8z39

Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant L-T56A with metals

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z39
沉积日期 deposition_date	2024-04-14
最后修订 last_revision	2025-04-16
结构标题 title	Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant L-T56A with metals
关键词 keywords	Sonic hedgehog protein (SHH), antibody, flexible/fluctuated epitope, affinity improvement, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.66 Å
零角强度 I(0) i0	67090000.00
分子量 molecular_weight	63819.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79467 Å³
包络体积 envelope_volume	98868 Å³
水化壳体积 shell_volume	30012 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.78 Å
包络 Rg envelope_rg	28.50 Å
形状 Rg shape_rg	28.61 Å
总 Rg total_rg	29.36 Å
总原子数 total_atoms	4491
残基数 n_residues	578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	67090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8575
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.484
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.289
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.866; Smooth: 0.696

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Sonic hedgehog protein N-product
分子量 formula_weight	19122.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5208

GFGKRRHPKKLTPLAYKQFIPNVAEKTLGASGRYEGKISRNSERFKELTPNYNPDIIFKDEENTGADRLMTQRCKDKLNALAISVMNQWPGVKLRVTEGWDEDGHHSEESLHYEGRAVDITTSDRDRSKYGMLARLAVEAGFDWVYYESKAHIHCSVKAENSVAAKSGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of antibody 5E1
分子量 formula_weight	26318.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGPELVRPGVSVKISCKGSGYTFIDEALHWVKQSHAESLEWIGVIRPYSGETNYNQKFKDKATMTVDISSSTAYLELARLTSEDSAIYYCARDWERGDFFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of antibody 5E1
分子量 formula_weight	26035.8 kDa
突变 mutation	T56A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

GDIVMTQTPKFLLVSAGDKVTITCKASQSVSNDLTWYQQKPGQSPKLLIYYASNRYAGVPDRFTGSGYGTDFTFTISTVQAEDLAVYFCQQDYGSPPTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	625

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.519 Å
晶胞边长 b length_b	70.005 Å
晶胞边长 c length_c	119.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.650 Å
R 因子 r_factor	0.1811
R_work r_work	0.1799
R_free r_free	0.2077

fit	/app/data/saxs_computation/z3/8z39/8z39.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z3/8z39/8z39.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z3/8z39/8z39.dat

Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant L-T56A with metals

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)