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9cce

structure of DYNA_1b7

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dynorphin A(1-17)

物种未注明

UniProt P01213

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 207–223 未记录 DYNA_1b7 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 40 % v/v PEG 300 分辨率 3.15 Å R-free 0.313
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 207–223 未记录 DYNA_1b7 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 40 % v/v PEG 300 分辨率 3.15 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9CCE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2N2F Solution NMR structure of Dynorphin 1-13 bound to Kappa Opioid Receptor 提交 2015-05-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–219（13 aa） 片段：residues 207-219
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；280 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-15N-GFLI] Dynorphin 1, 150 mM potassium chloride, 40 mM [U-2H] MES, 100 uM DSS, 10 uM KOR, 8 mM DDM, 1.6 mM CHS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-15N-GFLIR; U-13C-R] Dynorphin 1, 150 mM potassium chloride, 40 mM [U-2H] MES, 100 uM DSS, 10 uM KOR, 8 mM DDM, 1.6 mM CHS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8F7W Gi bound kappa-opioid receptor in complex with dynorphin 提交 2022-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 P 207–214（8 aa） 片段：UNP residues 207-214
未记录 CLR CHOLESTEROL × 3 PLM PALMITIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
8VJU Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A13 peptide 提交 2024-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 207–219（13 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 1.99 Å R-free 0.218
8VJV Structure of Human Neurolysin in complex with dynorphin A8(1-8) peptide 提交 2024-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 207–214（8 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17.5 ~ 30 % polyethylene glycol 3,350 and 50 ~ 125 mM Bis-Tris HCl buffer, pH 6.5
分辨率 2.12 Å R-free 0.249
9CCF Crystal Structure of DA7-2 提交 2024-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 207–223（17 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6 and 25% (v/v) PEG 550 MME
分辨率 4.00 Å R-free 0.296
9CCF Crystal Structure of DA7-2 提交 2024-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 207–223（17 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6 and 25% (v/v) PEG 550 MME
分辨率 4.00 Å R-free 0.296
9L60 Gi-bound kappa opioid receptor in complex with dynorphin and positive allosteric modulator MPAM-15 提交 2024-12-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 P 207–219（13 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 2 A1D6C 9-[5-(3-chlorophenyl)furan-2-yl]-3,3,6,6-tetramethyl-4,5,7,9-tetrahydro-2~{H}-xanthene-1,8-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDYN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–17； UniProt 207–223 作者链 D； PDB构建体 1–17； UniProt 207–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cce

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cce
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cce
沉积日期 deposition_date2024-06-21
最后修订 last_revision2025-08-13
结构标题 titlestructure of DYNA_1b7
关键词 keywordsde novo design, deep learning, disorder peptide, protein-peptide complex, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.24 Å
零角强度 I(0) i036040500.00
分子量 molecular_weight47613.0 kDa
排除体积 excluded_volume60428 ų
包络体积 envelope_volume75804 ų
水化壳体积 shell_volume25711 ų
包络直径 envelope_diameter84.9 Å
壳层 Rg shell_rg31.83 Å
包络 Rg envelope_rg25.32 Å
形状 Rg shape_rg25.24 Å
总 Rg total_rg26.05 Å
总原子数 total_atoms3355
残基数 n_residues410
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.6 Å
Rg (实空间) rg_real26.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36040000.0000
解质量估计 total_estimate0.8891
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.5 Å
偏度 Skewness skewness0.370
峰度 Kurtosis kurtosis-0.490
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6788000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.820
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)