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8zkr

Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidic acid bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 146.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polycystin-1

Homo sapiens

UniProt P98161

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 3052–4303 未记录 Polycystin-2 × 3 （Q13563） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8ZKR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B4R PKD DOMAIN 1 FROM HUMAN POLYCYSTEIN-1 提交 1998-12-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 275–354（80 aa） 片段：PKD DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3；298 K
分辨率未提供
6A70 Structure of the human PKD1/PKD2 complex 提交 2018-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 3049–4169（1121 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8Z6B Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex 提交 2024-04-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8Z6F Structure of polycystin-1/polycystin-2 complex with PI(4)P-bound 提交 2024-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 A1D75 [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8Z6H Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8ZKH Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 2.30 Å
8ZKS Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutation 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.21 Å
8ZKT Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.34 Å
8ZKU Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.34 Å
8ZL8 Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with 7b,27-DHC 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 A1EQ3 (3~{S},7~{R},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-17-[(2~{R},6~{R})-6-methyl-7-oxidanyl-heptan-2-yl]-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7-diol × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.38 Å
9L0M Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9L0W Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3052–4303（1252 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PKD1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 10–1261； UniProt 3052–4303

Polycystin-2

Homo sapiens

UniProt Q13563

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–968 链 C； UniProt 1–968 链 D； UniProt 1–968 未记录 Polycystin-1 × 1 （P98161） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8ZKR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KLD Solution Structure of the Calcium Binding Domain of the C-terminal Cytosolic Domain of Polycystin-2 提交 2009-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 680–796（117 aa） 片段：residues 680-796
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.51；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polycystin-2 Polypeptide-1, 5mM Ca2+-2, 0.1mM DSS-3, 10mM potassium phosphate buffer-4, 500mM NaCl-5, 2mM DTE-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KLE ISIC Refined Solution Structure of the Calcium Binding Domain of the C-terminal Cytosolic Domain of Polycystin-2 提交 2009-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 680–796（117 aa） 片段：residues 680-796
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.51；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polycystin-2 Polypeptide-1, 5mM Ca2+-2, 0.1mM DSS-3, 10mM potassium phosphate buffer-4, 500mM NaCl-5, 2mM DTE-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KQ6 The structure of the EF-hand domain of polycystin-2 suggests a mechanism for Ca2+-dependent regulation of polycystin-2 channel activity 提交 2009-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 720–797（78 aa） 片段：UNP residues 720-797
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 % D2O, 0.05 % sodium azide, 10 uM PMSF, 2 mM TRIS pH7.4, 150 mM sodium chloride, 20 mM Ca2+, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-15N] protein, 2 mM TRIS pH7.4, 20 mM Ca2+, 150 mM sodium chloride, 5% D2O, 10 uM PMSF, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2Y4Q Solution structure of the EF-hand domain of Human Polycystin 2 提交 2011-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 717–792（76 aa） 片段：RESIDUES 717-792
未记录 CA CALCIUM ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150
NMR样品组成 95% WATER / 5% D2O
分辨率未提供
3HRN crystal structure of a C-terminal coiled coil domain of Transient receptor potential (TRP) channel subfamily P member 2 (TRPP2, polycystic kidney disease 2) 提交 2009-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 833–895（63 aa） 片段：C-terminal of Coiled Coil Domain, UNP residues 833-895
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；Dioxane, NaAc, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.260
3HRO Crystal structure of a C-terminal coiled coil domain of Transient receptor potential (TRP) channel subfamily P member 2 (TRPP2, polycystic kidney disease 2) 提交 2009-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 833–872（40 aa） 片段：C-terminal of Coiled Coil Domain, UNP residues 833-872
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；PEG 6000, LiCl, Citric Acid, pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5K47 CryoEM structure of the human Polycystin-2/PKD2 TRP channel 提交 2016-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
链 B 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
链 C 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
链 D 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 microlitres were applied to the grid and blotted for 3secs prior to plunge in liquid ethane
分辨率 4.22 Å
5MKE cryoEM Structure of Polycystin-2 in complex with cations and lipids 提交 2016-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–968（968 aa）
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CHS 4-AMINO-5-CYCLOHEXYL-3-HYDROXY-PENTANOIC ACID × 8 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 PLM PALMITIC ACID × 12 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
5MKF cryoEM Structure of Polycystin-2 in complex with calcium and lipids 提交 2016-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–968（968 aa）
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 PLM PALMITIC ACID × 12 CHS 4-AMINO-5-CYCLOHEXYL-3-HYDROXY-PENTANOIC ACID × 8 CA CALCIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5T4D Cryo-EM structure of Polycystic Kidney Disease protein 2 (PKD2), residues 198-703 提交 2016-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 198–702（505 aa）
链 B 198–702（505 aa）
链 C 198–702（505 aa）
链 D 198–702（505 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 7 seconds, -1 mm offset before plunging
分辨率 3.00 Å
6A70 Structure of the human PKD1/PKD2 complex 提交 2018-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa）
链 F 185–723（539 aa）
链 G 185–723（539 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6D1W human PKD2 F604P mutant 提交 2018-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 53–792（740 aa）
链 B 53–792（740 aa）
链 C 53–792（740 aa）
链 D 53–792（740 aa）
突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
6T9N CryoEM structure of human polycystin-2/PKD2 in UDM supplemented with PI(4,5)P2 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa）
链 B 185–723（539 aa）
链 C 185–723（539 aa）
链 D 185–723（539 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 32 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
6T9O CryoEM structure of human polycystin-2/PKD2 in UDM supplemented with PI(3,5)P2 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa）
链 B 185–723（539 aa）
链 C 185–723（539 aa）
链 D 185–723（539 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 20 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
6WB8 Cryo-EM structure of PKD2 C331S disease variant 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 41–792（752 aa）
链 B 41–792（752 aa）
链 C 41–792（752 aa）
链 D 41–792（752 aa）
突变：C331S 突变：C331S 突变：C331S 突变：C331S NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
8HK7 Structure of PKD2-F604P (Polycystin-2, TRPP2) with ML-SA1 提交 2022-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–719（535 aa）
链 B 185–719（535 aa）
链 C 185–719（535 aa）
链 D 185–719（535 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 1 AQV 2-{2-oxo-2-[(4S)-2,2,4-trimethyl-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethyl}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8K3S Structure of PKD2-F604P complex 提交 2023-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–719（535 aa）
链 B 185–719（535 aa）
链 C 185–719（535 aa）
链 D 185–719（535 aa）
突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.00 Å
8Z6B Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex 提交 2024-04-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8Z6F Structure of polycystin-1/polycystin-2 complex with PI(4)P-bound 提交 2024-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 A1D75 [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8Z6H Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8ZKH Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-05-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 2.30 Å
8ZKS Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutation 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.21 Å
8ZKT Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.34 Å
8ZKU Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.34 Å
8ZL8 Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with 7b,27-DHC 提交 2024-05-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 A1EQ3 (3~{S},7~{R},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-17-[(2~{R},6~{R})-6-methyl-7-oxidanyl-heptan-2-yl]-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7-diol × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.38 Å
9DLI PKD2 ion channel, R638C variant 提交 2024-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A1 53–792（740 aa）
链 A2 53–792（740 aa）
链 A3 53–792（740 aa）
链 A4 53–792（740 aa）
突变：R638C 突变：R638C 突变：R638C 突变：R638C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9DWQ PKD2 ion channel, F629S variant 提交 2024-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 53–792（740 aa）
链 B 53–792（740 aa）
链 C 53–792（740 aa）
链 D 53–792（740 aa）
突变：F629S 突变：F629S 突变：F629S 突变：F629S CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-NaOH, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried in air. Ethane temperature -183 C
分辨率 2.76 Å
9DWT PKD2 ion channel, F634A mutant 提交 2024-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–693（480 aa）
链 B 214–693（480 aa）
链 C 214–693（480 aa）
链 D 214–693（480 aa）
突变：F634A 突变：F634A 突变：F634A 突变：F634A CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-NaOH, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried in air. Ethane temperature -183 C
分辨率 3.01 Å
9L0M Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9L0W Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PKD2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 40–1007； UniProt 1–968 作者链 C； PDB构建体 40–1007； UniProt 1–968 作者链 D； PDB构建体 40–1007； UniProt 1–968

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8zkr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8zkr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8zkr
沉积日期 deposition_date2024-05-17
结构标题 titleStructure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidic acid bound
关键词 keywordsion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.36 Å
零角强度 I(0) i0770022000.00
分子量 molecular_weight240750.0 kDa
排除体积 excluded_volume305840 ų
包络体积 envelope_volume447370 ų
水化壳体积 shell_volume83455 ų
包络直径 envelope_diameter157.0 Å
壳层 Rg shell_rg50.54 Å
包络 Rg envelope_rg43.20 Å
形状 Rg shape_rg43.37 Å
总 Rg total_rg43.69 Å
总原子数 total_atoms17055
残基数 n_residues2181
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax146.1 Å
Rg (实空间) rg_real44.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real7.7000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal770100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8555
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary58.4 Å
偏度 Skewness skewness0.317
峰度 Kurtosis kurtosis-0.020
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha90850000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.702
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)