9c93

Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 26

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c93
沉积日期 deposition_date	2024-06-13
结构标题 title	Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 26
关键词 keywords	PROTEIN BINDING, PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX; PROTEIN BINDING/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.77 Å
零角强度 I(0) i0	326635000.00
分子量 molecular_weight	97960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95351 Å³
包络体积 envelope_volume	165610 Å³
水化壳体积 shell_volume	44530 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.28 Å
包络 Rg envelope_rg	30.37 Å
形状 Rg shape_rg	30.78 Å
总 Rg total_rg	31.22 Å
总原子数 total_atoms	7435
残基数 n_residues	928
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	326600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8862
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.340
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.256
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Menin
分子量 formula_weight	57010.5 kDa
突变 mutation	A5T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8166

MHHHHHHSSGRENLYFQGSGLKTAQKTLFPLRSIDDVVRLFAAELGREEPDLVLLSLVLGFVEHFLAVNRVIPTNVPELTFQPSPAPDPPGGLTYFPVADLSIIAALYARFTAQIRGAVDLSLYPREGGVSSRELVKKVSDVIWNSLSRSYFKDRAHIQSLFSFITGTKLDSSGVAFAVVGACQALGLRDVHLALSEDHAWVVFGPNGEQTAEVTWHGKGNEDRRGQTVNAGVAERSWLYLKGSYMRCDRKMEVAFMVCAINPSIDLHTDSLELLQLQQKLLWLLYDLGHLERYPMALGNLADLEELEPTPGRPDPLTLYHKGIASAKTYYRDEHIYPYMYLAGYHCRNRNVREALQAWADTATVIQDYNYCREDEEIYKEFFEVANDVIPNLLKEAASLLEAGEERPGEQSQGTQSQGSALQDPECFAHLLRFYDGICKWEEGSPTPVLHVGWATFLVQSLGRFEGQVRQKVRITFQSEKMKGMKELLVATKINSSAIKLQLTAQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(1R,5R)-2-({5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]phenyl}methyl)-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-one ;
分子量 formula_weight	492.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	686

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.559 Å
晶胞边长 b length_b	87.291 Å
晶胞边长 c length_c	194.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	22.380 Å
R 因子 r_factor	0.1819
R_work r_work	0.1797
R_free r_free	0.2247

fit	/app/data/saxs_computation/c9/9c93/9c93.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/9c93/9c93.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/9c93/9c93.dat