9c5d

E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing (2S,3S)-4-Fluorovaline

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c5d
沉积日期 deposition_date	2024-06-06
结构标题 title	E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing (2S,3S)-4-Fluorovaline
关键词 keywords	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, Non-canonical amino acids, fluorinated valine, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.60 Å
零角强度 I(0) i0	102042000.00
分子量 molecular_weight	76376.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94051 Å³
包络体积 envelope_volume	120220 Å³
水化壳体积 shell_volume	34942 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.88 Å
包络 Rg envelope_rg	28.55 Å
形状 Rg shape_rg	28.62 Å
总 Rg total_rg	29.24 Å
总原子数 total_atoms	5349
残基数 n_residues	604
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9021
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.092
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.577
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
分子量 formula_weight	19291.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6491

MXTFHTNHGDIXIKTFDDKAPETXKNFLDYCREGFYNNTIFHRXINGFMIQGGGFEPGMKQKATKEPIKNEANNGLKNTRGTLAMARTQAPHSATAQFFINXXDNDFLNFSGESLQGWGYCXFAEXXDGMDXXDKIKGXATGRSGMHQDXPKEDXIIESXTXSEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL
分子量 formula_weight	458.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	949

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.623 Å
晶胞边长 b length_b	84.005 Å
晶胞边长 c length_c	123.432 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	42.180 Å
R 因子 r_factor	0.1654
R_work r_work	0.1643
R_free r_free	0.1860

fit	/app/data/saxs_computation/c5/9c5d/9c5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c5/9c5d/9c5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c5/9c5d/9c5d.dat