9cga

Human DJ-1, 3 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 50.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein deglycase DJ-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9CGA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1J42 Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-02-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；295 K；sodium acetate, EVAPORATION, temperature 295K, pH 4-9, pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
1J42 Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；295 K；sodium acetate, EVAPORATION, temperature 295K, pH 4-9, pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
1P5F Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-04-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；PEG 400, tris-HCl, sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 23K	分辨率 1.10 Å R-free 0.161
1P5F Crystal Structure of Human DJ-1 提交 2003-04-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；PEG 400, tris-HCl, sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 23K	分辨率 1.10 Å R-free 0.161
1PDV Crystal structure of human DJ-1, P 31 2 1 space group 提交 2003-05-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
1PDW Crystal structure of human DJ-1, P 1 21 1 space group 提交 2003-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
1PDW Crystal structure of human DJ-1, P 1 21 1 space group 提交 2003-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–189（189 aa）链 D 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
1PDW Crystal structure of human DJ-1, P 1 21 1 space group 提交 2003-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–189（189 aa）链 F 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
1PDW Crystal structure of human DJ-1, P 1 21 1 space group 提交 2003-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–189（189 aa）链 H 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG3350, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
1PE0 Crystal structure of the K130R mutant of human DJ-1 提交 2003-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	突变：K130R 突变：K130R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% PEG3350, 100 mM Bis-tris(7.0), 50 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.231
1Q2U Crystal structure of DJ-1/RS and implication on familial Parkinson's disease 提交 2003-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；12% PEG 3350, 0.1M Tris.base, 5% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
1Q2U Crystal structure of DJ-1/RS and implication on familial Parkinson's disease 提交 2003-07-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；12% PEG 3350, 0.1M Tris.base, 5% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.202
1SOA Human DJ-1 with sulfinic acid 提交 2004-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；peg 400, sodium citrate, tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.20 Å R-free 0.141
1UCF The Crystal Structure of DJ-1, a Protein Related to Male Fertility and Parkinson's Disease 提交 2003-04-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium citrate, HEPES, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.195
2OR3 Pre-oxidation Complex of Human DJ-1 提交 2007-02-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；28% PEG 4000, 200 mM ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate, 2.5 mM epigallocatechin 3-gallate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.182
2R1T dopamine quinone conjugation to DJ-1 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）链 B 2–188（187 aa）	突变：C106A 突变：C106A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；29% PEG4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.70 Å R-free 0.236
2R1U DJ-1 activation by catechol quinone modification 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）链 B 2–188（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；29%PEG4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
2R1V Norepinephrine quinone conjugation to DJ-1 提交 2007-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）链 B 2–188（187 aa）	突变：C106A 突变：C106A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；29% PEG4K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
2RK3 Structure of A104T DJ-1 提交 2007-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：A104T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.05 Å R-free 0.150
2RK4 Structure of M26I DJ-1 提交 2007-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M26I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.156
2RK6 Structure of E163K DJ-1 提交 2007-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E163K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 20 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.175
3B36 Structure of M26L DJ-1 提交 2007-10-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M26I	CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.175
3B38 Structure of A104V DJ-1 提交 2007-10-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：A104V	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.226
3B3A Structure of E163K/R145E DJ-1 提交 2007-10-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E163K/R145E	CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–189（189 aa）链 D 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–189（189 aa）链 F 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3BWE Crystal structure of aggregated form of DJ1 提交 2008-01-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；EVAPORATION	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
3CY6 Crystal Structure of E18Q DJ-1 提交 2008-04-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.168
3CYF Crystal Structure of E18N DJ-1 提交 2008-04-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；1.6 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.184
3CZ9 Crystal Structure of E18L DJ-1 提交 2008-04-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18L	P4C O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.140
3CZA Crystal Structure of E18D DJ-1 提交 2008-04-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18D	MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 50 mM HEPES, 10 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.164
3EZG Crystal structure of E18Q DJ-1 with oxidized C106 提交 2008-10-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；30% PEG400, 50 mM HEPES, 125 mM sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.145
3F71 Crystal structure of E18D DJ-1 with oxidized C106 提交 2008-11-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M sodium citrate, 25 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.20 Å R-free 0.155
3SF8 Structural insights into thiol stabilization of DJ-1 提交 2011-06-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；45% (v/v) polyproylene glycol 400, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.56 Å R-free 0.211
4BTE DJ-1 Cu(I) complex 提交 2013-06-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.38 Å R-free 0.150
4MNT Crystal structure of human DJ-1 in complex with Cu 提交 2013-09-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 20% w/v PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.177
4MTC Crystal structure of human C53A DJ-1 提交 2013-09-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C53A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 20% w/v PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.47 Å R-free 0.165
4N0M Crystal structure of human C53A DJ-1 in complex with Cu 提交 2013-10-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C53A	CU COPPER (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 20% w/v PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.175
4N12 Crystal structure of human E18D DJ-1 in complex with Cu 提交 2013-10-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M Sodium Malonate and 20% w/v PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.174
4OGF Crystal Structure of Human DJ-1 with glyoxylate as substrate analog 提交 2014-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–188（187 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；0.1 M HEPES, 1.4 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
4OQ4 Crystal Structure of E18A Human DJ-1 提交 2014-02-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E18A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.3-1.6 M sodium citrate, 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.49 Å R-free 0.139
4P2G Crystal structure of DJ-1 in sulfinic acid form (aged crystal) 提交 2014-03-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；200 mM sodium citrate 30% (v:v) PEG400	分辨率 1.35 Å R-free 0.120
4P34 Crystal structure of DJ-1 in sulfenic acid form (fresh crystal) 提交 2014-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM sodium citrate 30% (v:v) PEG-400	分辨率 1.55 Å R-free 0.151
4P35 Crystal structure of DJ-1 with Zinc(II) bound (crystal I) 提交 2014-03-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM TRIS 20% (v:v) PEG-400 Co-crystal with 500 uM Zn(II)	分辨率 1.75 Å R-free 0.171
4P36 Crystal structure of DJ-1 With Zn(II) bound (crystal 2) 提交 2014-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Sodium citrate 30% (v:v) PEG-400 500 uM Zinc sulfate	分辨率 1.18 Å R-free 0.138
4RKW Crystal structure of DJ-1 提交 2014-10-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；298 K；28-32% PEG400, 100 mM citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.153
4RKY Crystal structure of DJ-1 isoform X1 提交 2014-10-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；298 K；28-32% PEG400, 100 mM citrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
4S0Z Crystal structure of M26V human DJ-1 提交 2015-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M26V	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；100 mM Tris-HCl pH 9.0, 200 mM sodium acetate trihydrate, 25% PEG 4000 and 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.132
4ZGG Crystal structure of a DJ-1 (PARK7) from Homo sapiens at 1.23 A resolution 提交 2015-04-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；5.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 1.23 Å R-free 0.134
4ZGG Crystal structure of a DJ-1 (PARK7) from Homo sapiens at 1.23 A resolution 提交 2015-04-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；5.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 1.23 Å R-free 0.134
5IP5 Human DJ-1 complexed with Na-K-tartrate 提交 2016-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；295 K；1.5 M sodium potassium tartrate, 3.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Na-Cacodylate	分辨率 1.66 Å R-free 0.164
5SY6 Atomic resolution structure of human DJ-1, DTT bound 提交 2016-08-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；23-27% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 10 mM dithiothreitol (DTT)	分辨率 1.15 Å R-free 0.129
5SY9 Atomic resolution structure of E15Q mutant human DJ-1 提交 2016-08-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：E15Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；25-28% PEG 4000, 0.1 M Tris HCl, 0.1 M sodium citrate	分辨率 1.10 Å R-free 0.137
5SYA Atomic resolution structure of D24N mutant human DJ-1 提交 2016-08-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：D24N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；23-27% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.2 M Sodium Citrate, and 0.1 M Tris HCl	分辨率 1.10 Å R-free 0.128
6AF5 DJ-1 after backsoaking 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ISN ISATIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.176
6AF7 DJ-1 C106S unbound 提交 2018-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C106S	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；pH 8.5, 100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.120
6AF9 DJ-1 with isatin bound (high concentration) 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ISN ISATIN × 6 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.39 Å R-free 0.135
6AFA DJ-1 with isatin (low concentration) 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	ISN ISATIN × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.187
6AFB DJ-1 C106S incubated with isatin 提交 2018-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：C106S	ISN ISATIN × 4 CL CHLORIDE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG-400, 5mM DTT	分辨率 1.60 Å R-free 0.172
6AFC DJ-1 with compound 4 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72R 5-fluoranyl-1~{H}-indole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG-400, 5mM DTT	分辨率 1.45 Å R-free 0.160
6AFD DJ-1 with compound 6 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72S 7-methyl-1~{H}-indole-2,3-dione × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG-400, 5mM DTT	分辨率 1.48 Å R-free 0.143
6AFE DJ-1 with compound 7 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72T 7-(trifluoromethyl)-1~{H}-indole-2,3-dione × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.50 Å R-free 0.146
6AFF DJ-1 with compound 8 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72U methyl 2,3-bis(oxidanylidene)-1~{H}-indole-7-carboxylate × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.60 Å R-free 0.177
6AFG DJ-1 with compound 9 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	72V 1-methylindole-2,3-dione × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.50 Å R-free 0.148
6AFH DJ-1 with compound 10 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73F 1-(2-phenylethyl)indole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.192
6AFI DJ-1 with compound 11 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73D 1-ethylindole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.65 Å R-free 0.183
6AFJ DJ-1 with compound 13 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73G butyl 2-[2,3-bis(oxidanylidene)indol-1-yl]ethanoate × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.48 Å R-free 0.172
6AFL DJ-1 with compound 15 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	73H 5-fluoranyl-1-(2-phenylethyl)indole-2,3-dione × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT	分辨率 1.60 Å R-free 0.174
6E5Z Crystal structure of human DJ-1 with a natural modification on Cys-106 提交 2018-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-Na, 1.5M Tri-sodium citrate dihydrate pH=7.5	分辨率 1.35 Å R-free 0.139
6M8Z Crystal structure of human DJ-1 without a modification on Cys-106 提交 2018-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；500 nL of protein in 50 mM Tris pH 8.0 and 500 mM NaCl were mixed with 500nL of 0.1M Bis-tris pH 5.5, 0.1M KSCN, and 29% PEG MME 2000	分辨率 1.83 Å R-free 0.204
7C62 The Crystal Structure of Parkinson disease protein 7 (DJ-1) from Biortus 提交 2020-05-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.1 M DL-Malic acid pH 7.0	分辨率 2.03 Å R-free 0.174
7PA2 PARK7 with inhibitor 8RK64 提交 2021-07-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–189（189 aa）	未记录	6SI (3~{S})-~{N}-[5-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethanoyl]-6,7-dihydro-4~{H}-[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl]-1-(iminomethyl)pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M Bicine pH 9.0 10% (w/v) PEG 20 000 2% (w/v) 1,4-dioxane	分辨率 1.21 Å R-free 0.155
7PA3 PARK7 with covalent inhibitor JYQ-88 提交 2021-07-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–189（189 aa）	未记录	6SI (3~{S})-~{N}-[5-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethanoyl]-6,7-dihydro-4~{H}-[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl]-1-(iminomethyl)pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.42 Å R-free 0.214
8PPW Structure of human PARK7 in complex with GK16S 提交 2023-07-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	86F (3~{S})-1-(iminomethyl)-~{N}-pent-4-ynyl-pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22.3% (v/v) PEG3350, 230 mM KNO3	分辨率 1.53 Å R-free 0.182
8PQ0 Structure of human PARK7 in complex with GK16R 提交 2023-07-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	8RX (3~{R})-3-(pent-4-ynylcarbamoyl)pyrrolidine-1-carboximidothioic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18.6% (v/v) PEG3350, 170 mM NaNO3	分辨率 1.48 Å R-free 0.182
9CEI Human DJ-1, no mixing, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.235
9CFI Human DJ-1, 3 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.235
9CFM Human DJ-1, 5 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.240
9CFO Human DJ-1, 10 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.231
9CFQ Human DJ-1, no mixing, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-27	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.169
9CFY Human DJ-1, 15 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.230
9CFZ Human DJ-1, 20 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.237
9CG0 Human DJ-1, 30 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography 提交 2024-06-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH=7.5, 200 mM NaCl, and 15% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.236
9CGB Human DJ-1, 5 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.188
9CGD Human DJ-1, 10 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.97 Å R-free 0.177
9CGE Human DJ-1, 15 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.176
9CGF Human DJ-1, 20 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	4Y8 1-hydroxypropan-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.06 Å R-free 0.190
9CGG Human DJ-1, 30 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed 提交 2024-06-28	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.01 Å R-free 0.182
9CMX Human DJ-1, fixed target serial crystallography 提交 2024-07-15	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.63 Å R-free 0.168
9CMY Human DJ-1, 6.5-18.5 min mixing with methylglyoxal, fixed target serial crystallography 提交 2024-07-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.69 Å R-free 0.175
9K7Q Parkinson disease protein 7 (DJ-1) and Alpha-synuclein (Alpha-syn) complex 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 2–188（187 aa）链 D 2–188（187 aa）链 E 2–188（187 aa）链 F 2–188（187 aa）链 H 2–188（187 aa）链 J 2–188（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7.0	分辨率 4.58 Å R-free 0.222
9YCU Protiated human DJ-1, 100K 提交 2025-09-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；22-24% PEG 3000, 200 mM NaCl, and 100 mM HEPES, pH 7.5	分辨率 1.05 Å R-free 0.134
9YFR perdeuterated human DJ-1, 100K 提交 2025-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；22-24% PEG 3000, 200 mM NaCl, and 100 mM HEPES, pH 7.5	分辨率 0.92 Å R-free 0.113
9YGX I21T mutant human DJ-1 提交 2025-09-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：I21T	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；22-27% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, and 100 mM Tris HCl, pH=7.4	分辨率 0.97 Å R-free 0.113
9YH8 M17T Human DJ-1 提交 2025-09-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	突变：M17T	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；19-22% PEG 4000, 200 mM MgCl2, and 100 mM Tris HCl, pH=8.5	分辨率 1.00 Å R-free 0.130
9YZV Joint Xray/Neutron structure of human DJ-1 at room temperature 提交 2025-10-30	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–189（189 aa）	未记录	D8U deuterium(1+) × 2	实验方法未声明 X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG3350, 100 mM HEPES pH=7.5 and 200 mM KCl	分辨率未提供

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARK7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–192； UniProt 1–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cga
沉积日期 deposition_date	2024-06-28
最后修订 last_revision	2025-03-12
结构标题 title	Human DJ-1, 3 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed
关键词 keywords	Glutathione-independent glyoxalase, mix-and-inject serial crystallography, Laue diffraction, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.32 Å
零角强度 I(0) i0	7279280.00
分子量 molecular_weight	19816.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24969 Å³
包络体积 envelope_volume	28367 Å³
水化壳体积 shell_volume	15290 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.59 Å
包络 Rg envelope_rg	15.70 Å
形状 Rg shape_rg	15.31 Å
总 Rg total_rg	16.49 Å
总原子数 total_atoms	2814
残基数 n_residues	188
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2790e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2250e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7279000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8997
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.036
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.478
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1589000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein deglycase DJ-1
分子量 formula_weight	20199.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.2.-,3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3063

GSHMASKRALVILAKGAEEMETVIPVDVMRRAGIKVTVAGLAGKDPVQCSRDVVICPDASLEDAKKEGPYDVVVLPGGNLGAQNLSESAAVKEILKEQENRKGLIAAICAGPTALLAHEIGFGSKVTTHPLAKDKMMNGGHYTYSENRVEKDGLILTSRGPGTSFEFALAIVEALNGKEVAAQVKAPLVLKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-hydroxypropan-2-one
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.030 Å
晶胞边长 b length_b	76.030 Å
晶胞边长 c length_c	76.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	34.010 Å
R 因子 r_factor	0.1587
R_work r_work	0.1577
R_free r_free	0.1783

fit	/app/data/saxs_computation/cg/9cga/9cga.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cg/9cga/9cga.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cg/9cga/9cga.dat