SAXSdb — 9ctc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent translocase ABCB1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–1280	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZQU Zosuquidar × 2 UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 22	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9CTC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C0V Molecular structure of human P-glycoprotein in the ATP-bound, outward-facing conformation 提交 2018-01-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	突变：E556Q, E1201Q	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6QEX Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 fab and taxol 提交 2019-01-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CLR CHOLESTEROL × 16 TA1 TAXOL × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
7A65 Nanodisc reconstituted, drug-free human ABCB1 in complex with MRK16 Fab 提交 2020-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7A69 Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and vincristine 提交 2020-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R1Q vincristine × 1 CLR CHOLESTEROL × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7A6C Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and elacridar 提交 2020-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R0Z elacridar × 2 CLR CHOLESTEROL × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7A6E Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and tariquidar 提交 2020-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R1H tariquidar × 2 CLR CHOLESTEROL × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7A6F Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and zosuquidar 提交 2020-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ZQU Zosuquidar × 2 CLR CHOLESTEROL × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7O9W Encequidar-bound human P-glycoprotein in complex with UIC2-Fab 提交 2021-04-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	V5Q ~{N}-[2-[2-[4-[2-(6,7-dimethoxy-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)ethyl]phenyl]-1,2,3,4-tetrazol-5-yl]-4,5-dimethoxy-phenyl]-4-oxidanylidene-2,3-dihydrochromene-2-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8GMG CryoEM structure of P-Glycoprotein in Apo state 提交 2023-03-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8GMJ CryoEM structure of P-Glycoprotein in collapsed closed state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-03-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8SA0 CryoEM structure of P-Glycoprotein in occluded closed state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1274（1274 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 I6H Dexverapamil × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8SA1 CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 2 state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-03-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 I6H Dexverapamil × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8SB7 CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 1 state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-04-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 I6H Dexverapamil × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8SB8 CryoEM structure of P-Glycoprotein in collapsed closed state with vanadate 提交 2023-04-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 AOV ADP ORTHOVANADATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8SB9 CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 1 state under continuous turnover conditions with vinblastine 提交 2023-04-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VLB (2ALPHA,2'BETA,3BETA,4ALPHA,5BETA)-VINCALEUKOBLASTINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8SBA CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 2 state under continuous turnover conditions with vinblastine 提交 2023-04-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VLB (2ALPHA,2'BETA,3BETA,4ALPHA,5BETA)-VINCALEUKOBLASTINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8Y6H P-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar molecules in LMNG detergent 提交 2024-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R0Z elacridar × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
8Y6I P-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar molecules in nanodisc 提交 2024-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 12 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 R0Z elacridar × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å
9CR8 SapNP reconstituted human ABCB1 提交 2024-07-21	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9CTF SapNP Reconstituted Human ABCB1 bound to Taxol in presence of ATP 提交 2024-07-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 22 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9CTG SapNP Reconstituted Human ABCB1 bound to ATP gammaS 提交 2024-07-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1280； UniProt 1–1280

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ctc
沉积日期 deposition_date	2024-07-24
结构标题 title	SapNP reconstituted Human ABCB1 in complex with Zosuquidar and ATP/Mg
关键词 keywords	ABCB1, P-gp, inhibitor bound, nanoparticle, saposin, zosuquidar bound, MEMBRANE PROTEIN, TRANSLOCASE; MEMBRANE PROTEIN,TRANSLOCASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.41 Å
零角强度 I(0) i0	228142000.00
分子量 molecular_weight	135130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174600 Å³
包络体积 envelope_volume	232850 Å³
水化壳体积 shell_volume	50622 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.24 Å
包络 Rg envelope_rg	38.37 Å
形状 Rg shape_rg	39.38 Å
总 Rg total_rg	39.81 Å
总原子数 total_atoms	9525
残基数 n_residues	1170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	228100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8656
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.316
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.838

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent translocase ABCB1
分子量 formula_weight	141644.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.6.2.2,7.6.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9525

MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPTVSVFSMFRYSNWLDKLYMVVGTLAAIIHGAGLPLMMLVFGEMTDIFANAGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTRYAYYYSGIGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNTRLTDDVSKINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWAKILSSFTDKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAITANISIGAAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARGAAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSGQTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLFATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIAIARALVRNPKILLLDEATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAGFDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRSSLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAIINGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFLQGFTFGKAGEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSRLAVITQNIANLGTGIIISFIYGWQLTLLLLAIVPIIAIAGVVEMKMLSGQALKDKKELEGSGKIATEAIENFRTVVSLTQEQKFEHMYAQSLQVPYRNSLRKAHIFGITFSFTQAMMYFSYAGCFRFGAYLVAHKLMSFEDVLLVFSAVVFGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHIIMIIEKTPLIDSYSTEGLMPNTLEGNVTFGEVVFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVVQLLERFYDPLAGKVLLDGKEIKRLNVQWLRAHLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVVSQEEIVRAAKEANIHAFIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLDEATSALDTESEKVVQEALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQLLAQKGIYFSMVSVQAGTKRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	Zosuquidar
分子量 formula_weight	527.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID
分子量 formula_weight	478.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	733688

fit	/app/data/saxs_computation/ct/9ctc/9ctc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ct/9ctc/9ctc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ct/9ctc/9ctc.dat

SapNP reconstituted Human ABCB1 in complex with Zosuquidar and ATP/Mg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent translocase ABCB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D