SAXSdb — 9btp

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat protein SHOC-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 80–582	片段：residues 80-582	A1ATZ (2S)-{2-[(4-chloro[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}[(2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-5-yl)amino]acetic acid × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；See reference. Crystals of apo SHOC2 in space group p212121 were incubated with compound and harvested. 50 mM Tris pH 7.0, 200 mM KCl, 40% PP 5/4 PO/OH	分辨率 2.37 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9BTP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7SD0 Cryo-EM structure of the SHOC2:PP1C:MRAS complex 提交 2021-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–582（581 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Used the "perpetually hydrated" method of applying graphene oxide. (Cheung et al., 2018)	分辨率 2.95 Å
7SD1 Crystal structure of SHOC2 提交 2021-09-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–582（581 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.19 Å R-free 0.238
7SD1 Crystal structure of SHOC2 提交 2021-09-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–582（581 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.19 Å R-free 0.238
7SD1 Crystal structure of SHOC2 提交 2021-09-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–582（581 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.19 Å R-free 0.238
7SD1 Crystal structure of SHOC2 提交 2021-09-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–582（581 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.19 Å R-free 0.238
7T7A Crystal Structure of Human SHOC2: A Leucine-Rich Repeat Protein 提交 2021-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 88–581（494 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；400 mM magnesium nitrate 200 mM Tris PH 8.5 23-30% PEG 4K	分辨率 1.79 Å R-free 0.241
7T7A Crystal Structure of Human SHOC2: A Leucine-Rich Repeat Protein 提交 2021-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 88–581（494 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；400 mM magnesium nitrate 200 mM Tris PH 8.5 23-30% PEG 4K	分辨率 1.79 Å R-free 0.241
7TVF Crystal structure of the SHOC2-MRAS-PP1CA (SMP) complex to a resolution of 2.17 Angstrom 提交 2022-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 2–582（581 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Crystals originally grown in 15% PEG 1500, 0.1M MIB pH 4.2 (15mg/ml of SMP) were used to make seeds. Microseeded into a condition with a reservoir consisting of 17.8% PEG 3350, 136mM sodium sulfate with 1:10 dilution of seeds (7.5mg/ml of SMP) using a ratio of 200nl protein:133nl reservoir:67nl diluted seeds	分辨率 2.17 Å R-free 0.226
7TVF Crystal structure of the SHOC2-MRAS-PP1CA (SMP) complex to a resolution of 2.17 Angstrom 提交 2022-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–582（581 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Crystals originally grown in 15% PEG 1500, 0.1M MIB pH 4.2 (15mg/ml of SMP) were used to make seeds. Microseeded into a condition with a reservoir consisting of 17.8% PEG 3350, 136mM sodium sulfate with 1:10 dilution of seeds (7.5mg/ml of SMP) using a ratio of 200nl protein:133nl reservoir:67nl diluted seeds	分辨率 2.17 Å R-free 0.226
7TVG Crystal Structure of SHOC2 to a resolution of 2.4 Angstrom 提交 2022-02-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 59–564（506 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
7TXH Human MRas Q71R in complex with human Shoc2 LRR domain M173I and human PP1Ca 提交 2022-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 80–582（503 aa）	突变：M173I	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M NaH2PO4 pH 6.5, 12% PEG 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
7TXH Human MRas Q71R in complex with human Shoc2 LRR domain M173I and human PP1Ca 提交 2022-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 80–582（503 aa）	突变：M173I	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M NaH2PO4 pH 6.5, 12% PEG 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
7TYG Structure of the human leucine rich repeat protein SHOC2, residues 80-582 提交 2022-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 80–582（503 aa）片段：residues 80-582	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.1M Tris-Cl(8.0), 0.2 M MgCl2, 11% PEG4K, 2.5% 1,5-diaminopentane	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
7TYG Structure of the human leucine rich repeat protein SHOC2, residues 80-582 提交 2022-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 80–582（503 aa）片段：residues 80-582	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.1M Tris-Cl(8.0), 0.2 M MgCl2, 11% PEG4K, 2.5% 1,5-diaminopentane	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
7UPI Cryo-EM structure of SHOC2-PP1c-MRAS holophosphatase complex 提交 2022-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–582（582 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Fluorinated octyl maltoside added immediately prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
9BTM NRas 1-169 Q61R in Complex with Shoc2 80-582 提交 2024-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 80–582（503 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.1 M Hepes pH 7, 15% PEG 4000	分辨率 2.73 Å R-free 0.238
9BTN Structure of human SHOC2 in complex with a cyclic peptide 提交 2024-05-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–582（503 aa）片段：residues 80-582	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M Hepes pH 7.5, 35% v/v pentaerythritol propoxylate 5/4 PO/OH (PP 5/4 PO/OH), 0.2M KCl	分辨率 2.04 Å R-free 0.252
9O65 Cryo-EM structure of SHOC2-KRAS-PP1CA (SKP) complex 提交 2025-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–582（582 aa）	突变：M173I	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9OVJ Structure of human SHOC2 in complex with a small molecule inhibitor (R)-5 提交 2025-05-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 80–582（503 aa）片段：residues 80-582	未记录	A1CF1 (2R)-{2-[(4-chloro[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}[(2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-5-yl)amino]acetic acid × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；See reference. Crystals of apo SHOC2 in space group p212121 were incubated with compound and harvested. 0.05 M Tris (7.0), 40% (v/v) Pentaerythritol Propoxylate 5/4 PO/OH, 0.2 M KCl	分辨率 2.68 Å R-free 0.275

共 12 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHOC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–505； UniProt 80–582

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9btp
沉积日期 deposition_date	2024-05-15
结构标题 title	Structure of human SHOC2 in complex with a small molecule inhibitor (S)-5
关键词 keywords	SHOC2, RAS, PP1C, MAPK, Inhibitor, Complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.05 Å
零角强度 I(0) i0	96679200.00
分子量 molecular_weight	52461.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50771 Å³
包络体积 envelope_volume	93346 Å³
水化壳体积 shell_volume	25434 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.66 Å
包络 Rg envelope_rg	30.55 Å
形状 Rg shape_rg	30.97 Å
总 Rg total_rg	31.60 Å
总原子数 total_atoms	3989
残基数 n_residues	499
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	96680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7867
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.913
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.781; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat protein SHOC-2
分子量 formula_weight	56737.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4137

GPGTRKKSSNAEVIKELNKCREENSMRLDLSKRSIHILPSSIKELTQLTELYLYSNKLQSLPAEVGCLVNLMTLALSENSLTSLPDSLDNLKKLRMLDLRHNKLREIPSVVYRLDSLTTLYLRFNRITTVEKDIKNLSKLSMLSIRENKIKQLPAEIGELCNLITLDVAHNQLEHLPKEIGNCTQITNLDLQHNELLDLPDTIGNLSSLSRLGLRYNRLSAIPRSLAKCSALEELNLENNNISTLPESLLSSLVKLNSLTLARNCFQLYPVGGPSQFSTIYSLNMEHNRINKIPFGIFSRAKVLSKLNMKDNQLTSLPLDFGTWTSMVELNLATNQLTKIPEDVSGLVSLEVLILSNNLLKKLPHGLGNLRKLRELDLEENKLESLPNEIAYLKDLQKLVLTNNQLTTLPRGIGHLTNLTHLGLGENLLTHLPEEIGTLENLEELYLNDNPNLHSLPFELALCSKLSIMSIENCPLSHLPPQIVAGGPSFIIQFLKMQGPYRAMV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2S)-{2-[(4-chloro[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}[(2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-5-yl)amino]acetic acid ;
分子量 formula_weight	500.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	148

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	37.768 Å
晶胞边长 b length_b	69.717 Å
晶胞边长 c length_c	198.266 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	57.030 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2626

fit	/app/data/saxs_computation/bt/9btp/9btp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bt/9btp/9btp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bt/9btp/9btp.dat

Structure of human SHOC2 in complex with a small molecule inhibitor (S)-5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat protein SHOC-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction