SAXSdb — 8z94

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 388–518 链 B； UniProt 388–518 链 C； UniProt 388–518	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.56 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Z94	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
12KL SSNMR Structure of Anti-necroptosis Viral:Human Functional Hetero-amyloid M45:RIPK3 提交 2026-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 388–518（131 aa）链 C 388–518（131 aa）链 E 388–518（131 aa）链 G 388–518（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 7.4；285 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 5 mM U-13C,15N M45, 5 mM RIPK3, water \| water NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N M45, 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N RIPK3, water \| water NMR样品组成 5 mM U-13C,15N RIPK3, 5 mM M45, water \| water NMR样品组成 5 mM U-13C,15N RIPK3, water \| water NMR样品组成 5 mM U-13C,15N M45, water \| water NMR样品组成 5 mM 1,3-13C-glycerol, 15N M45, 5 mM RIPK3, water \| water NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N M45, 5 mM RIPK3, water \| water NMR样品组成 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM M45, water \| water NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM M45, water \| water NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N M45, water \| water	分辨率未提供
5ZCK Structure of the RIP3 core region 提交 2018-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 458–461（4 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, 20% (v/v) PEG 200	分辨率 1.27 Å R-free 0.152
7DA4 Cryo-EM structure of amyloid fibril formed by human RIPK3 提交 2020-10-14	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 388–518（131 aa）片段：C-terminal domain 链 B 388–518（131 aa）片段：C-terminal domain 链 C 388–518（131 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å
7DAC Human RIPK3 amyloid fibril revealed by solid-state NMR 提交 2020-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 418–518（101 aa）链 B 418–518（101 aa）链 C 418–518（101 aa）链 D 418–518（101 aa）链 E 418–518（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 5 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 5 mg/mL [U-100% 2-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 5 mg/mL [U-100% 1, 3-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 5 mg/mL [U-50% 13C; natural abundance N][natural abandance 13C; U-50% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7MON Structure of human RIPK3-MLKL complex 提交 2021-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–316（316 aa）	突变：C3S, C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZL1 N-[4-({2-[(cyclopropanecarbonyl)amino]pyridin-4-yl}oxy)-3-fluorophenyl]-1-(4-fluorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；281.15 K；0.2 M ammonium acetate 30%w/v PEG 4000 0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.5	分辨率 2.23 Å R-free 0.260
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–315（314 aa）	突变：C3S, C110A	ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.23 Å R-free 0.285
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–315（314 aa）	突变：C3S, C110A	ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.23 Å R-free 0.285
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–315（314 aa）	突变：C3S, C110A	ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.23 Å R-free 0.285
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–315（314 aa）	突变：C3S, C110A	ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.23 Å R-free 0.285
9LFU Crystal structure of human RIP3 kinase domain complexed with LK01003 提交 2025-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–315（314 aa）	突变：C3S, C110A	A1D97 2-cyclopentyl-~{N}-(6-propan-2-ylsulfonylquinolin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 22.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris, pH 7.5	分辨率 2.93 Å R-free 0.319
9LFU Crystal structure of human RIP3 kinase domain complexed with LK01003 提交 2025-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–315（314 aa）	突变：C3S, C110A	A1D97 2-cyclopentyl-~{N}-(6-propan-2-ylsulfonylquinolin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 22.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris, pH 7.5	分辨率 2.93 Å R-free 0.319

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIPK3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–133； UniProt 388–518 作者链 B； PDB构建体 3–133； UniProt 388–518 作者链 C； PDB构建体 3–133； UniProt 388–518

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z94
沉积日期 deposition_date	2024-04-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of RIPK1 RHIM PFFs cross seeded RIPK3 RHIM amyloid fibril
关键词 keywords	amyloid fibril, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.38 Å
零角强度 I(0) i0	1282110.00
分子量 molecular_weight	7274.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8952 Å³
包络体积 envelope_volume	9606 Å³
水化壳体积 shell_volume	7614 Å³
包络直径 envelope_diameter	37.1 Å
壳层 Rg shell_rg	16.34 Å
包络 Rg envelope_rg	11.69 Å
形状 Rg shape_rg	11.37 Å
总 Rg total_rg	12.64 Å
总原子数 total_atoms	507
残基数 n_residues	66
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.6 Å
Rg (实空间) rg_real	12.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2820e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3990e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1282000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	135800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	45526

描述 description	Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
分子量 formula_weight	15311.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C
原子数 atom_count	507

Cryo-EM structure of RIPK1 RHIM PFFs cross seeded RIPK3 RHIM amyloid fibril

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/z9/8z94/8z94.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/8z94/8z94.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/8z94/8z94.dat