9bdx

NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bdx
沉积日期 deposition_date	2024-04-12
结构标题 title	NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA
关键词 keywords	RelA, kappaB DNA, Promoter, Transcription, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.34 Å
零角强度 I(0) i0	108773000.00
分子量 molecular_weight	72873.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87234 Å³
包络体积 envelope_volume	119490 Å³
水化壳体积 shell_volume	34282 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.68 Å
包络 Rg envelope_rg	30.62 Å
形状 Rg shape_rg	30.40 Å
总 Rg total_rg	30.63 Å
总原子数 total_atoms	5080
残基数 n_residues	584
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	108800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8632
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.449
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.126
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.761; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor p65
分子量 formula_weight	32869.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5080

MPYVEIIEQPKQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGERSTDTTKTHPTIKINGYTGPGTVRISLVTKDPPHRPHPHELVGKDCRDGYYEADLCPDRSIHSFQNLGIQCVKKRDLEQAISQRIQTNNNPFHVPIEEQRGDYDLNAVRLCFQVTVRDPAGRPLLLTPVLSHPIFDNRAPNTAELKICRVNRNSGSCLGGDEIFLLCDKVQKEDIEVYFTGPGWEARGSFSQADVHRQVAIVFRTPPYADPSLQAPVRVSMQLRRPSDRELSEPMEFQYLPDTDDRHRIEEKRKR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPTPGPGPGPAPAPCPTPTPCPCPAPGPTPGPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5844.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ACTGGGAACTTCCAGTGAT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPCPAPCPTPGPGPAPAPGPTPTPCPCPCPAPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5804.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ATCACTGGAAGTTCCCAGT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.953 Å
晶胞边长 b length_b	132.182 Å
晶胞边长 c length_c	66.577 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.750 Å
R 因子 r_factor	0.3241
R_work r_work	0.3214
R_free r_free	0.3742

fit	/app/data/saxs_computation/bd/9bdx/9bdx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bd/9bdx/9bdx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bd/9bdx/9bdx.dat

NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)