9bjh

Crystal structure of neutralizing human monoclonal antibody 75C8 in complex with AMA1 DI-DII

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 152.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bjh
沉积日期 deposition_date	2024-04-25
结构标题 title	Crystal structure of neutralizing human monoclonal antibody 75C8 in complex with AMA1 DI-DII
关键词 keywords	Apical membrane antigen 1, AMA1, Plasmodium, Malaria, Antigen-Antibody complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.76 Å
零角强度 I(0) i0	372056000.00
分子量 molecular_weight	159160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198320 Å³
包络体积 envelope_volume	305780 Å³
水化壳体积 shell_volume	49985 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.1 Å
壳层 Rg shell_rg	57.05 Å
包络 Rg envelope_rg	47.73 Å
形状 Rg shape_rg	50.74 Å
总 Rg total_rg	51.04 Å
总原子数 total_atoms	22054
残基数 n_residues	1437
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.0 Å
Rg (实空间) rg_real	50.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	372100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8227
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	88.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.094
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.034
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.632

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Apical membrane antigen 1
分子量 formula_weight	39655.5 kDa
突变 mutation	T64A, T188A, S273A, S323A, S324A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	22075

ETGNYMGNPWTEYMAKYDIEEVHGSGIRVDLGEDAEVAGTQYRLPSGKCPVFGKGIIIENSNTAFLTPVATGNQYLKDGGFAFPPTEPLMSPMTLDEMRHFYKDNKYVKNLDELTLCSRHAGNMIPDNDKNSNYKYPAVYDDKDKKCHILYIAAQENNGPRYCNKDESKRNSMFCFRPAKDISFQNYAYLSKNVVDNWEKVCPRKNLQNAKFGLWVDGNCEDIPHVNEFPAIDLFECNKLVFELSASDQPKQYEQHLTDYEKIKEGFKNKNAAMIKSAFLPTGAFKADRYKSHGKGYNWGNYNTETQKCEIFNVKPTCLINNAAYIATTALSHPIEVEGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	75C8 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	25852.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

MGIQVQLRESGPHLVKPSETLSLTCNVSGGTINRYYWNWIRQIPGKGLEWIGNIYYTGTTETNPSLEGRPLISIDRTTQQVSLTLTSVTPADTAVYYCARTRGEWSPDWCLDRWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	75C8 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23993.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

MGIEIVLTQSPDTLSLSPGDTATLSCRASQTITNAYFAWYQQKPGQAPRLLIYSTSTRASGIPDRFSGSGSGTEFTLTISRLEPEDFAVFYCQQYVRSPWTFGQGTKVELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.868 Å
晶胞边长 b length_b	71.620 Å
晶胞边长 c length_c	132.927 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.11 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	112.39 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.870 Å
R 因子 r_factor	0.2128
R_work r_work	0.2107
R_free r_free	0.2529

fit	/app/data/saxs_computation/bj/9bjh/9bjh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bj/9bjh/9bjh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bj/9bjh/9bjh.dat

Crystal structure of neutralizing human monoclonal antibody 75C8 in complex with AMA1 DI-DII

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)