SAXSdb — 9dix

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

Human betaherpesvirus 5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–709 链 D； UniProt 30–709	未记录	Protein UL141 × 2 （Q6RJQ3） UL116 × 2 （A8T7J8） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DIX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9DIY Local Cryo-EM structure of HCMV gH/UL116 interaction 提交 2024-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–709（680 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.36 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8T7F0_HCMV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–680； UniProt 30–709 作者链 D； PDB构建体 1–680； UniProt 30–709

Protein UL141

Human betaherpesvirus 5

UniProt Q6RJQ3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 30–279 链 E； UniProt 30–279	未记录	Envelope glycoprotein H × 2 （A8T7F0） UL116 × 2 （A8T7J8） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DIX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4I9X Crystal structure of human cytomegalovirus glycoprotein UL141 targeting the death receptor TRAIL-R2 提交 2012-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 32–246（215 aa）片段：UL141, UNP residues 32-246 链 B 32–246（215 aa）片段：UL141, UNP residues 32-246	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295.15 K；20% PEG 8K, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
4JM0 Structure of Human Cytomegalovirus Immune Modulator UL141 提交 2013-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–279（250 aa）片段：UL141 ECTODOMAIN, UNP residues 30-279 链 B 30–279（250 aa）片段：UL141 ECTODOMAIN, UNP residues 30-279	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；295.15 K；0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole pH 8, 10% (w/v) polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.25 Å R-free 0.279
9DIY Local Cryo-EM structure of HCMV gH/UL116 interaction 提交 2024-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–279（250 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.36 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UL141_HCMVM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–250； UniProt 30–279 作者链 E； PDB构建体 1–250； UniProt 30–279

UL116

Human betaherpesvirus 5

UniProt A8T7J8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 25–313 链 F； UniProt 25–313	未记录	Envelope glycoprotein H × 2 （A8T7F0） Protein UL141 × 2 （Q6RJQ3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DIX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9DIY Local Cryo-EM structure of HCMV gH/UL116 interaction 提交 2024-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 25–313（289 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.36 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8T7J8_HCMV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–289； UniProt 25–313 作者链 F； PDB构建体 1–289； UniProt 25–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dix
沉积日期 deposition_date	2024-09-06
最后修订 last_revision	2024-11-20
结构标题 title	HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex, ectodomain
关键词 keywords	Surface protein complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.21 Å
零角强度 I(0) i0	630766000.00
分子量 molecular_weight	209180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262150 Å³
包络体积 envelope_volume	368390 Å³
水化壳体积 shell_volume	67208 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.75 Å
包络 Rg envelope_rg	44.27 Å
形状 Rg shape_rg	45.25 Å
总 Rg total_rg	45.29 Å
总原子数 total_atoms	29122
残基数 n_residues	1802
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.3 Å
Rg (实空间) rg_real	46.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	630800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6841
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.689
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.4100
最高正则化参数 α highest_alpha	120800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.990; Stabil: 0.908; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.226

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein H
分子量 formula_weight	77497.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	29122

ASEALDPHAFHLLLNTYGRPIRFLRENTTQCTYNSSLRNSTVVRENAISFNFFQSYNQYYVFHMPRCLFAGPLAEQFLNQVDLTETLERYQQRLNTYALVSKDLASYRSFSQQLKAQDSLGQQPTTVPPPIDLSIPHVWMPPQTTPHDWKGSHTTSGLHRPHFNQTCILFDGHDLLFSTVTPCLHQGFYLMDELRYVKITLTEDFFVVTVSIDDDTPMLLIFGHLPRVLFKAPYQRDNFILRQTEKHELLVLVKKTQLNRHSYLKDSDFLDAALDFNYLDLSALLRNSFHRYAVDVLKSGRCQMLDRRTVEMAFAYALALFAAARQEEAGTEISIPRALDRQAALLQIQEFMITCLSQTPPRTTLLLYPTAVDLAKRALWTPDQITDITSLVRLVYILSKQNQQHLIPQWALRQIADFALQLHKTHLASFLSAFARQELYLMGSLVHSMLVHTTERREIFIVETGLCSLAELSHFTQLLAHPHHEYLSDLYTPCSSSGRRDHSLERLTRLFPDATVPATVPAALSILSTMQPSTLETFPDLFCLPLGESFSALTVSEHVSYVVTNQYLIKGISYPVSTTVVGQSLIITQTDSQSKCELTRNMHTTHSITAALNISLENCAFCQSALLEYDDTQGVINIMYMHDSDDVLFALDPYNEVVVSSPRTHYLMLLKNGTVLEVTD

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein UL141
分子量 formula_weight	31039.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SFPFATADIAEKMWAENYETTSPAPVLVAEGEQVTIPCTVMTHSWPMVSIRARFCRSHDGSDELILDAVKGHRLMNGLQYRLPYATWNFSQLHLGQIFSLTFNVSTDTAGMYECVLRNYSHGLIMQRFVILTQLETLSRPDEPCCTPALGRYSLGDQIWSPTPWRLRNHDCGMYRGFQRNYFYIGRADAEDCWKPACPDEEPDRCWTVIQRYRLPGDCYRSQPHPPKFLPVTPAPPADIDTGMSPWATRGGSGGGSLEVLFQGPGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	UL116
分子量 formula_weight	35321.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

VETNATTVTSTTAAAATTNTTVATTGTTTTSPNVTSTTSNTVITPTTVSSVSNLTSSATSIPISTSTVSGTRNTRNNNTTTIGTNVTSPSPSVSILTTVTPAATSTTSNNGDVTSDYTPTFDLENITTTRAPTRPPAQDLCSHNLSIILYEEESQSSVDIAVDEEEPELEDDDEYDELWFPLYFEAECNLNYTLQYVNHSCDYSVRQSSVSFPPWRDIDSVTFVPRNLSNCSAHGLAVIVAGNQTWYVNPFSLAHLLDAIYNVLGIEDLSANFRRQLAPYRHTLIVPQTGGSGGSGSDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Human betaherpesvirus 5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	119525

fit	/app/data/saxs_computation/di/9dix/9dix.fit
pddf	/app/data/pr_computation/di/9dix/9dix.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/di/9dix/9dix.dat

HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex, ectodomain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein UL141

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UL116

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)