9bu4

Crystal structure of an MKP5 mutant, Y435W, in complex with an allosteric inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 239.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bu4
沉积日期 deposition_date	2024-05-16
结构标题 title	Crystal structure of an MKP5 mutant, Y435W, in complex with an allosteric inhibitor
关键词 keywords	MKP5, allosteric inhibitor, allosteric site, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	80.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.11 Å
零角强度 I(0) i0	540004000.00
分子量 molecular_weight	200210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	251860 Å³
包络体积 envelope_volume	452750 Å³
水化壳体积 shell_volume	51406 Å³
包络直径 envelope_diameter	291.1 Å
壳层 Rg shell_rg	62.83 Å
包络 Rg envelope_rg	81.03 Å
形状 Rg shape_rg	82.14 Å
总 Rg total_rg	81.61 Å
总原子数 total_atoms	27601
残基数 n_residues	1758
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	239.1 Å
Rg (实空间) rg_real	79.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	74.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	532300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7294
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	50.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.487
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.739
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0479
最高正则化参数 α highest_alpha	14750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 0.979; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.521; Smooth: 0.110

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Dual specificity protein phosphatase 10
分子量 formula_weight	17089.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16,3.1.3.48
突变 mutation	Y435W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	27622

MAELTPILPFLFLGNEQDAQDLDTMQRLNIGYVINVTTHLPLYHYEKGLFNYKRLPATDSNKQNLRQYFEEAFEFIEEAHQCGKGLLIHCQAGVSRSATIVIAYLMKHTRMTMTDAWKFVKGKRPIISPNLNFMGQLLEFEEDLNNGV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one
分子量 formula_weight	364.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.706 Å
晶胞边长 b length_b	55.801 Å
晶胞边长 c length_c	275.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.36 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.88 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	42.730 Å
R 因子 r_factor	0.2175
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2662

fit	/app/data/saxs_computation/bu/9bu4/9bu4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bu/9bu4/9bu4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bu/9bu4/9bu4.dat

Crystal structure of an MKP5 mutant, Y435W, in complex with an allosteric inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction