9dk5

Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with PaurTx3

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein type 8 subunit alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–1980	未记录	Sodium channel subunit beta-1 × 1 （Q07699） Beta-theraphotoxin-Ps1a × 3 （P84510） ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9DK5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
25IH Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with Cn2 提交 2026-04-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1980（1980 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
25II Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with Iota-Conotoxin RXIA 提交 2026-04-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1980（1980 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
25IJ Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with delta-paraponeritoxin-Pc1a 提交 2026-04-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1980（1980 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8FHD Cryo-EM structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.6 提交 2022-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1980（1980 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl and 0.02% GDN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8GZ1 Cryo-EM structure of human NaV1.6/beta1/beta2,apo state 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1980（1980 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8GZ2 Cryo-EM structure of human NaV1.6/beta1/beta2-4,9-anhydro-tetrodotoxin 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1980（1980 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WMK (1R,2S,3S,4R,5R,9S,11S,12S,14R)-7-amino-2,4,12-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)-10,13,15-trioxa-6,8-diazapentacyclo[7.4.1.1~3,12~.0~5,11~.0~5,14~]pentadec-7-en-8-ium (non-preferred name) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN8A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1980； UniProt 1–1980

Sodium channel subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt Q07699

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–218	未记录	Sodium channel protein type 8 subunit alpha × 1 （Q9UQD0） Beta-theraphotoxin-Ps1a × 3 （P84510） ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DK5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
21TP Open-state structure of veratridine-activated human Nav1.7 提交 2025-12-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–192（173 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1E26 Veratridine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
21TQ The structure of Nav1.7 with veratridine standing near the IFM motif (site I) 提交 2025-12-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–192（173 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 A1E26 Veratridine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
25IH Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with Cn2 提交 2026-04-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
25II Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with Iota-Conotoxin RXIA 提交 2026-04-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
25IJ Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with delta-paraponeritoxin-Pc1a 提交 2026-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–192（173 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6AGF Structure of the human voltage-gated sodium channel Nav1.4 in complex with beta1 提交 2018-08-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J8G Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (Y1755 up) 提交 2019-01-19	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J8H Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (Y1755 down) 提交 2019-01-19	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J8I Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (Y1755 up) 提交 2019-01-19	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6J8J Structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.7 in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (Y1755 down) 提交 2019-01-19	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7W77 cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA 提交 2021-12-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 3 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 16 966 [(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7W7F Cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-ICA121431 提交 2021-12-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 17 8DE 2,2-diphenyl-~{N}-[4-(1,3-thiazol-2-ylsulfamoyl)phenyl]ethanamide × 1 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
7W9K Cryo-EM structure of human Nav1.7-beta1-beta2 complex at 2.2 angstrom resolution 提交 2021-12-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
7W9L Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K)-beta1-beta2 complex 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7W9M Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, ProTx-II and tetrodotoxin (S6IV pi helix conformer) 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7W9P Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (S6IV pi helix conformer) 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7W9T Cryo-EM structure of human Nav1.7(E406K) in complex with auxiliary beta subunits, huwentoxin-IV and saxitoxin (S6IV alpha helix conformer) 提交 2021-12-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7XM9 Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-XEN907 提交 2022-04-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 G2E (7~{R})-1'-pentylspiro[6~{H}-furo[3,2-f][1,3]benzodioxole-7,3'-indole]-2'-one × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
7XMF Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-Nav1.7-IN2 提交 2022-04-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 G2W 3-[[4-[3-(4-fluoranyl-2-methyl-phenoxy)azetidin-1-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-~{N}-methyl-benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
7XMG Cryo-EM structure of human NaV1.7/beta1/beta2-TCN-1752 提交 2022-04-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 G4I (1~{Z})-~{N}-[2-methyl-3-[(~{E})-[6-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methoxy]piperidin-1-yl]-1~{H}-1,3,5-triazin-2-ylidene]amino]phenyl]ethanimidic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
7XVE Human Nav1.7 mutant class-I 提交 2022-05-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 18 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7XVF Nav1.7 mutant class2 提交 2022-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 17 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8FHD Cryo-EM structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.6 提交 2022-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl and 0.02% GDN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8G1A Cryo-EM structure of Nav1.7 with CBD 提交 2023-02-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 P0T cannabidiol × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 13 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8GZ1 Cryo-EM structure of human NaV1.6/beta1/beta2,apo state 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8GZ2 Cryo-EM structure of human NaV1.6/beta1/beta2-4,9-anhydro-tetrodotoxin 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 WMK (1R,2S,3S,4R,5R,9S,11S,12S,14R)-7-amino-2,4,12-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)-10,13,15-trioxa-6,8-diazapentacyclo[7.4.1.1~3,12~.0~5,11~.0~5,14~]pentadec-7-en-8-ium (non-preferred name) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8I5B Structure of human Nav1.7 in complex with bupivacaine 提交 2023-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 OJ0 Levobupivacaine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8I5G Structure of human Nav1.7 in complex with PF-05089771 提交 2023-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 T70 PF-05089771 × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8I5X Structure of human Nav1.7 in complex with Vinpocetine 提交 2023-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 T7F Vinpocetine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 11 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8I5Y Structure of human Nav1.7 in complex with vixotrigine 提交 2023-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 TB4 Vixotrigine × 1 NA SODIUM ION × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8J4F Structure of human Nav1.7 in complex with Hardwickii acid 提交 2023-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 UK0 (4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 10 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8S9B Cryo-EM structure of Nav1.7 with LCM 提交 2023-03-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 LQO lacosamide × 2 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8S9C Cryo-EM structure of Nav1.7 with CBZ 提交 2023-03-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 N6W benzo[b][1]benzazepine-11-carboxamide × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 5 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8THG Cryo-EM structure of Nav1.7 with RLZ 提交 2023-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 657 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8THH Cryo-EM structure of Nav1.7 with LTG 提交 2023-07-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 IYJ (6M)-6-(2,3-dichlorophenyl)-1,2,4-triazine-3,5-diamine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8XMM Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M9 提交 2023-12-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 9 1PW (2S,3R,4E)-2-(acetylamino)-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8XMN Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M2 提交 2023-12-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
8XMO Voltage-gated sodium channel Nav1.7 variant M4 提交 2023-12-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–218（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–218； UniProt 1–218

Beta-theraphotoxin-Ps1a

Paraphysa scrofa

UniProt P84510

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–34 链 I； UniProt 1–34 链 J； UniProt 1–34	未记录	Sodium channel protein type 8 subunit alpha × 1 （Q9UQD0） Sodium channel subunit beta-1 × 1 （Q07699） ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 1 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 P3X (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9DK5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5WE3 Solution NMR structure of PaurTx-3 提交 2017-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–34（34 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；283 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；288 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；293 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；303 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；308 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mg/mL PaurTx-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mg/mL PaurTx-3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TX3_PARSR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–34； UniProt 1–34 作者链 I； PDB构建体 1–34； UniProt 1–34 作者链 J； PDB构建体 1–34； UniProt 1–34

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dk5
沉积日期 deposition_date	2024-09-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with PaurTx3
关键词 keywords	Nav1.6, voltage gated sodium channel, cryo-EM, toxin, PaurTx3, TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex; TRANSPORT PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.75 Å
零角强度 I(0) i0	411345000.00
分子量 molecular_weight	183010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	236050 Å³
包络体积 envelope_volume	326920 Å³
水化壳体积 shell_volume	66427 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.14 Å
包络 Rg envelope_rg	41.24 Å
形状 Rg shape_rg	40.77 Å
总 Rg total_rg	40.97 Å
总原子数 total_atoms	12858
残基数 n_residues	1517
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	411400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.285
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.180
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.882

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium channel protein type 8 subunit alpha
分子量 formula_weight	225520.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12873

MAARLLAPPGPDSFKPFTPESLANIERRIAESKLKKPPKADGSHREDDEDSKPKPNSDLEAGKSLPFIYGDIPQGLVAVPLEDFDPYYLTQKTFVVLNRGKTLFRFSATPALYILSPFNLIRRIAIKILIHSVFSMIIMCTILTNCVFMTFSNPPDWSKNVEYTFTGIYTFESLVKIIARGFCIDGFTFLRDPWNWLDFSVIMMAYITEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRNKCVVWPINFNESYLENGTKGFDWEEYINNKTNFYTVPGMLEPLLCGNSSDAGQCPEGYQCMKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFVGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFKAMLEQLKKQQEEAQAAAMATSAGTVSEDAIEEEGEEGGGSPRSSSEISKLSSKSAKERRNRRKKRKQKELSEGEEKGDPEKVFKSESEDGMRRKAFRLPDNRIGRKFSIMNQSLLSIPGSPFLSRHNSKSSIFSFRGPGRFRDPGSENEFADDEHSTVEESEGRRDSLFIPIRARERRSSYSGYSGYSQGSRSSRIFPSLRRSVKRNSTVDCNGVVSLIGGPGSHIGGRLLPEATTEVEIKKKGPGSLLVSMDQLASYGRKDRINSIMSVVTNTLVEELEESQRKCPPCWYKFANTFLIWECHPYWIKLKEIVNLIVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHHPMTPQFEHVLAVGNLVFTGIFTAEMFLKLIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELSLADVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKINQDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLIVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDGEMNNLQISVIRIKKGVAWTKLKVHAFMQAHFKQREADEVKPLDELYEKKANCIANHTGADIHRNGDFQKNGNGTTSGIGSSVEKYIIDEDHMSFINNPNLTVRVPIAVGESDFENLNTEDVSSESDPEGSKDKLDDTSSSEGSTIDIKPEVEEVPVEQPEEYLDPDACFTEGCVQRFKCCQVNIEEGLGKSWWILRKTCFLIVEHNWFETFIIFMILLSSGALAFEDIYIEQRKTIRTILEYADKVFTYIFILEMLLKWTAYGFVKFFTNAWCWLDFLIVAVSLVSLIANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKYHYCFNETSEIRFEIEDVNNKTECEKLMEGNNTEIRWKNVKINFDNVGAGYLALLQVATFKGWMDIMYAAVDSRKPDEQPKYEDNIYMYIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKIQGIVFDFVTQQAFDIVIMMLICLNMVTMMVETDTQSKQMENILYWINLVFVIFFTCECVLKMFALRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLADIIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIFSIFGMSNFAYVKHEAGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLLPILNRPPDCSLDKEHPGSGFKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLIVVNMYIAIILENFSVATEESADPLSEDDFETFYEIWEKFDPDATQFIEYCKLADFADALEHPLRVPKPNTIELIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGDSGELDILRQQMEERFVASNPSKVSYEPITTTLRRKQEEVSAVVLQRAYRGHLARRGFICKKTTSNKLENGGTHREKKESTPSTASLPSYDSVTKPEKEKQQRAEEGRRERAKRQKEVRESKC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sodium channel subunit beta-1
分子量 formula_weight	24732.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGRLLALVVGAALVSSACGGCVEVDSETEAVYGMTFKILCISCKRRSETNAETFTEWTFRQKGTEEFVKILRYENEVLQLEEDERFEGRVVWNGSRGTKDLQDLSIFITNVTYNHSGDYECHVYRLLFFENYEHNTSVVKKIHIEVVDKANRDMASIVSEIMMYVLIVVLTIWLVAEMIYCYKKIAAATETAAQENASEYLAITSESKENCTGVQVAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Beta-theraphotoxin-Ps1a
分子量 formula_weight	4072.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J

DCLGFLWKCNPSNDKCCRPNLVCSRKDKWCKYQI

来源 Source

来源生物 organism	Paraphysa scrofa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269635
宿主生物 host_organism	Paraphysa scrofa

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1559.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	787.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	792.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	510.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
分子量 formula_weight	544.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	(5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate
分子量 formula_weight	661.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	312942

fit	/app/data/saxs_computation/dk/9dk5/9dk5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/9dk5/9dk5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/9dk5/9dk5.dat

Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with PaurTx3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein type 8 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sodium channel subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-theraphotoxin-Ps1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)