SAXSdb — 9c8i

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c8i
沉积日期 deposition_date	2024-06-12
结构标题 title	Cryo-EM Structure of EV-D68 B3 Inactivated Virus Particle
关键词 keywords	EV-D68, B3 subclade, VLP, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.51 Å
零角强度 I(0) i0	128465000.00
分子量 molecular_weight	89703.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112120 Å³
包络体积 envelope_volume	131090 Å³
水化壳体积 shell_volume	38495 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.91 Å
包络 Rg envelope_rg	28.33 Å
形状 Rg shape_rg	27.50 Å
总 Rg total_rg	28.33 Å
总原子数 total_atoms	6312
残基数 n_residues	809
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	128500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6839
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.335
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.298
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.109; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.890

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	32795.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6312

IESIIKTATDTVKSEINAELGVVPSLNAVETGATSNTEPEEAIQTRTVINQHGVSETLVENFLSRAALVSKRSFEYKDHTSSTAQTDKNFFKWTINTRSFVQLRRKLELFTYLRFDAEITILTTVAVNGSNNNTYVGLPDLTLQAMFVPTGALTPEKQDSFHWQSGSNASVFFKISDPPARMTIPFMCINSAYSVFYDGFAGFEKTGLYGINPADTIGNLCVRIVNEHQPVGFTVTVRVYMKPKHIKAWAPRPPRTLPYMSIANANYKGKERAPNALNAIIGNRDSVKTMPHNIV

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus D68
通用名 common_name	EV68, EV-68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	27568.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSAEACGYSDRVLQLKLGNSAIVTQEAANYCCAYGEWPNYLPDHEAVAIDKPTQPETATDRFYTLRSVKWEATSTGWWWKLPDALNNIGMFGQNVQHHYLYRSGFLIHVQCNATKFHQGALLVVAIPEHQRGAHNTTTSPGFDDIMKGEAGGTFNHPYVLDDGTSLACATIFPHQWINLRTNNSATIVLPWMNAAPMDFPLRHNQWTLAIIPVVPLGTRTMSSMVPITVSIAPMCCEFNGLRHAITQ

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus D68
通用名 common_name	EV68, EV-68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	27170.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GVPTYLLPGSGQFLTTDDHSSAPVLPCFNPTPEMHIPGQVRNMLEVVQVESMMEINNTESAVGMERLKVDISALTDVDQLLFNIPLDIQLDGPLRNTLVGNISRYYTHWSGSLEMTFMFCGSFMATGKLILCYTPPGGSCPTTRETAMLGTHIVWDFGLQSSITLIIPWISGSHYRMFNNDAKSTNANVGYVTCFMQTNLIVPSESSDTCSLIGFIAAKDDFSLRLMRDSPDIGQIDHLHGAEAAYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus D68
通用名 common_name	EV68, EV-68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	7454.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGAQVTRQQTGTHENANVATNGSHITYNQINFYKDSYAASASKQDFSQDPSKFTEPVVEGLKAGAPVLK

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus D68
通用名 common_name	EV68, EV-68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1700

fit	/app/data/saxs_computation/c8/9c8i/9c8i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/9c8i/9c8i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/9c8i/9c8i.dat

Cryo-EM Structure of EV-D68 B3 Inactivated Virus Particle

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)