SAXSdb — 9ckx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 165–234 链 B； UniProt 165–234	突变：I98A,I102A,I106A,I108A,I110A,I111A (Uniprot Vamp2 numbering) in the Vamp2 segment	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5% MPD, 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	A0A1A0HF11_9ASCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–74； UniProt 165–234 作者链 B； PDB构建体 5–74； UniProt 165–234

Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2

Homo sapiens

UniProt A0AA46P9Z6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–124 链 B； UniProt 2–124	突变：I98A,I102A,I106A,I108A,I110A,I111A (Uniprot Vamp2 numbering) in the Vamp2 segment	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5% MPD, 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AA46P9Z6_MYXXA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 77–199； UniProt 2–124 作者链 B； PDB构建体 77–199； UniProt 2–124

Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2

Homo sapiens

UniProt P63027

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 95–114 链 B； UniProt 95–114	突变：I98A,I102A,I106A,I108A,I110A,I111A (Uniprot Vamp2 numbering) in the Vamp2 segment	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.5% MPD, 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9CKX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FIE Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh1) 提交 2008-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 22–58（37 aa）片段：residues 22-58	突变：Q58DCY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3FIE Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh1) 提交 2008-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–58（37 aa）片段：residues 22-58	突变：Q58DCY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3FII Crystal structure of Clostridium botulinum neurotoxin serotype F catalytic domain with an inhibitor (inh2) 提交 2008-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–53（32 aa）片段：residues 27-58	突变：Q58DCY 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.290
3RK2 Truncated SNARE complex 提交 2011-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；294 K；0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3RK2 Truncated SNARE complex 提交 2011-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；294 K；0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3RK3 Truncated SNARE complex with complexin 提交 2011-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 Q 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 U 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 Y 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 c 28–60（33 aa）片段：UNP residues 28-60	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
7UDC cryo-EM structures of a synaptobrevin-Munc18-1-syntaxin-1 complex class1 提交 2022-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 29–83（55 aa）	突变：Q36C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 203–222； UniProt 95–114 作者链 B； PDB构建体 203–222； UniProt 95–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ckx
沉积日期 deposition_date	2024-07-10
结构标题 title	Crystal structure of Dsk2 Sti1 domain bound to a transmembrane domain
关键词 keywords	Membrane protein Chaperone Sti1 Ubiquilin, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.05 Å
零角强度 I(0) i0	41862300.00
分子量 molecular_weight	48741.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60611 Å³
包络体积 envelope_volume	73972 Å³
水化壳体积 shell_volume	25239 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.4 Å
壳层 Rg shell_rg	31.73 Å
包络 Rg envelope_rg	25.14 Å
形状 Rg shape_rg	25.09 Å
总 Rg total_rg	25.66 Å
总原子数 total_atoms	6830
残基数 n_residues	444
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9109
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.729
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.928

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	67.410 Å
晶胞边长 b length_b	63.920 Å
晶胞边长 c length_c	67.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	46.130 Å
R 因子 r_factor	0.2207
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2321

描述 description	Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2
分子量 formula_weight	24419.4 kDa
突变 mutation	I98A,I102A,I106A,I108A,I110A,I111A (Uniprot Vamp2 numbering) in the Vamp2 segment
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6954

Crystal structure of Dsk2 Sti1 domain bound to a transmembrane domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

fit	/app/data/saxs_computation/ck/9ckx/9ckx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ck/9ckx/9ckx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ck/9ckx/9ckx.dat