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9baf

Solution NMR structure of conofurin-Delta

Method: SOLUTION NMR Dmax: 23.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-conotoxin LvIA

物种未注明

UniProt L8BU87

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–36 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 2.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）nd；压力 1 NMR样品组成：2.0 mg/mL peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9BAF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MDQ A Novel 4/7-Conotoxin LvIA from Conus lividus that Selectively Blocks 3 2 vs. 6/3 2 3 Nicotinic Acetylcholine Receptors 提交 2013-09-16 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–36（16 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM H2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.5 mM D2O, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
5XGL Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with alpha-conotoxin LvIA 提交 2017-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 21–36（16 aa）
链 E 21–36（16 aa）
链 F 21–36（16 aa）
链 H 21–36（16 aa）
链 J 21–36（16 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris propane PH 7.0
分辨率 3.44 Å R-free 0.283
6M4X Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with [N9A]LvIA 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 21–36（16 aa）
链 E 21–36（16 aa）
链 F 21–36（16 aa）
链 H 21–36（16 aa）
链 J 21–36（16 aa）
突变：N29A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N29A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N29A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N29A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：N29A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M Magnesium sulfate hydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6)
分辨率 3.00 Å R-free 0.316
6M4Z Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with alpha-conotoxin [D11A]LvIA 提交 2020-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 21–36（16 aa）
链 E 21–36（16 aa）
链 F 21–36（16 aa）
链 H 21–36（16 aa）
链 J 21–36（16 aa）
突变：D31A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D31A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D31A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D31A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D31A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 7.0)
分辨率 2.80 Å R-free 0.268

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CA1A_CONLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–16； UniProt 21–36

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9baf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9baf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9baf
沉积日期 deposition_date2024-04-04
结构标题 titleSolution NMR structure of conofurin-Delta
关键词 keywordsconotoxin, nicotinic acetylcholine receptor, NEUROPEPTIDE; NEUROPEPTIDE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier6.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron6.72 Å
零角强度 I(0) i031276600.00
分子量 molecular_weight35062.0 kDa
排除体积 excluded_volume39649 ų
包络体积 envelope_volume4611 ų
水化壳体积 shell_volume5090 ų
包络直径 envelope_diameter26.0 Å
壳层 Rg shell_rg13.11 Å
包络 Rg envelope_rg8.77 Å
形状 Rg shape_rg6.72 Å
总 Rg total_rg6.99 Å
总原子数 total_atoms4640
残基数 n_residues320
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax23.8 Å
Rg (实空间) rg_real6.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal6.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31280000.0000
解质量估计 total_estimate0.8329
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary7.8 Å
偏度 Skewness skewness0.492
峰度 Kurtosis kurtosis0.118
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1861.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.840; Smooth: 0.813
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)