SAXSdb — 9bot

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 81–304	突变：S195A	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；1.8M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9BOT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H4W Structure of human trypsin IV (brain trypsin) 提交 2001-05-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–304（224 aa）	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION 3.3 MG/ML PROTEIN, 2% PEG 4000, 0.05M TRIS PH7.7, 2.5MM CACL2, 2.5 MG/ML BENZAMIDINE/HCL, 25 C, pH 7.70	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
2R9P Human mesotrypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor(BPTI) 提交 2007-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 81–304（224 aa）链 C 81–304（224 aa）	突变：S195A 突变：S195A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；298 K；1.6M ammonium sulfate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.224
2R9P Human mesotrypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor(BPTI) 提交 2007-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 81–304（224 aa）链 D 81–304（224 aa）	突变：S195A 突变：S195A	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；298 K；1.6M ammonium sulfate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.224
3L33 Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor(APPI) 提交 2009-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–304（224 aa）片段：Trypsin-3	突变：S195A	FMT FORMIC ACID × 9 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.48 Å R-free 0.256
3L33 Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor(APPI) 提交 2009-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 81–304（224 aa）片段：Trypsin-3	突变：S195A	FMT FORMIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.48 Å R-free 0.256
3L33 Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor(APPI) 提交 2009-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 81–304（224 aa）片段：Trypsin-3	突变：S195A	FMT FORMIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.48 Å R-free 0.256
3L33 Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor(APPI) 提交 2009-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 81–304（224 aa）片段：Trypsin-3	突变：S195A	FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.48 Å R-free 0.256
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–304（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 81–304（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 81–304（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 81–304（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4U32 Human mesotrypsin complexed with HAI-2 Kunitz domain 1 提交 2014-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–304（224 aa）	突变：S195A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.5, 10% (w/v) PEG 4000, and 0.2 M sodium acetate	分辨率 1.65 Å R-free 0.213
5C67 Human Mesotrypsin in complex with amyloid precursor protein inhibitor variant APPI-M17G/I18F/F34V 提交 2015-06-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–304（224 aa）	突变：S257A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.5, and 20% PEG-1000	分辨率 1.83 Å R-free 0.267
5C67 Human Mesotrypsin in complex with amyloid precursor protein inhibitor variant APPI-M17G/I18F/F34V 提交 2015-06-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 81–304（224 aa）	突变：S257A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.5, and 20% PEG-1000	分辨率 1.83 Å R-free 0.267
5TP0 Human mesotrypsin in complex with diminazene 提交 2016-10-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–304（224 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 BRN BERENIL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES 2 M Ammonium Sulfate 2 % PEG-400	分辨率 1.25 Å R-free 0.137
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–304（224 aa）	突变：S257A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 81–304（224 aa）	突变：S257A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 81–304（224 aa）	突变：S257A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
6BX8 Human Mesotrypsin (PRSS3) Complexed with Tissue Factor Pathway Inhibitor Variant (TFPI1-KD1-K15R-I17C-I34C) 提交 2017-12-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 81–304（224 aa）	突变：S257A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M BIS-Tris-HCl pH 4.6, 25% v/v PEG 3350 (Anatrace Top96-27)	分辨率 1.98 Å R-free 0.221
9BOS Human mesotrypsin (PRSS3) unliganded and in an active (E) conformation 提交 2024-05-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 81–304（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 2F2 dimethyl ether × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 20000	分辨率 1.70 Å R-free 0.262

共 9 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRY3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–224； UniProt 81–304

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bot
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
结构标题 title	Human mesotrypsin (PRSS3) unliganded and in autoinhibited (E*) conformation
关键词 keywords	Serine protease, autoinhibited, conformational variability, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.07 Å
零角强度 I(0) i0	10848100.00
分子量 molecular_weight	23986.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29720 Å³
包络体积 envelope_volume	32422 Å³
水化壳体积 shell_volume	16597 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.3 Å
壳层 Rg shell_rg	22.44 Å
包络 Rg envelope_rg	16.36 Å
形状 Rg shape_rg	16.09 Å
总 Rg total_rg	17.02 Å
总原子数 total_atoms	3245
残基数 n_residues	221
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6441
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.423
峰度 Kurtosis kurtosis	0.295
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	5.9580
最高正则化参数 α highest_alpha	3077000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.711; Stabil: 0.914; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.550

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trypsin-3
分子量 formula_weight	24287.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
突变 mutation	S195A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3550

IVGGYTCEENSLPYQVSLNSGSHFCGGSLISEQWVVSAAHCYKTRIQVRLGEHNIKVLEGNEQFINAAKIIRHPKYNRDTLDNDIMLIKLSSPAVINARVSTISLPTTPPAAGTECLISGWGNTLSFGADYPDELKCLDAPVLTQAECKASYPGKITNSMFCVGFLEGGKDSCQRDAGGPVVCNGQLQGVVSWGHGCAWKNRPGVYTKVYNYVDWIKDTIAANS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	200

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.024 Å
晶胞边长 b length_b	77.700 Å
晶胞边长 c length_c	93.623 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.097 Å
R 因子 r_factor	0.1497
R_work r_work	0.1473
R_free r_free	0.1953

fit	/app/data/saxs_computation/bo/9bot/9bot.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/9bot/9bot.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/9bot/9bot.dat

Human mesotrypsin (PRSS3) unliganded and in autoinhibited (E*) conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction