniProt 300–404	未记录	Regulating synaptic membrane exocytosis 1 × 2 （A0A8I6GEN0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；28% V/V 2-Propanol; 0.1M BIS-TRIS pH 6.5; 3% V/V Polyethylene glycol 200	分辨率 2.75 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Z22	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3TAC Crystal Structure of the Liprin-alpha/CASK complex 提交 2011-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 866–1193（328 aa）片段：UNP residues 866-1193	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.4M ammonium sulfate, 0.2M NaCl, MES buffer, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
3TAD Crystal Structure of the Liprin-alpha/Liprin-beta complex 提交 2011-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 866–1193（328 aa）片段：UNP residues 866-975, 1113-1193	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；3-5% PEG8000, 0.15M NaCl, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
3TAD Crystal Structure of the Liprin-alpha/Liprin-beta complex 提交 2011-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 866–1193（328 aa）片段：UNP residues 866-975, 1113-1193	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；3-5% PEG8000, 0.15M NaCl, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
6IUH Crystal structure of GIT1 PBD domain in complex with Liprin-alpha2 提交 2018-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 642–671（30 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.2M Potassium iodide, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
6IUH Crystal structure of GIT1 PBD domain in complex with Liprin-alpha2 提交 2018-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 642–671（30 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.2M Potassium iodide, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
7D2E Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H3 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 164–235（72 aa）片段：UNP residues 164-235 链 B 164–235（72 aa）片段：UNP residues 164-235 链 C 164–235（72 aa）片段：UNP residues 164-235 链 D 164–235（72 aa）片段：UNP residues 164-235	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 1.70 Å R-free 0.269
7D2G Coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2delC 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150 链 B 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150	突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.70 Å R-free 0.263
7D2G Coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2delC 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150 链 D 102–150（49 aa）片段：UNP residues 102-150	突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L106M, C143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.70 Å R-free 0.263
7D2H Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2 提交 2020-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163 链 B 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163 链 C 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163 链 D 102–163（62 aa）片段：UNP residues 102-163	突变：C143A 突变：C143A 突变：C143A 突变：C143A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Tris pH 8.0, 5% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.20 Å R-free 0.281

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIPA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–111； UniProt 300–404 作者链 D； PDB构建体 7–111； UniProt 300–404

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z22
沉积日期 deposition_date	2024-04-12
结构标题 title	Crystal structure of the liprin-alpha2/RIM1 complex
关键词 keywords	Coiled coil, Complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.06 Å
零角强度 I(0) i0	49385600.00
分子量 molecular_weight	54767.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68532 Å³
包络体积 envelope_volume	114680 Å³
水化壳体积 shell_volume	28908 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.27 Å
包络 Rg envelope_rg	40.51 Å
形状 Rg shape_rg	37.97 Å
总 Rg total_rg	38.27 Å
总原子数 total_atoms	3832
残基数 n_residues	479
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.1 Å
Rg (实空间) rg_real	38.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5194
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.594
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.248
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4722000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.429; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.080; Positv: 1.000; Valcen: 0.273; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Regulating synaptic membrane exocytosis 1
分子量 formula_weight	19229.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3852

HMGSEFGPAQLVGRQTLATPAMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENGACIAKKKTRIARKTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEELDLSSMVIGWYKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSSGPPCIRS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Liprin-alpha-2
分子量 formula_weight	13251.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPGSEFEVEQEAETARKDLIKTEEMNTKYQRDIREAMAQKEDMEERITTLEKRYLSAQRESTSIHDMNDKLENELANKEAILRQMEEKNRQLQERLELAEQKLQQTMRKAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.663 Å
晶胞边长 b length_b	92.697 Å
晶胞边长 c length_c	66.583 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	38.800 Å
R 因子 r_factor	0.2065
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/z2/8z22/8z22.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z2/8z22/8z22.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z2/8z22/8z22.dat

Crystal structure of the liprin-alpha2/RIM1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulating synaptic membrane exocytosis 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Liprin-alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)