8ziv

wtEP-trypsinogen in Tryp-1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 137.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enteropeptidase catalytic light chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 12 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 182–784 链 D； UniProt 785–1019	突变：H825A/D876A/S971A	Serine protease 1 × 1 （P07477） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8ZIV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
6ZOV ENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 提交 2020-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 785–1019（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250
6ZOV ENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 提交 2020-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 785–1019（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250
6ZOV ENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 提交 2020-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 785–1019（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250
6ZOV ENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 提交 2020-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 785–1019（235 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250
7WQW Structure of Active-EP 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–784（261 aa）链 B 785–1019（235 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7WQX Structure of Inactive-EP 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–1019（501 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7WQZ Structure of Active-mutEP 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–784（261 aa）链 B 785–1019（235 aa）	突变：H825A, D876A, S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7WR7 Structure of Inhibited-EP 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–784（261 aa）链 B 785–1019（235 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8H3S Substrate-bound EP, polyA model 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 183–784（602 aa）链 B 785–1019（235 aa）	突变：H825A, D876A, S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
8H3U Inhibitor-bound EP, polyA model 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 183–784（602 aa）链 B 785–1019（235 aa）	突变：H825A,D876A,S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8ZI4 Cryo-EM structure of wtEP-trypsinogen 提交 2024-05-13	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 182–784（603 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：H825A/D876A/S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8ZIW enteropeptidase with E574A 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 501–784（284 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：E574A 突变：H825A/D876A/S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
8ZIY trypsinogen-EP-E574A 提交 2024-05-14	突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 182–784（603 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：E574A 突变：H825A/D876A/S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
8ZIZ enteropeptidase with N619A 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 509–784（276 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：N619A 突变：H825A/D876A/S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8ZJ4 trypsinogen-EP-N619A 提交 2024-05-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 182–784（603 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：N619A 突变：H825A/D876A/S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 13 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–235； UniProt 785–1019 作者链 A； PDB构建体 1–603； UniProt 182–784

Serine protease 1

物种未注明

UniProt P07477

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 12 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 16–247	未记录	Enteropeptidase catalytic light chain × 1 （P98073） Enteropeptidase non-catalytic heavy chain × 1 （P98073） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8ZIV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FXY COAGULATION FACTOR XA-TRYPSIN CHIMERA INHIBITED WITH D-PHE-PRO-ARG-CHLOROMETHYLKETONE 提交 1998-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 127–247（121 aa）	突变：Q20Y, E21N, C27V	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEG 6K, 100 MM HEPES, PH 7.8.	分辨率 2.15 Å R-free 0.245
1TRN CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRYPSIN 1: UNEXPECTED PHOSPHORYLATION OF TYROSINE 151 提交 1995-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–247（224 aa）链 B 24–247（224 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ISP PHOSPHORYLISOPROPANE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2RA3 Human cationic trypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2007-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–247（224 aa）链 B 24–247（224 aa）	突变：R117H, S195A 突变：R117H, S195A	CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris hydrochloride pH 8.5, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.46 Å R-free 0.178
2RA3 Human cationic trypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2007-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 24–247（224 aa）链 B 24–247（224 aa）	突变：R117H, S195A 突变：R117H, S195A	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 48	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris hydrochloride pH 8.5, 1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.46 Å R-free 0.178
4WWY human cationic trypsin G193R mutant in complex with bovine pancreatic trypsin inhibitor 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–247（224 aa）片段：UNP residues 24-247	突变：G193R, R117H	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate, 30% PEG-8000	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4WWY human cationic trypsin G193R mutant in complex with bovine pancreatic trypsin inhibitor 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–247（224 aa）片段：UNP residues 24-247	突变：G193R, R117H	SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate, 30% PEG-8000	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4WXV Human cationic trypsin K97D mutant in complex with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2014-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–247（224 aa）片段：UNP residues 24-247	突变：K97D, R117H, S195A	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1 sodium cacodylate trihydrate, 30% PEG-8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.281
4WXV Human cationic trypsin K97D mutant in complex with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2014-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–247（224 aa）片段：UNP residues 24-247	突变：K97D, R117H, S195A	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1 sodium cacodylate trihydrate, 30% PEG-8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.281
7QE8 Human cationic trypsin (TRY1) complexed with serine protease inhibitor Kazal type 1 (SPINK1) 提交 2021-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–247（224 aa）	突变：S200A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；1 ul protein solution (20 mg/mL in 20 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl) + 1 ul well solution (15% PEG 4000, 0.3 M AS), cryo 15% PEG 4000, 0.3 M AS, 8% PEG 400	分辨率 2.90 Å R-free 0.243
7QE8 Human cationic trypsin (TRY1) complexed with serine protease inhibitor Kazal type 1 (SPINK1) 提交 2021-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–247（224 aa）	突变：S200A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；1 ul protein solution (20 mg/mL in 20 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl) + 1 ul well solution (15% PEG 4000, 0.3 M AS), cryo 15% PEG 4000, 0.3 M AS, 8% PEG 400	分辨率 2.90 Å R-free 0.243
7QE9 Human cationic trypsin (TRY1) complexed with serine protease inhibitor Kazal type 1 N34S (SPINK1 N34S) 提交 2021-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–247（224 aa）	突变：S200A	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；1 uL protein solution (20 mg/mL in 20 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl) + 1 uL well solution (15% PEG 4000, 0.3 M AS), cryo: 15% PEG 4000, 0.3 M AS, 8% PEG 400	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
7QE9 Human cationic trypsin (TRY1) complexed with serine protease inhibitor Kazal type 1 N34S (SPINK1 N34S) 提交 2021-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–247（224 aa）	突变：S200A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；1 uL protein solution (20 mg/mL in 20 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl) + 1 uL well solution (15% PEG 4000, 0.3 M AS), cryo: 15% PEG 4000, 0.3 M AS, 8% PEG 400	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
8H3S Substrate-bound EP, polyA model 提交 2022-10-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 16–247（232 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
8ZI4 Cryo-EM structure of wtEP-trypsinogen 提交 2024-05-13	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 16–247（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8ZIY trypsinogen-EP-E574A 提交 2024-05-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 16–247（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
8ZJ4 trypsinogen-EP-N619A 提交 2024-05-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 16–247（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRY1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–232； UniProt 16–247

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ziv
沉积日期 deposition_date	2024-05-14
结构标题 title	wtEP-trypsinogen in Tryp-1
关键词 keywords	membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.63 Å
零角强度 I(0) i0	253480000.00
分子量 molecular_weight	125660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155670 Å³
包络体积 envelope_volume	222920 Å³
水化壳体积 shell_volume	48913 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.65 Å
包络 Rg envelope_rg	39.78 Å
形状 Rg shape_rg	39.58 Å
总 Rg total_rg	39.97 Å
总原子数 total_atoms	8818
残基数 n_residues	1070
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	253400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8410
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.544
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.168
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.726

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enteropeptidase catalytic light chain
分子量 formula_weight	26150.7 kDa
突变 mutation	H825A/D876A/S971A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	8818

IVGGSNAKEGAWPWVVGLYYGGRLLCGASLVSSDWLVSAAACVYGRNLEPSKWTAILGLHMKSNLTSPQTVPRLIDEIVINPHYNRRRKDNAIAMMHLEFKVNYTDYIQPICLPEENQVFPPGRNCSIAGWGTVVYQGTTANILQEADVPLLSNERCQQQMPEYNITENMICAGYEEGGIDSCQGDAGGPLMCQENNRWFLAGVTSFGYKCALPNRPGVYARVSRFTEWIQSFLH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Enteropeptidase non-catalytic heavy chain
分子量 formula_weight	66766.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

IECLPGSSPCTDALTCIKADLFCDGEVNCPDGSDEDNKMCATVCDGRFLLTGSSGSFQATHYPKPSETSVVCQWIIRVNQGLSIKLSFDDFNTYYTDILDIYEGVGSSKILRASIWETNPGTIRIFSNQVTATFLIESDESDYVGFNATYTAFNSSELNNYEKINCNFEDGFCFWVQDLNDDNEWERIQGSTFSPFTGPNFDHTFGNASGFYISTPTGPGGRQERVGLLSLPLDPTLEPACLSFWYHMYGENVHKLSINISNDQNMEKTVFQKEGNYGDNWNYGQVTLNETVKFKVAFNAFKNKILSDIALDDISLTYGICNGSLYPEPTLVPTPPPELPTDCGGPFELWEPNTTFSSTNFPNSYPNLAFCVWILNAQKGKNIQLHFQEFDLENINDVVEIRDGEEADSLLLAVYTGPGPVKDVFSTTNRMTVLLITNDVLARGGFKANFTTGYHLGIPEPCKADHFQCKNGECVPLVNLCDGHLHCEDGSDEADCVRFFNGTTNNNGLVRFRIQSIWHTACAENWTTQISNDVCQLLGLGSGNSSKPIFPTDGGPFVKLNTAPDGHLILTPSQQCLQDSLIRLQCNHKSCGKKLAAQDITPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Serine protease 1
分子量 formula_weight	25042.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

APFDDDDKIVGGYNCEENSVPYQVSLNSGYHFCGGSLINEQWVVSAGHCYKSRIQVRLGEHNIEVLEGNEQFINAAKIIRHPQYDRKTLNNDIMLIKLSSRAVINARVSTISLPTAPPATGTKCLISGWGNTASSGADYPDELQCLDAPVLSQAKCEASYPGKITSNMFCVGFLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGQLQGVVSWGDGCAQKNKPGVYTKVYNYVKWIKNTIAANS

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	311357

fit	/app/data/saxs_computation/zi/8ziv/8ziv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zi/8ziv/8ziv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zi/8ziv/8ziv.dat

wtEP-trypsinogen in Tryp-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enteropeptidase catalytic light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine protease 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)