SAXSdb — 8z66

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 1–362	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Z66	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8Z3M Cryo-EM structure of the hGPR4-Gq complex in pH6.5 提交 2024-04-15	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8Z3Q Cryo-EM structure of the hGPR4-Gs complex in pH7.6 提交 2024-04-15	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
8Z3Y Cryo-EM structure of of hGPR4-Gs complex in pH6.8 提交 2024-04-16	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8Z65 Cryo-EM structure of the hGPR4-Gs complex in pH7.2 提交 2024-04-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
8Z67 Cryo-EM structure of the hGPR68-Gs complex in pH6.8 提交 2024-04-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8Z9O Cryo-EM structure of human GPR4-Gs complex 提交 2024-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 8–310（303 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8Z9P Cryo-EM structure of human GPR4-Gi complex 提交 2024-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 8–310（303 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
8ZCE Cryo-EM structure of GPR4 complexed with Gs in pH6.0 提交 2024-04-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8ZCF Cryo-EM structure of GPR4 complexed with Gs in pH7.5 提交 2024-04-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9BIP Human proton sensing receptor GPR4 in complex with miniGs 提交 2024-04-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9IV6 Cryo-EM structure of hGPR4-Gs complex in pH7.0 提交 2024-07-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9JCO Cryo-EM structure of the proton-sensing GPCR (GPR4)-Gs protein complex at pH 6.5 提交 2024-08-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 A1L35 2-[[(2~{R})-3-acetyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-trimethyl-azanium × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.36 Å
9JCP Cryo-EM structure of the proton-sensing GPCR (GPR4)-Gq protein complex at pH 7.4 提交 2024-08-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–362（362 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 A1L35 2-[[(2~{R})-3-acetyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-trimethyl-azanium × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9JCQ Cryo-EM structure of the proton-sensing GPCR (GPR4)-Gs protein complex at pH 7.4 提交 2024-08-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–362（362 aa）	未记录	A1L35 2-[[(2~{R})-3-acetyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl-trimethyl-azanium × 2 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
9JFU Cryo-EM structure of inactive GPR4 with NE52-QQ57 提交 2024-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–210（210 aa）链 R 217–354（138 aa）	未记录	A1L1E NE52-QQ57 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
9JFV Cryo-EM structure of GPR4 complexed with miniGs/q in pH6.8 提交 2024-09-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9JFW Cryo-EM structure of GPR4 complexed with Gs in pH6.8 提交 2024-09-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9JFX Cryo-EM structure of GPR4 complexed with miniGs/q in pH7.5 提交 2024-09-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9JFZ Cryo-EM structure of intermediate state GPR4 complexed with miniGs/q in pH7.5 提交 2024-09-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9JHP Cryo-EM structure of GPR4 complexed with miniG13 in pH6.8 提交 2024-09-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
9LGM Cryo-EM structure of GPR4 complexed with Gs in pH8.0 提交 2025-01-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–354（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å
9LMO Cryo-EM structure of human apo inactive GPR4 提交 2025-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–208（208 aa）链 R 223–362（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9LMP Cryo-EM structure of antagonist-bounded inactive human GPR4 提交 2025-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 1–208（208 aa）链 R 223–362（140 aa）	未记录	A1L1E NE52-QQ57 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9U4J Cryo-EM structure of the hGPR4-apo Receptor in pH 7.8 提交 2025-03-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–294（279 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–362； UniProt 1–362

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z66
沉积日期 deposition_date	2024-04-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of the receptor of hGPR4-Gs complex in pH7.2
关键词 keywords	pH7.2, hGPR4, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.48 Å
零角强度 I(0) i0	15369500.00
分子量 molecular_weight	31327.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39957 Å³
包络体积 envelope_volume	47685 Å³
水化壳体积 shell_volume	19884 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.84 Å
包络 Rg envelope_rg	21.05 Å
形状 Rg shape_rg	20.49 Å
总 Rg total_rg	21.43 Å
总原子数 total_atoms	2220
残基数 n_residues	296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8094
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2422000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	555673

描述 description	G-protein coupled receptor 4
分子量 formula_weight	41026.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	2220

Cryo-EM structure of the receptor of hGPR4-Gs complex in pH7.2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

fit	/app/data/saxs_computation/z6/8z66/8z66.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z6/8z66/8z66.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z6/8z66/8z66.dat