9azj

Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9azj
沉积日期 deposition_date	2024-03-11
结构标题 title	Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1
关键词 keywords	ubiquitin binding domain, UBAN, NZF, NF-kB, SIGNALING PROTEIN, NEMO; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.83 Å
零角强度 I(0) i0	61314300.00
分子量 molecular_weight	60700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75550 Å³
包络体积 envelope_volume	112450 Å³
水化壳体积 shell_volume	28938 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.22 Å
包络 Rg envelope_rg	34.80 Å
形状 Rg shape_rg	34.94 Å
总 Rg total_rg	34.79 Å
总原子数 total_atoms	4258
残基数 n_residues	589
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8707
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.214
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3086000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.932; Smooth: 0.884

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	NF-kappa-B essential modulator
分子量 formula_weight	12643.4 kDa
突变 mutation	K285C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4258

GMQLEDLKQQLQQAEEALVAKQEVIDKLCEEAEQHKIVMETVPVLKAQADIYKADFQAERQAREKLAEKKELLQEQLEQLQREYSKLKASCQESARIEDMRKRHVEVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
分子量 formula_weight	3245.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

RGRWACQSCTFENEAAAVLCSICERPRLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8622.9 kDa
突变 mutation	G76C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,S,Z

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.828 Å
晶胞边长 b length_b	101.447 Å
晶胞边长 c length_c	144.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.320 Å
最低分辨率 resolution_low	50.720 Å
R 因子 r_factor	0.2431
R_work r_work	0.2408
R_free r_free	0.2847

fit	/app/data/saxs_computation/az/9azj/9azj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/az/9azj/9azj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/az/9azj/9azj.dat

Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)