9bn8

Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (MurD) from E. coli in complex with UMA and inhibitor A19

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bn8
沉积日期 deposition_date	2024-05-02
结构标题 title	Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (MurD) from E. coli in complex with UMA and inhibitor A19
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, MurD, LIGASE, LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex ;; LIGASE/LIGASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.41 Å
零角强度 I(0) i0	43997600.00
分子量 molecular_weight	48645.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59755 Å³
包络体积 envelope_volume	70418 Å³
水化壳体积 shell_volume	25924 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.56 Å
包络 Rg envelope_rg	22.62 Å
形状 Rg shape_rg	22.42 Å
总 Rg total_rg	23.17 Å
总原子数 total_atoms	3391
残基数 n_residues	438
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.6 Å
Rg (实空间) rg_real	23.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.449
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	12880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
分子量 formula_weight	47906.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4017

MADYQGKNVVIIGLGLTGLSCVDFFLARGVTPRVMDTRMTPPGLDKLPEAVERHTGSLNDEWLMAADLIVASPGIALAHPSLSAAADAGIEIVGDIELFCREAQAPIVAITGSNGKSTVTTLVGEMAKAAGVNVGVGGNIGLPALMLLDDECELYVLELSSFQLETTSSLQAVAATILNVTEDHMDRYPFGLQQYRAAKLRIYENAKVCVVNADDALTMPIRGADERCVSFGVNMGDYHLNHQQGETWLRVKGEKVLNVKEMKLSGQHNYTNALAALALADAAGLPRASSLKALTTFTGLPHRFEVVLEHNGVRWINDSKATNVGSTEAALNGLHVDGTLHLLLGGDGKSADFSPLARYLNGDNVRLYCFGRDGAQLAALRPEVAEQTETMEQAMRLLAPRVQPGDMVLLSPACASLDQFKNFEQRGNEFARLAKELGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE
分子量 formula_weight	750.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-(4-{[(4S)-3-amino[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-6-yl]sulfanyl}phenyl)acetamide
分子量 formula_weight	300.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	504

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.488 Å
晶胞边长 b length_b	65.488 Å
晶胞边长 c length_c	134.764 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	58.900 Å
R 因子 r_factor	0.1339
R_work r_work	0.1327
R_free r_free	0.1575

fit	/app/data/saxs_computation/bn/9bn8/9bn8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bn/9bn8/9bn8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bn/9bn8/9bn8.dat